1 5' 3' | 2 5' 3' | 3 5' 3' | 4 5' 3' | 5 5' 3' | 6 5' 3' | 7 5' 3' | 8 5' 3' |
gtaagtgtgcacctatgccaattatgaagtaaaacaatttatcatttttattccatgccttttctataatgaattaatgatagtgcttggaatcatttatcttatatacagACCATTTTTCTGAATGTGTTGAGAGGCATGCGTACTCAACCTATGACAAGTTTATTAAGCTCCATGAAG
species | Oryza sativa |
transcript | LOC_Os04g57320.1 |
intron # | 5 |
splice site | 3' |
intron type | U2 |
EST: NNACTACTTCATGACTGTTGCGATGTACATGGTGAGCCCAAGAATGGCAT ACCATTTTTCTGAATGTGTTGAGAGGCATGCGTACTCAACCTATGACAAGTEST: gi|29661402|gb|CB657677.1|CB657677
genomic: TTACTACTTCATGACTGTTGCGATGTACATGGTGAGCCCAAGAATGGCATgtaagtgtgc ... ttatatacagACCATTTTTCTGAATGTGTTGAGAGGCATGCGTACTCAACCTATGACAAGT
EST: NNACTACTTCATGACTGTTGCGATGTACATGGTGAGCCCAAGAATGGCAT ACCATTTTTCTGAATGTGTTGAGAGGCATGCGTACTCAACCTATGACAAGT
genomic: TTACTACTTCATGACTGTTGCGATGTACATGGTGAGCCCAAGAATGGCATgtaagtgtgc ... ttatatacagACCATTTTTCTGAATGTGTTGAGAGGCATGCGTACTCAACCTATGACAAGT
gccttttctataatgaattaatgatagtgcttggaatcatttatcttatatacagACCATTTTTCTGAATGTGTTGAGAGGCATGCGTACTCAACCTATGACAAGTTTATTAAGCTCCATGAAG
aattaat putative branch site (score: 3)
tttatctt putative PPT
ttctataatgaattaa TA-rich tract
atgc | intron | ATGC | exonic elements by Pertea et al. |
ATGC | exon | atgc | putative intronic elements |
ATGC | putative exonic elements identified for retained introns |
10 20 30 40 50 60 70 80 90 100 110 120 130 140 150 160 170 180 190 200 210 220 ---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------| gtaagtgtgcacctatgccaattatgaagtaaaacaatttatcatttttattccatgccttttctataatgaattaatgatagtgcttggaatcatttatcttatatacagACCATTTTTCTGAATGTGTTGAGAGGCATGCGTACTCAACCTATGACAAGTTTATTAAGCTCCATGAAG
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - GAGAGG