1 5' 3' | 2 5' 3' | 3 5' 3' | 4 5' 3' | 5 5' 3' | 6 5' 3' |
TTGTTACTCTGCTGCGGCTTAGTCCCCTATTACCTTTCTCTCTTGGGAACTACTTGTATGGCTTGACTTCAGTGAAGTTCTTGCCTTATGTCTTGGGAAGgttagtttctaccaactcctgttcttccatgattccagtatggcattttctgtcaaacaaacaggaacggcaatatggtctcagtataacgactctactt...
species | Oryza sativa |
transcript | LOC_Os01g66170.1 |
intron # | 4 |
splice site | 5' |
intron type | U2 |
EST: TACTTGTATGGCTTGACTTCAGTGAAGTTCTTGCCTTATGTCTTGGGAAG TTGGTTGGGAATGCTTCCAGGATCATGGGCCTATGTCAGTGCTGGTGCATTEST: gi|86507543|gb|CI150176.1|CI150176
genomic: TACTTGTATGGCTTGACTTCAGTGAAGTTCTTGCCTTATGTCTTGGGAAGgttagtttct ... tgtcatgcagTTGGTTGGGAATGCTTCCAGGATCATGGGCCTATGTCAGTGCTGGTGCATT
EST: TACTTGTATGGCTTGACTTCAGTGAAGTTCTTGCCTTATGTCTTGGGAAG TTGGTTGGGAATGCTTCCAGGATCATGGGCCTATGTCAGTGCTGGTGCATTEST: gi|33661898|gb|CF292865.1|CF292865
genomic: TACTTGTATGGCTTGACTTCAGTGAAGTTCTTGCCTTATGTCTTGGGAAGgttagtttct ... tgtcatgcagTTGGTTGGGAATGCTTCCAGGATCATGGGCCTATGTCAGTGCTGGTGCATT
EST: TACTTGTATGGCTTGACTTCAGTGAAGTTCTTGCCTTATGTCTTGGGAAG TTGGTTGGGAATGCTTCCAGGATCATGGGCCTATGTCAGTGCTGGTGCATTEST: gi|88525273|gb|CI454258.1|CI454258
genomic: TACTTGTATGGCTTGACTTCAGTGAAGTTCTTGCCTTATGTCTTGGGAAGgttagtttct ... tgtcatgcagTTGGTTGGGAATGCTTCCAGGATCATGGGCCTATGTCAGTGCTGGTGCATT
EST: TACTTGTATGGCTTGACTTCAGTGAAGTTCTTGCCTTATGTCTTGGGAAG TTGGTTGGGAATGCTTCCAGGATCATGGGCCTATGTCAGTGCTGGTGCATTEST: gi|86900089|gb|CI300153.1|CI300153
genomic: TACTTGTATGGCTTGACTTCAGTGAAGTTCTTGCCTTATGTCTTGGGAAGgttagtttct ... tgtcatgcagTTGGTTGGGAATGCTTCCAGGATCATGGGCCTATGTCAGTGCTGGTGCATT
EST: TACTTGTATGGCTTGACTTCAGTGAAGTTCTTGCCTTATGTCTTGGGAAG TTGGTTGGGAATGCTTCCAGGATCATGGGCCTATGTCAGTGCTGGTGCATTEST: gi|29686432|gb|CB682707.1|CB682707
genomic: TACTTGTATGGCTTGACTTCAGTGAAGTTCTTGCCTTATGTCTTGGGAAGgttagtttct ... tgtcatgcagTTGGTTGGGAATGCTTCCAGGATCATGGGCCTATGTCAGTGCTGGTGCATT
EST: TACTTGTATGGCTTGACTTCAGTGAAGTTCTTGCCTTATGTCTTGGGAAG TTGGTTGGGAATGCTTCCAGGATCATGGGCCTATGTCAGTGCTGGTGCATTEST: gi|86505655|gb|CI148288.1|CI148288
genomic: TACTTGTATGGCTTGACTTCAGTGAAGTTCTTGCCTTATGTCTTGGGAAGgttagtttct ... tgtcatgcagTTGGTTGGGAATGCTTCCAGGATCATGGGCCTATGTCAGTGCTGGTGCATT
EST: TACTTGTATGGCTTGACTTCAGTGAAGTTCTTGCCTTATGTCTTGGGAAG TTGGTTGGGAATGCTTCCAGGATCATGGGCCTATGTCAGTGCTGGTGCATTEST: gi|88998330|gb|CI038215.1|CI038215
genomic: TACTTGTATGGCTTGACTTCAGTGAAGTTCTTGCCTTATGTCTTGGGAAGgttagtttct ... tgtcatgcagTTGGTTGGGAATGCTTCCAGGATCATGGGCCTATGTCAGTGCTGGTGCATT
EST: TACTTGTATGGCTTGACTTCAGTGAAGTTCTTGCCTTATGTCTTGGGAAG TTGGTTGGGAATGCTTCCAGGATCATGGGCCTATGTCAGTGCTGGTGCATTEST: gi|58686934|gb|CK075621.1|CK075621
genomic: TACTTGTATGGCTTGACTTCAGTGAAGTTCTTGCCTTATGTCTTGGGAAGgttagtttct ... tgtcatgcagTTGGTTGGGAATGCTTCCAGGATCATGGGCCTATGTCAGTGCTGGTGCATT
EST: TACTTGTATGGCTTGACTTCAGTGAAGTTCTTGCCTTATGTCTTGGGAAG TTGGTTGGGAATGCTTCCAGGATCATGGGCCTATGTCAGTGCTGGTGCATTEST: gi|86497649|gb|CI140282.1|CI140282
genomic: TACTTGTATGGCTTGACTTCAGTGAAGTTCTTGCCTTATGTCTTGGGAAGgttagtttct ... tgtcatgcagTTGGTTGGGAATGCTTCCAGGATCATGGGCCTATGTCAGTGCTGGTGCATT
EST: TACTTGTATGGCTTGACTTCAGTGAAGTTCTTGCCTTATGTCTTGGGAAG TTGGTTGGGAATGCTTCCAGGATCATGGGCCTATGTCAGTGCTGGTGCATTEST: gi|86889147|gb|CI315758.1|CI315758
genomic: TACTTGTATGGCTTGACTTCAGTGAAGTTCTTGCCTTATGTCTTGGGAAGgttagtttct ... tgtcatgcagTTGGTTGGGAATGCTTCCAGGATCATGGGCCTATGTCAGTGCTGGTGCATT
EST: TACTTGTATGGCTTGACTTCAGTGAAGTTCTTGCCTTATGTCTTGGGAAG TTGGTTGGGAATGCTTCCAGGATCATGGCCCTATGTCAGTGCTGGTGCATT
genomic: TACTTGTATGGCTTGACTTCAGTGAAGTTCTTGCCTTATGTCTTGGGAAGgttagtttct ... tgtcatgcagTTGGTTGGGAATGCTTCCAGGATCATGGGCCTATGTCAGTGCTGGTGCATT
atgc | intron | ATGC | exonic elements by Pertea et al. |
ATGC | exon | atgc | putative intronic elements |
ATGC | putative exonic elements identified for retained introns |
10 20 30 40 50 60 70 80 90 100 110 120 130 140 150 160 170 180 190 200 210 220 ---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------| TTGTTACTCTGCTGCGGCTTAGTCCCCTATTACCTTTCTCTCTTGGGAACTACTTGTATGGCTTGACTTCAGTGAAGTTCTTGCCTTATGTCTTGGGAAGgttagtttctaccaactcctgttcttccatgattccagtatggcattttctgtcaaacaaacaggaacggcaatatggtctcagtataacgactctactt
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - aaacaaa