1 5' 3' | 2 5' 3' | 3 5' 3' | 4 5' 3' | 5 5' 3' | 6 5' 3' | 7 5' 3' | 8 5' 3' |
TGTATGCAATCTGTCTTGCTCTGTTGAGTGGCAAAGCACACATGTACATACTCATGGTTCTCTTTACTGAAGCCACCACTCCCTTTGTGAACCTTAGATGgtaatgtccagttctattaaatctgtttatcctgatgaagcttttgctcattctgaattcatgatggtctgctgcag
species | Oryza sativa |
transcript | LOC_Os01g60120.3 |
intron # | 6 |
splice site | 5' |
intron type | U2 |
EST: CTCATGGTTCTCTTTACTGAAGCCACCACTCCCTTTGTGAACCTTAGATG GTATTTGGAGGTTGCTGGTAAGAAGACGCATAACCTTTACTTATACAATGGEST: gi|86261222|gb|CI004787.1|CI004787
genomic: CTCATGGTTCTCTTTACTGAAGCCACCACTCCCTTTGTGAACCTTAGATGgtaatgtcca ... tctgctgcagGTATTTGGAGGTTGCTGGTAAGAAGACGCATAACCTTTACTTATACAATGG
EST: ACCACTCCCTTTGTGAACCTTAGATG GTATTTGGAGGTTGCTGGTAAGAAGACGCATAACCTTTACTTATACAATGGEST: gi|8859152|gb|AU096470.1|AU096470
genomic: ACCACTCCCTTTGTGAACCTTAGATGgtaatgtcca ... tctgctgcagGTATTTGGAGGTTGCTGGTAAGAAGACGCATAACCTTTACTTATACAATGG
EST: TCATGGTTCTCTTTTACTGAAGCCACCA-TCCCTTTGTGAACCTTAGATG GTATTTGGAGGTTGCTGGTAAGAAGACGCATAACCTTTACTTATACAATGGEST: gi|29669063|gb|CB665338.1|CB665338
genomic: TCATGGTTCTC-TTTACTGAAGCCACCACTCCCTTTGTGAACCTTAGATGgtaatgtcca ... tctgctgcagGTATTTGGAGGTTGCTGGTAAGAAGACGCATAACCTTTACTTATACAATGG
EST: CTCATGGTTCTCTTTACTGAAGCCACCACTCCCTTTGTGAACCTTAGATG GTATTTGGAGGTTGCTGGTAAGAAGACGCATAACCTTTACTTATACAATGGEST: gi|29669062|gb|CB665337.1|CB665337
genomic: CTCATGGTTCTCTTTACTGAAGCCACCACTCCCTTTGTGAACCTTAGATGgtaatgtcca ... tctgctgcagGTATTTGGAGGTTGCTGGTAAGAAGACGCATAACCTTTACTTATACAATGG
EST: CTCATGGTTCTCTTTACTGAAGCCACCACTCCCTTTGTGAACCTTAGATG GTATTTGGAGGTTGCTGGTAAGAAGACGCATAACCTTTACTTATACAATGGEST: gi|29664738|gb|CB661013.1|CB661013
genomic: CTCATGGTTCTCTTTACTGAAGCCACCACTCCCTTTGTGAACCTTAGATGgtaatgtcca ... tctgctgcagGTATTTGGAGGTTGCTGGTAAGAAGACGCATAACCTTTACTTATACAATGG
EST: CTCATGGTTCTCTTTACTGAAGCCACCACTCCCTTTGTGAACCTTAGATG GTATTTGGAGGTTGCTGGTAAGAAGACGCATAACCTTTACTTATACAATGGEST: gi|8527754|gb|AU092569.1|AU092569
genomic: CTCATGGTTCTCTTTACTGAAGCCACCACTCCCTTTGTGAACCTTAGATGgtaatgtcca ... tctgctgcagGTATTTGGAGGTTGCTGGTAAGAAGACGCATAACCTTTACTTATACAATGG
EST: CTCATGGTTCTCTTTACTGAAGCCACCACTCCCTTTGTGAACCTTAGATG GTATTTGGAGGTTGCTGGTAAGAAGACGCATAACCTTTACTTATACAATGGEST: gi|29669064|gb|CB665339.1|CB665339
genomic: CTCATGGTTCTCTTTACTGAAGCCACCACTCCCTTTGTGAACCTTAGATGgtaatgtcca ... tctgctgcagGTATTTGGAGGTTGCTGGTAAGAAGACGCATAACCTTTACTTATACAATGG
EST: CTCATGGTTCTCTTTACTGAAGCCACCACTCCCTTTGTGAACCTTAGATG GTATTTGGAGGTTGCTGGTAAGAAGACGCATAACCTTTACTTATACAATGG
genomic: CTCATGGTTCTCTTTACTGAAGCCACCACTCCCTTTGTGAACCTTAGATGgtaatgtcca ... tctgctgcagGTATTTGGAGGTTGCTGGTAAGAAGACGCATAACCTTTACTTATACAATGG
atgc | intron | ATGC | exonic elements by Pertea et al. |
ATGC | exon | atgc | putative intronic elements |
ATGC | putative exonic elements identified for retained introns |
10 20 30 40 50 60 70 80 90 100 110 120 130 140 150 160 170 180 190 200 210 220 ---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------| TGTATGCAATCTGTCTTGCTCTGTTGAGTGGCAAAGCACACATGTACATACTCATGGTTCTCTTTACTGAAGCCACCACTCCCTTTGTGAACCTTAGATGgtaatgtccagttctattaaatctgtttatcctgatgaagcttttgctcattctgaattcatgatggtctgctgcag
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - CTGAAG
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - TGAAGC