1 5' 3' | 2 5' 3' | 3 5' 3' |
...agcctgcgtcctcttcagagctctgggctctctctgaatcatctgatgtatagatactgaagtaaaaacataaaccttcctaacttttcctttattatagGTCACCAACCACGGGATAGCAGAGGAGCTACTGGAGAAGGTGATGGCCGTGGCGTTGGAGTTCTTCAGGCTGCCGCCGGAGGAGAAGGAGAAGCTGTATT
species | Oryza sativa |
transcript | LOC_Os04g49194.1 |
intron # | 1 |
splice site | 3' |
intron type | U2 |
EST: GGGTCATCGCCGAGATTGCTCAGGCCTGTCGCACCTACGGCTTCTTCCAG GTCACCAACCACGGGATAGCAGAGGAGCTACTGGAGAAGGTGATGGCCGTGEST: gi|87011267|gb|CI289537.1|CI289537
genomic: GGGTCATCGCCGAGATTGCTCAGGCCTGTCGCACCTACGGCTTCTTCCAGgtccctagct ... tttattatagGTCACCAACCACGGGATAGCAGAGGAGCTACTGGAGAAGGTGATGGCCGTG
EST: GGGTCATCGCCGAGATTGCTCAGGCCTGTCGCACCTACGGCTTCTTCCAG GTCACCAACCACGGGATAGCAGAGGAGCTACTGGAGAAGGTGATGGCCGTGEST: gi|88355992|gb|CI653402.1|CI653402
genomic: GGGTCATCGCCGAGATTGCTCAGGCCTGTCGCACCTACGGCTTCTTCCAGgtccctagct ... tttattatagGTCACCAACCACGGGATAGCAGAGGAGCTACTGGAGAAGGTGATGGCCGTG
EST: GGGTCATCGCCGAGATTGCTCAGGCCTGTCGCACCTACGGCTTCTTCCAG GTCACCAACCACGGGATAGCAGAGGAGCTACTGGAGAAGGTGATGGCCGTGEST: gi|58612834|gb|CK040546.1|CK040546
genomic: GGGTCATCGCCGAGATTGCTCAGGCCTGTCGCACCTACGGCTTCTTCCAGgtccctagct ... tttattatagGTCACCAACCACGGGATAGCAGAGGAGCTACTGGAGAAGGTGATGGCCGTG
EST: GGGTCATCGCCGAGATTGCTCAGGCCTGTCGCACCTACGGCTTCTTCCAG GTCACCAACCACGGGATAGCAGAGGAGCTACTGGAGAAGGTGATGGCCGTG
genomic: GGGTCATCGCCGAGATTGCTCAGGCCTGTCGCACCTACGGCTTCTTCCAGgtccctagct ... tttattatagGTCACCAACCACGGGATAGCAGAGGAGCTACTGGAGAAGGTGATGGCCGTG
atgtatagatactgaagtaaaaacataaaccttcctaacttttcctttattatagGTCACCAACCACGGGATAGCAGAGGAGCTACTGGAGAAGGTGATGGCCGTGGCGTTGGAGTTCTTCAGGCTGCCGCCGGAGGAGAAGGAGAAGCTGTATT
tcctaac putative branch site (score: 2)
ccttcctaacttttcc CT-rich tract
aagtaaaaacataaa TA-rich tract
atgc | intron | ATGC | exonic elements by Pertea et al. |
ATGC | exon | atgc | putative intronic elements |
ATGC | putative exonic elements identified for retained introns |
10 20 30 40 50 60 70 80 90 100 110 120 130 140 150 160 170 180 190 200 210 220 ---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------| agcctgcgtcctcttcagagctctgggctctctctgaatcatctgatgtatagatactgaagtaaaaacataaaccttcctaacttttcctttattatagGTCACCAACCACGGGATAGCAGAGGAGCTACTGGAGAAGGTGATGGCCGTGGCGTTGGAGTTCTTCAGGCTGCCGCCGGAGGAGAAGGAGAAGCTGTATT
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - TTGGAG
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - GGAGGA
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - GAGGAG
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - AGGAGA
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - GGAGAA
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - AAGGAG
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - AGGAGA
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - GGAGAA
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - AGAAGC
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - AAGCTG
agcctgc
- - - - - - - - - - - - - - - - -ctgaatc
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - ctgatgt
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - gatactg
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -aaaaaca