1 5' 3' | 2 5' 3' | 3 5' 3' |
gtaggtttgctctcttgtggtgctagacaggcacaagtcaggatgttttgctataatatgcattactttgctaatgcaattgttccatttgatgaaattgcttcagGTGATTGATGGAAGGAACATAAGGGTACACTATGCAAACAGCGGATGATCTGGTGCCACTTCTTCTTGGAGGAGTAAGTGTCTTGTCTTGTGTCGGGGTG
species | Oryza sativa |
transcript | LOC_Os01g74340.1 |
intron # | 3 |
splice site | 3' |
intron type | U2 |
EST: TTGCCTCAGAAGATGAAGCTGCTGCAGCATTGCACAAGATGGGGGGTGAG GTGATTGATGGAAGGAACATAAGGGTACACTATGCAAACAGCGGATGATCTEST: gi|163925483|gb|EG711572.1|EG711572
genomic: TTGCCTCAGAAGATGAAGCTGCTGCAGCATTGCACAAGATGGGGGGTGAGgtaggtttgc ... attgcttcagGTGATTGATGGAAGGAACATAAGGGTACACTATGCAAACAGCGGATGATCT
EST: TTGCCTCAGAAGATGAAGCTGCTGCAGCATTGCACAAGATGGGGGGTGAG GTGATTGATGGAAGGAACATAAGGGTACACTATGCAAACAGCGGATGATCTEST: gi|88348679|gb|CI630020.1|CI630020
genomic: TTGCCTCAGAAGATGAAGCTGCTGCAGCATTGCACAAGATGGGGGGTGAGgtaggtttgc ... attgcttcagGTGATTGATGGAAGGAACATAAGGGTACACTATGCAAACAGCGGATGATCT
EST: TTGCCTCACAAGATGAAGCTGCTGCAGCATTGCACAAGATGGGGGGTGAG GTGATTGATGGAAGGAACATAAGGGTACACTATGCAAACAGCGGATGATCTEST: gi|88277170|gb|CI397972.1|CI397972
genomic: TTGCCTCAGAAGATGAAGCTGCTGCAGCATTGCACAAGATGGGGGGTGAGgtaggtttgc ... attgcttcagGTGATTGATGGAAGGAACATAAGGGTACACTATGCAAACAGCGGATGATCT
EST: TTGCCTCAGAAGATGAAGCTGCTNCACCATTGCACAAGATGGGGGGTGAG GTGATTGATGGAAGGAACATAAGGGTACACTATGCAAACAGCGGATGATCTEST: gi|117246825|gb|CT843690.1|CT843690
genomic: TTGCCTCAGAAGATGAAGCTGCTGCAGCATTGCACAAGATGGGGGGTGAGgtaggtttgc ... attgcttcagGTGATTGATGGAAGGAACATAAGGGTACACTATGCAAACAGCGGATGATCT
EST: TTGCCTCAGAAGATGAAGCTGCTGCAGCATTGCACAAGATGGGGGGTGAG GTGATTGATGGAAGGAACATAAGGGTACACTATGCAAACAGCGGATGATCTEST: gi|25801945|gb|CA757906.1|CA757906
genomic: TTGCCTCAGAAGATGAAGCTGCTGCAGCATTGCACAAGATGGGGGGTGAGgtaggtttgc ... attgcttcagGTGATTGATGGAAGGAACATAAGGGTACACTATGCAAACAGCGGATGATCT
EST: TTGCCTCAGAAGATGAAGCTGCTGCAGCATTGCACAAGATGGGGGGTGAG GTGATTGATGGAAGGAACATAAGGGTACACTATGCAAACAGCGGATGATCTEST: gi|88345153|gb|CI628407.1|CI628407
genomic: TTGCCTCAGAAGATGAAGCTGCTGCAGCATTGCACAAGATGGGGGGTGAGgtaggtttgc ... attgcttcagGTGATTGATGGAAGGAACATAAGGGTACACTATGCAAACAGCGGATGATCT
EST: TTGCCTCAGAAGATGAAGCTGCTGCAGCATTGCACAAGATGGGGGGTGAG GTGATTGATGGAAGGAACATAAGGGTACACTATGCAAACAGCGGATGA
genomic: TTGCCTCAGAAGATGAAGCTGCTGCAGCATTGCACAAGATGGGGGGTGAGgtaggtttgc ... attgcttcagGTGATTGATGGAAGGAACATAAGGGTACACTATGCAAACAGCGGATGA
tataatatgcattactttgctaatgcaattgttccatttgatgaaattgcttcagGTGATTGATGGAAGGAACATAAGGGTACACTATGCAAACAGCGGATGATCTGGTGCCACTTCTTCTTGGAGGAGTAAGTGTCTTGTCTTGTGTCGGGGTG
ttgcttc CT-rich tract
attacttt TA-rich tract
atgc | intron | ATGC | exonic elements by Pertea et al. |
ATGC | exon | atgc | putative intronic elements |
ATGC | putative exonic elements identified for retained introns |
10 20 30 40 50 60 70 80 90 100 110 120 130 140 150 160 170 180 190 200 210 220 ---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------| gtaggtttgctctcttgtggtgctagacaggcacaagtcaggatgttttgctataatatgcattactttgctaatgcaattgttccatttgatgaaattgcttcagGTGATTGATGGAAGGAACATAAGGGTACACTATGCAAACAGCGGATGATCTGGTGCCACTTCTTCTTGGAGGAGTAAGTGTCTTGTCTTGTGTCGGGGTG
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - TTGGAG
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - TGGAGG
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - GGAGGA
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - GAGGAG