1 5' 3' | 2 5' 3' | 3 5' 3' | 4 5' 3' | 5 5' 3' |
AGCAGGCAGGGATCCAAGGTGGTCTGGGCGCAGCTTTTCCTTCTCACGCCACCTTCCCCCATTATGCTATCCCACAAGGTCTCCCTTACCATGTCTATGGgtaagttctctctctctctctctccccccttaaagttcccaaggaccaactatgacggggggcttatcacatgcatgacatgtgcatcatgacatgccgc...
species | Oryza sativa |
transcript | LOC_Os01g65550.1 |
intron # | 3 |
splice site | 5' |
intron type | U2 |
EST: ACCTTCCCCCATTATGCTATCCCACAAAGCCTCCCTTACCATGTCTATGG GTACTCTCCCTATTCTCCAGACTACAGTTATCCCACAEST: gi|58606623|gb|CK034656.1|CK034656
genomic: ACCTTCCCCCATTATGCTATCCCACAAGGTCTCCCTTACCATGTCTATGGgtaagttctc ... actactgcagGTACTCTCCCTATTCTCCAGACTACAGTTATCCCACA
EST: ACCTTCCCCCATTATGCTATCCCACAAGGCCTCCCTTACCATGTCTATGG GTACTCTCCCTEST: gi|58682082|gb|CK070769.1|CK070769
genomic: ACCTTCCCCCATTATGCTATCCCACAAGGTCTCCCTTACCATGTCTATGGgtaagttctc ... actactgcagGTACTCTCCCT
EST: CAAGGCCTCCCTTACCATGTTCTATGTG GTACTCTCCCTATTCTCCAGGACTACAGGTTATCCCACA
genomic: CAAGGTCTCCCTTACCATG-TCTATG-Ggtaagttctc ... actactgcagGTACTCTCCCTATTCTCCA-GACTACA-GTTATCCCACA
atgc | intron | ATGC | exonic elements by Pertea et al. |
ATGC | exon | atgc | putative intronic elements |
ATGC | putative exonic elements identified for retained introns |
10 20 30 40 50 60 70 80 90 100 110 120 130 140 150 160 170 180 190 200 210 220 ---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------| AGCAGGCAGGGATCCAAGGTGGTCTGGGCGCAGCTTTTCCTTCTCACGCCACCTTCCCCCATTATGCTATCCCACAAGGTCTCCCTTACCATGTCTATGGgtaagttctctctctctctctctccccccttaaagttcccaaggaccaactatgacggggggcttatcacatgcatgacatgtgcatcatgacatgccgc
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -ctctctct
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -ctccccc
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -gacgggg