1 5' 3' | 2 5' 3' | 3 5' 3' |
...tttcatgcctttcagtaaatatggttaaatttgtgcctttatgtgtagagtctattggaaattgtgtgcaattcttatggtaagttacattatataccagGCTGCCGTCTTCCATTATGGATCAATAAGCTTGATAGCTGAGCCCTGCCGGTCAGCACATTTGCGTGCCATGGAGATTGCGAAAGAAGCTGGTGCGCTGC
species | Oryza sativa |
transcript | LOC_Os01g66940.1 |
intron # | 1 |
splice site | 3' |
intron type | U2 |
EST: CCGACATGCTCCTCACCCACGCCGAGCTCAACGTCGAGCTCATCAAGAGG GCTGCCGTCTTCCATTATGGATCAATAAGCTTGATAGCTGAGCCCTGCCGGEST: gi|88735868|gb|CI757443.1|CI757443
genomic: CCGACATGCTCCTCACCCACGCCGAGCTCAACGTCGAGCTCATCAAGAGGgtaagccccc ... tatataccagGCTGCCGTCTTCCATTATGGATCAATAAGCTTGATAGCTGAGCCCTGCCGG
EST: CCGACATGCTCCTCACCCACGCCGAGCTCAACGTCGAGCTCATCAAGAGG GCTGCCGTCTTCCATTATGGATCAATAAGCTTGATAGCTGACCCCTGCCGGEST: gi|29681026|gb|CB677301.1|CB677301
genomic: CCGACATGCTCCTCACCCACGCCGAGCTCAACGTCGAGCTCATCAAGAGGgtaagccccc ... tatataccagGCTGCCGTCTTCCATTATGGATCAATAAGCTTGATAGCTGAGCCCTGCCGG
EST: CCGACATGCTCCTCACCCACGCCGAGCTCAACGTCGAGCTCATCAAGAGG GCTGCCGTCTTCCATTATGGATCAATAAGCTTGATAGCTGAGCCCTGCCGGEST: gi|25802715|gb|CA758676.1|CA758676
genomic: CCGACATGCTCCTCACCCACGCCGAGCTCAACGTCGAGCTCATCAAGAGGgtaagccccc ... tatataccagGCTGCCGTCTTCCATTATGGATCAATAAGCTTGATAGCTGAGCCCTGCCGG
EST: CCGACATGCTCCTCACCCACGCCGAGCTCAACGTCGAGCTCATCAAGAGG GCTGCCGTCTTCCATTATGGATCAATAAGCTTGATAGCTGAGCCCTGCCGG
genomic: CCGACATGCTCCTCACCCACGCCGAGCTCAACGTCGAGCTCATCAAGAGGgtaagccccc ... tatataccagGCTGCCGTCTTCCATTATGGATCAATAAGCTTGATAGCTGAGCCCTGCCGG
tagagtctattggaaattgtgtgcaattcttatggtaagttacattatataccagGCTGCCGTCTTCCATTATGGATCAATAAGCTTGATAGCTGAGCCCTGCCGGTCAGCACATTTGCGTGCCATGGAGATTGCGAAAGAAGCTGGTGCGCTGC
taagttacattatata TA-rich tract
atgc | intron | ATGC | exonic elements by Pertea et al. |
ATGC | exon | atgc | putative intronic elements |
ATGC | putative exonic elements identified for retained introns |
10 20 30 40 50 60 70 80 90 100 110 120 130 140 150 160 170 180 190 200 210 220 ---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------| tttcatgcctttcagtaaatatggttaaatttgtgcctttatgtgtagagtctattggaaattgtgtgcaattcttatggtaagttacattatataccagGCTGCCGTCTTCCATTATGGATCAATAAGCTTGATAGCTGAGCCCTGCCGGTCAGCACATTTGCGTGCCATGGAGATTGCGAAAGAAGCTGGTGCGCTGC
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - CATGGA
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - TGGAGA
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - GGAGAT
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - AAAGAA
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - AAGAAG
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - AGAAGC
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - AAGCTG
-ttcatgc
- - - - - - - - - - - - - - - - gtgcctt
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - tgtgtgc