Skip to another splice site:
1  
 5'  3'   		2  
 5'  3'   		3  
 5'  3'   		4  
 5'  3'   		5  
 5'  3'   		6  
 5'  3'   		7  
 5'  3'   		8  
 5'  3'   

Data associated with selected splice site

Sequence

 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

GGCAACTCTTTATGGGTTGATCGTTTTCTTGCACGGTTTGCTGCATTTTTTTACTACTTCATGACTGTTGCGATGTACATGGTGAGCCCAAGAATGGCATgtaagtgtgcacctatgccaattatgaagtaaaacaatttatcatttttattccatgccttttctataatgaattaatgatagtgcttggaatcatttatcttatatacag

Basic information

species Oryza sativa
transcript LOC_Os04g57320.1
intron # 5
splice site 5'
intron type U2

Orthologous splice sites


 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence


upper sequence: LOC_Os04g57320.2 (Oryza sativa), 5'ss of exon 3
lower sequence: GRMZM2G102349_T02 (Zea mays), 5'ss of exon 4
GGCAACTCTTTATGGGTTGATCGTTTTCTTGCACGGTTTGCTGCATTTTTTTACTACTTCATGACTGTTGCGATGTACATGGTGAGCCCAAGAATGGCATgtaagtgtgcacctatgccaattatgaagtaaaacaatttatcatttttatt-ccatgccttttctataatgaattaatgatagtgcttggaatcatttatcttatatacag
|||||| || ||||| ||||| |||| ||||| || |||   || |||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||| |||||||||||||||    ||   |  |||||||||||||||    ||| |  ||| |||| ||||||| |||           | ||||||   |||| |   |   ||    || |   
GGCAACGCTATATGGATTGATTGTTTCCTTGCTCGATTTATGGCGTTTTTTTACTACTTCATGACTGTTGCGATGTACATGTTGAGCCCACGAATGGCATgtaagt----actcttaacaattatgaagtaaat--gtttgt--tttctattaccatgcccttttg---------tgatgataacccttgcatctacgaatggagtacag--

upper sequence: LOC_Os04g57320.2 (Oryza sativa), 5'ss of exon 3
lower sequence: GRMZM2G010555_T01 (Zea mays), 5'ss of exon 5
GGCAACTCTTTATGGGTTGATCGTTTTCTTGCACGGTTTGCTGCATTTTTTTACTACTTCATGACTGTTGCGATGTACATGGTGAGCCCAAGAATGGCATgtaagtgtgc--acctatgccaattatgaagtaaaacaatttatcatttttattccatgccttttctataatgaattaatgatagtgcttggaatcatttatcttatatacag
||| ||||||| ||| ||||  |||||||||| ||||||   ||||| ||||||||||||||||||||||| ||||||||| |||||||| |||||||||||||||   |  ||   | ||  || | |||||||           |  || ||      ||||||| |  |||     |||||  ||||| |  ||   ||    || |   
GGCGACTCTTTGTGGTTTGACTGTTTTCTTGCTCGGTTTATGGCATTCTTTTACTACTTCATGACTGTTGCAATGTACATGCTGAGCCCACGAATGGCATgtaagtactcttactcttaccggttgtcaagtaaa-----------tgcttgtttt----cttttcttttgtga-----tgataacgcttgcacccacgaatggagtacag--
















Mapped EST sequences

Showing partial alignments of ESTs and genomic sequences. See full alignments


 ATGC     EST sequence
 ATGC     genomic sequence (exon)
 ATGC     genomic sequence (truncated intron)


EST: gi|87007304|gb|CI278975.1|CI278975
EST:     NNACTACTTCATGACTGTTGCGATGTACATGGTGAGCCCAAGAATGGCAT                         ACCATTTTTCTGAATGTGTTGAGAGGCATGCGTACTCAACCTATGACAAGT
genomic: TTACTACTTCATGACTGTTGCGATGTACATGGTGAGCCCAAGAATGGCATgtaagtgtgc ... ttatatacagACCATTTTTCTGAATGTGTTGAGAGGCATGCGTACTCAACCTATGACAAGT
EST: gi|29661402|gb|CB657677.1|CB657677
EST:     NNACTACTTCATGACTGTTGCGATGTACATGGTGAGCCCAAGAATGGCAT                         ACCATTTTTCTGAATGTGTTGAGAGGCATGCGTACTCAACCTATGACAAGT
genomic: TTACTACTTCATGACTGTTGCGATGTACATGGTGAGCCCAAGAATGGCATgtaagtgtgc ... ttatatacagACCATTTTTCTGAATGTGTTGAGAGGCATGCGTACTCAACCTATGACAAGT