Skip to another splice site:
1  
 5'  3'   		2  
 5'  3'   		3  
 5'  3'   		4  
 5'  3'   		5  
 5'  3'   		6  
 5'  3'   		7  
 5'  3'   		8  
 5'  3'   		9  
 5'  3'   		10  
 5'  3'   		11  
 5'  3'   		12  
 5'  3'   		13  
 5'  3'   		14  
 5'  3'   		15  
 5'  3'   		16  
 5'  3'   

Data associated with selected splice site

Sequence

 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

...tatcctttgcttatattaacacgtacagcttagcttttatctgatcccgaactgaaatctttttccccgctggagttaattctttttctatgcatgatagATTCCTACGAGGTTGTACTTATGGGATTCGCTTCCTCGGAATGCCATGGGAAAG

Basic information

species Oryza sativa
transcript LOC_Os01g55590.1
intron # 15
splice site 3'
intron type U2

Orthologous splice sites


 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence


upper sequence: LOC_Os01g55590.1 (Oryza sativa), 3'ss of exon 15
lower sequence: GRMZM2G460078_T01 (Zea mays), 3'ss of exon 15
-tatcctttgcttatattaacacgtacagcttagcttttatctgatcccgaactgaaatctttttccccgctggagttaattcttttt-ctatgcatgat-agATTCCTACGAGGTTGTACTTATGGGATTCGCTTCCTCGGAATGCCATGGGAAAG
 ||   | || |  | ||| |    |   |    ||    ||  || |   |||   || |  ||   |  |||| ||  |||||||| || || |||   ||||||| || ||  | ||||| |||||||| ||||||||||||||||||||||||
gtacggtatgatgttgttagcctccatgccactcctgagctcaaatactctact---atatcatttgacaatggaattggttcttttttctgtggatggccagATTCCAACAAGACTATACTTGTGGGATTCTCTTCCTCGGAATGCCATGGGAAAG
















Mapped EST sequences

Showing partial alignments of ESTs and genomic sequences. See full alignments


 ATGC     EST sequence
 ATGC     genomic sequence (exon)
 ATGC     genomic sequence (truncated intron)


EST: gi|88323534|gb|CI556165.1|CI556165
EST:     CCTTGGAAGCACTGACAAGTTGGTCAAAAGATAAGCTTGCTCCATACAAG                         ATTCCTACGAGGTTGTACTTATGGGATTCGCTTCCTCGGAATGCCATGGGA
genomic: CCTTGGAAGCACTGACAAGTTGGTCAAAAGATAAGCTTGCTCCATACAAGgtttgatttt ... tgcatgatagATTCCTACGAGGTTGTACTTATGGGATTCGCTTCCTCGGAATGCCATGGGA
EST: gi|86863465|gb|CI345208.1|CI345208
EST:     CCTTGGAAGCACTGACAAGTTGGTCAAAAGATAAGCTTGCTCCATACAAG                         ATTCCTACGAGGTTGTACTTATGGGATTCGCTTCCTCGGAATGCCATGGGA
genomic: CCTTGGAAGCACTGACAAGTTGGTCAAAAGATAAGCTTGCTCCATACAAGgtttgatttt ... tgcatgatagATTCCTACGAGGTTGTACTTATGGGATTCGCTTCCTCGGAATGCCATGGGA
EST: gi|88487395|gb|CI424666.1|CI424666
EST:     TTGGAAGCACTGACAAGTTGGTCAAAAGATAAGCTTNCTCCATACAAG                         ATTCCTAGGAGGTTGTACTTATGGGATTCGCTTCCTCGGAATGCCATGGGA
genomic: TTGGAAGCACTGACAAGTTGGTCAAAAGATAAGCTTGCTCCATACAAGgtttgatttt ... tgcatgatagATTCCTACGAGGTTGTACTTATGGGATTCGCTTCCTCGGAATGCCATGGGA
EST: gi|88830050|gb|CI074722.1|CI074722
EST:     CCTTGGAAGCACTGACAAGTTGGTCAAAAGATAAGCTTGCTCCATACAAG                         ATTCCTACGAGGTTGTACTTATGGGATTCGCTTCCTCGGAATGCCATGGGA
genomic: CCTTGGAAGCACTGACAAGTTGGTCAAAAGATAAGCTTGCTCCATACAAGgtttgatttt ... tgcatgatagATTCCTACGAGGTTGTACTTATGGGATTCGCTTCCTCGGAATGCCATGGGA
EST: gi|10852848|gb|AT003358.1|AT003358
EST:     CCTTGGAAGCACTGACAAGTTGGTCAAAAGATAAGCTTGCTCCATACAAG                         ATTCCTACGAGGTTGTACTTATGGGATTCGCTTCCTCGGAATGCCATGGGA
genomic: CCTTGGAAGCACTGACAAGTTGGTCAAAAGATAAGCTTGCTCCATACAAGgtttgatttt ... tgcatgatagATTCCTACGAGGTTGTACTTATGGGATTCGCTTCCTCGGAATGCCATGGGA
EST: gi|89185889|gb|CI047758.1|CI047758
EST:     CCTTGGAAGCACTGACAAGTTGGTCAAAAGATAAGCTTGCTCCATACAAG                         ATTCCTACGAGGTTGTACTTATGGGATTCGCTTCCTCGGAATGCCATGGGA
genomic: CCTTGGAAGCACTGACAAGTTGGTCAAAAGATAAGCTTGCTCCATACAAGgtttgatttt ... tgcatgatagATTCCTACGAGGTTGTACTTATGGGATTCGCTTCCTCGGAATGCCATGGGA
EST: gi|88828610|gb|CI073480.1|CI073480
EST:     CCTTGGAAGCACTGACAAGTTGGTCAAAAGATAAGCTTGCTCCATACAAG                         ATTCCTACGAGGTTGTACTTATGGGATTCGCTTCCTCGGAATGCCATGGGA
genomic: CCTTGGAAGCACTGACAAGTTGGTCAAAAGATAAGCTTGCTCCATACAAGgtttgatttt ... tgcatgatagATTCCTACGAGGTTGTACTTATGGGATTCGCTTCCTCGGAATGCCATGGGA
EST: gi|88326141|gb|CI651196.1|CI651196
EST:     TTGGAAGCACTGACAAGTTGGTCAAAAGATAAGCTTGCTCCATACAAG                         ATTCCTACGAGGTTGTACTTATGGGATTCGCTTCCTCGGAATGCCATGGGA
genomic: TTGGAAGCACTGACAAGTTGGTCAAAAGATAAGCTTGCTCCATACAAGgtttgatttt ... tgcatgatagATTCCTACGAGGTTGTACTTATGGGATTCGCTTCCTCGGAATGCCATGGGA
EST: gi|88427585|gb|CI548838.1|CI548838
EST:     CCTTGGAAGCACTGACAAGTTGGTCAAAAGATAAGCTTGCTCCATACAAG                         ATTCCTACGAGGTTGTACTTATGGGATTCGCTTCCTCGGAATGCCATGGGA
genomic: CCTTGGAAGCACTGACAAGTTGGTCAAAAGATAAGCTTGCTCCATACAAGgtttgatttt ... tgcatgatagATTCCTACGAGGTTGTACTTATGGGATTCGCTTCCTCGGAATGCCATGGGA
EST: gi|44678307|gb|CR291741.1|CR291741
EST:     CCTTGGAAGCACTGACAAGTTGGTCAAAAGATAAGCTTGCTCCATACAAG                         ATTCCTACGAGGTTGTACTTATGGGATTCGCTTCCTCGGAATGCCATGGGA
genomic: CCTTGGAAGCACTGACAAGTTGGTCAAAAGATAAGCTTGCTCCATACAAGgtttgatttt ... tgcatgatagATTCCTACGAGGTTGTACTTATGGGATTCGCTTCCTCGGAATGCCATGGGA
EST: gi|29689640|gb|CB685915.1|CB685915
EST:     CCTTGGAAGCACTGACAAGTTGGTCAAAAGATAAGCTTGCTCCATACAAG                         ATTCCTACGAGGTTGTACTTATGGGATTCCCTTCCTCGGAATGCCATGGGA
genomic: CCTTGGAAGCACTGACAAGTTGGTCAAAAGATAAGCTTGCTCCATACAAGgtttgatttt ... tgcatgatagATTCCTACGAGGTTGTACTTATGGGATTCGCTTCCTCGGAATGCCATGGGA
EST: gi|86603012|gb|CI357376.1|CI357376
EST:     CCTTGGAAGCACTGACAAGTTGGTCAAAAGATAAGCTTGCTCCATACAAG                         ATTCCTACGAGGTTGTACTTATGGGATTCGCTTCCTCGGAATGCCATGGGA
genomic: CCTTGGAAGCACTGACAAGTTGGTCAAAAGATAAGCTTGCTCCATACAAGgtttgatttt ... tgcatgatagATTCCTACGAGGTTGTACTTATGGGATTCGCTTCCTCGGAATGCCATGGGA
EST: gi|88558329|gb|CI488809.1|CI488809
EST:     CCTTGGAAGCACTGACAAGTTGGTCAAAAGATAAGCTTGCTCCATACAAG                         ATTCCTACGAGGTTGTACTTATGGGATTCGCTTCCTCGGAATGCCATGGGA
genomic: CCTTGGAAGCACTGACAAGTTGGTCAAAAGATAAGCTTGCTCCATACAAGgtttgatttt ... tgcatgatagATTCCTACGAGGTTGTACTTATGGGATTCGCTTCCTCGGAATGCCATGGGA
EST: gi|87016222|gb|CI271633.1|CI271633
EST:     CCTTGGAAGCACTGACAAGTTGGTCAAAAGATAAGCTTGCTCCATACAAG                         ATTCCTACGAGGTTGTACTTATGGGATTCGCTTCCTCGGAATGCCATGGGA
genomic: CCTTGGAAGCACTGACAAGTTGGTCAAAAGATAAGCTTGCTCCATACAAGgtttgatttt ... tgcatgatagATTCCTACGAGGTTGTACTTATGGGATTCGCTTCCTCGGAATGCCATGGGA
EST: gi|88557745|gb|CI488179.1|CI488179
EST:     CCTTGGAAGCACTGACAAGTTGGTCAAAAGATAAGCTTGCTCCATACAAG                         ATTCCTACGAGGTTGTACTTATGGGATTCGCTTCCTCGGAATGCCATGGGA
genomic: CCTTGGAAGCACTGACAAGTTGGTCAAAAGATAAGCTTGCTCCATACAAGgtttgatttt ... tgcatgatagATTCCTACGAGGTTGTACTTATGGGATTCGCTTCCTCGGAATGCCATGGGA
EST: gi|88383395|gb|CI540808.1|CI540808
EST:     CCTTGGAAGCACTGACAAGTTGGTCAAAAGATAAGCTTGCTCCATACAAG                         ATTCCTACGAGGTTGTACTTATGGGATTCGCTTCCTCGGAATGCCATGGGA
genomic: CCTTGGAAGCACTGACAAGTTGGTCAAAAGATAAGCTTGCTCCATACAAGgtttgatttt ... tgcatgatagATTCCTACGAGGTTGTACTTATGGGATTCGCTTCCTCGGAATGCCATGGGA

RNA-Seq data


 ATGC   Supported by RNA-Seq exonic block that spans over the splice site

 atgs   Truncated intron sequence

Each block is as long as the maximal overhang of any read spanning the junction.
The score is the number of alignments spanning the junction.


Found data for 1 RNA-Seqlibrary.


Block sizes: 72 (upstream exon), 54 (downstream exon)
Score: 23

TAAGGAGGACTCAAAGAAAAGAGCTGAACTGGACTCGAAACCAGCACTGACCTTGGAAGCACTGACAAGTTGGTCAAAAGATAAGCTTGCTCCATACAAGgtttgatttt ... tgcatgatagATTCCTACGAGGTTGTACTTATGGGATTCGCTTCCTCGGAATGCCATGGGAAAG




<











<


<











 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

Intronic sequence truncated to 55 bases.

cccgaactgaaatctttttccccgctggagttaattctttttctatgcatgatagATTCCTACGAGGTTGTACTTATGGGATTCGCTTCCTCGGAATGCCATGGGAAAG
                            agttaat  putative branch site (score: 23)
                                  ttctttttctatgc  CT-rich tract
                              ttaattctttttctat  TA-rich tract
















Putative cis-regulatory sequences

 atgc intron ATGC exonic elements by Pertea et al.
 ATGC exon atgc putative intronic elements
 ATGC putative exonic elements identified for retained introns
        10        20        30        40        50        60        70        80        90        100       110       120       130       140       150       160       170       180       190       200       210       220 
---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------| 
tatcctttgcttatattaacacgtacagcttagcttttatctgatcccgaactgaaatctttttccccgctggagttaattctttttctatgcatgatagATTCCTACGAGGTTGTACTTATGGGATTCGCTTCCTCGGAATGCCATGGGAAAG

- - - -tgcttat
- - - - - - - - - - - -tacagct
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - ctgatcc