Skip to another splice site:
1  
 5'  3'   		2  
 5'  3'   		3  
 5'  3'   		4  
 5'  3'   

Data associated with selected splice site

Sequence

 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

gtaagttttaggcagcgactattctcctttatgaattatattttctaatcttatgaatcttcactgttgaactctttgcagTTGTTCATATATCAAAACCTACTATTCAAGCCAGACAG

Basic information

species Oryza sativa
transcript LOC_Os01g55570.4
intron # 3
splice site 3'
intron type U2

Mapped EST sequences

Showing partial alignments of ESTs and genomic sequences. See full alignments


 ATGC     EST sequence
 ATGC     genomic sequence (exon)
 ATGC     genomic sequence (truncated intron)


EST: gi|33813231|gb|CF332506.1|CF332506
EST:     TTCCTGTTCTCCCTCTACTCTTTGAATTAATTGGCATATTGGTTGCATGG                         TTGTTCATATATCAAAACCTACTATTCAAGCCAGACAG
genomic: TTCCTGTTCTCCCTCTACTCTTTGAATTAATTGGCATATTGGTTGCATGGgtaagtttta ... ctctttgcagTTGTTCATATATCAAAACCTACTATTCAAGCCAGACAG
EST: gi|88515407|gb|CI443061.1|CI443061
EST:     TTCCTGTTCTCCCTCTACTCTTTGAATTAATTGGCATATTGGTTGCATGG                         TTGTTCATATATCAAAACCTACTATTCAAGCCAGACAG
genomic: TTCCTGTTCTCCCTCTACTCTTTGAATTAATTGGCATATTGGTTGCATGGgtaagtttta ... ctctttgcagTTGTTCATATATCAAAACCTACTATTCAAGCCAGACAG
EST: gi|88663053|gb|CI477731.1|CI477731
EST:     TTCCTGTTCTCCCTCTACTCTTTGAATTAATTGGCATATTGGTTGCATGG                         TTGTTCATATATCAAAACCTACTATTCAAGCCAGACAG
genomic: TTCCTGTTCTCCCTCTACTCTTTGAATTAATTGGCATATTGGTTGCATGGgtaagtttta ... ctctttgcagTTGTTCATATATCAAAACCTACTATTCAAGCCAGACAG
EST: gi|58030284|gb|CX727827.1|CX727827
EST:     TTCCTGTTCTCCCTTTACTCTTTGAATTAATTGGCATATTGGTTGCATGG                         TTGTTCATATATCAAAACCTACTATTCAAGCCAGACAG
genomic: TTCCTGTTCTCCCTCTACTCTTTGAATTAATTGGCATATTGGTTGCATGGgtaagtttta ... ctctttgcagTTGTTCATATATCAAAACCTACTATTCAAGCCAGACAG
EST: gi|88991906|gb|CI035044.1|CI035044
EST:     TTCCTGTTCTCCCTCTACTCTTTGAATTAATTGGCATATTGGTTGCATGG                         TTGTTCATATATCGAAACCTACTATTCAAGCCAGACAG
genomic: TTCCTGTTCTCCCTCTACTCTTTGAATTAATTGGCATATTGGTTGCATGGgtaagtttta ... ctctttgcagTTGTTCATATATCAAAACCTACTATTCAAGCCAGACAG
EST: gi|33666135|gb|CF297102.1|CF297102
EST:     TTCCTGTTCTCCCTCTACTCTTTGAATTAATTGGCATATTGGTTGCATGG                         TTGTTCATATATCAAAACCTACTATTCAAGCCAGACAG
genomic: TTCCTGTTCTCCCTCTACTCTTTGAATTAATTGGCATATTGGTTGCATGGgtaagtttta ... ctctttgcagTTGTTCATATATCAAAACCTACTATTCAAGCCAGACAG
EST: gi|88514875|gb|CI442529.1|CI442529
EST:     TTCCTGTTCTCCCTCTACTCTTTGAATTAATTGGCATATTGGTTGCATGG                         TTGTTCATATATCAAAACCTACTATTCAAGCCAGACAG
genomic: TTCCTGTTCTCCCTCTACTCTTTGAATTAATTGGCATATTGGTTGCATGGgtaagtttta ... ctctttgcagTTGTTCATATATCAAAACCTACTATTCAAGCCAGACAG
EST: gi|117219240|gb|CT845033.1|CT845033
EST:     TTCCTGTTCTCCCTCTACTCTTTGAATTAATTGGCATATTGGTTGCATGG                         TTGTTCATATATCAAAACCTACTATTCAAGCCAGACAG
genomic: TTCCTGTTCTCCCTCTACTCTTTGAATTAATTGGCATATTGGTTGCATGGgtaagtttta ... ctctttgcagTTGTTCATATATCAAAACCTACTATTCAAGCCAGACAG
EST: gi|88502246|gb|CI429752.1|CI429752
EST:     TTCCTGTTCTCCCTCTACTCTTTGAATTAATTGGCATATTGGTTGCATGG                         TTGTTCATATATCAAAACCTACTATTCAAGCCAGACAG
genomic: TTCCTGTTCTCCCTCTACTCTTTGAATTAATTGGCATATTGGTTGCATGGgtaagtttta ... ctctttgcagTTGTTCATATATCAAAACCTACTATTCAAGCCAGACAG
EST: gi|88286237|gb|CI522537.1|CI522537
EST:     TTCCTGTTCTCCCTCTACTCTTTGAATTAATTGGCATATTGGTTGCATGG                         TTGTTCATATATCAAAACCTACTATTCAAGCCAGACAA
genomic: TTCCTGTTCTCCCTCTACTCTTTGAATTAATTGGCATATTGGTTGCATGGgtaagtttta ... ctctttgcagTTGTTCATATATCAAAACCTACTATTCAAGCCAGACAG
EST: gi|88988709|gb|CI039128.1|CI039128
EST:     TTCCTGTTCTCCCTCTACTCTTTGAATTAATTGGCATATTGGTTGCATGG                         TTGTTCATATATCAAAACCTACTATTCAAGCCAGACAG
genomic: TTCCTGTTCTCCCTCTACTCTTTGAATTAATTGGCATATTGGTTGCATGGgtaagtttta ... ctctttgcagTTGTTCATATATCAAAACCTACTATTCAAGCCAGACAG
EST: gi|88977491|gb|CI025227.1|CI025227
EST:     TTCCTGTTCTCCCTCTACTCTTTGAATTAATTGGCATATTGGTTGCATGG                         TTGTTCATATATCAAAACCTACTATTCAAGCCAGACAG
genomic: TTCCTGTTCTCCCTCTACTCTTTGAATTAATTGGCATATTGGTTGCATGGgtaagtttta ... ctctttgcagTTGTTCATATATCAAAACCTACTATTCAAGCCAGACAG
EST: gi|58590453|gb|CF988761.1|CF988761
EST:     TTCCTGTTCTCCCTCTACTCTTTGAATTAATTGGCATATTGGTTGCATGG                         TTGTTCATATATCAAAACCTACTATTCAAGCCAGACAG
genomic: TTCCTGTTCTCCCTCTACTCTTTGAATTAATTGGCATATTGGTTGCATGGgtaagtttta ... ctctttgcagTTGTTCATATATCAAAACCTACTATTCAAGCCAGACAG
EST: gi|88661619|gb|CI457276.1|CI457276
EST:     TTCCTGTTCTCCCTCTACTCTTTGAATTAATTGGCATATTGGTTGCATGG                         TTGTTCATATATCAAAACCTACTATTCAAGCCAGACAG
genomic: TTCCTGTTCTCCCTCTACTCTTTGAATTAATTGGCATATTGGTTGCATGGgtaagtttta ... ctctttgcagTTGTTCATATATCAAAACCTACTATTCAAGCCAGACAG
EST: gi|88979638|gb|CI026024.1|CI026024
EST:     TTCCTGTTCTCCCTCTACTCTTTGAATTAATTGGCATATTGGTTGCATGG                         TTGTTCATATATCAAAACCTACTATTCAAGCCAGACAG
genomic: TTCCTGTTCTCCCTCTACTCTTTGAATTAATTGGCATATTGGTTGCATGGgtaagtttta ... ctctttgcagTTGTTCATATATCAAAACCTACTATTCAAGCCAGACAG
EST: gi|88471188|gb|CI408459.1|CI408459
EST:     TTCCTGTTCTCCCTCTACTCTTTGAATTAATTGGCATATTGGTTGCATGG                         TTGTTCATATATCAAAACCTACTATTCAAGCCAGACAG
genomic: TTCCTGTTCTCCCTCTACTCTTTGAATTAATTGGCATATTGGTTGCATGGgtaagtttta ... ctctttgcagTTGTTCATATATCAAAACCTACTATTCAAGCCAGACAG
EST: gi|699911|gb|D46202.1|D46202
EST:     TTCCTGTTCTCCCTCTACTCTTTGAATTAATTGGCATATTGGTTGCATGG                         TTGTTCATATATCAAAACCTACTATTCAAGCCAGACAG
genomic: TTCCTGTTCTCCCTCTACTCTTTGAATTAATTGGCATATTGGTTGCATGGgtaagtttta ... ctctttgcagTTGTTCATATATCAAAACCTACTATTCAAGCCAGACAG
EST: gi|33818515|gb|CF335088.1|CF335088
EST:     TTCCTGTTTTCCCTTTACTCTTTGAATTAATTGGCATATTGGTTGCATGG                         TTGTTCATATATCAAAACCTACTATTCAAGCCAGACAG
genomic: TTCCTGTTCTCCCTCTACTCTTTGAATTAATTGGCATATTGGTTGCATGGgtaagtttta ... ctctttgcagTTGTTCATATATCAAAACCTACTATTCAAGCCAGACAG
EST: gi|33824042|gb|CF337834.1|CF337834
EST:     TTCCTGTTCTCCCTCTACTCTTTGAATTAATTGGCATATTGGTTGCATGG                         TTGTTCATATATCAAAACCTACTATTCAAGCCAGACAG
genomic: TTCCTGTTCTCCCTCTACTCTTTGAATTAATTGGCATATTGGTTGCATGGgtaagtttta ... ctctttgcagTTGTTCATATATCAAAACCTACTATTCAAGCCAGACAG
EST: gi|88663661|gb|CI484642.1|CI484642
EST:     TTCCTGTTCTCCCTCTACTCTTTGAATTAATTGGCATATTGGTTGCATGG                         TTGTTCATATATCAAAACCTACTATTCAAGCCAGACAG
genomic: TTCCTGTTCTCCCTCTACTCTTTGAATTAATTGGCATATTGGTTGCATGGgtaagtttta ... ctctttgcagTTGTTCATATATCAAAACCTACTATTCAAGCCAGACAG
EST: gi|88463041|gb|CI522152.1|CI522152
EST:     TTCCTGTTCTCCCTCTACTCTTTGAATTAATTGGCATATTGGTTGCATGG                         TTGTTCATATATCAAAACCTACTATTCAAGCCAGACAG
genomic: TTCCTGTTCTCCCTCTACTCTTTGAATTAATTGGCATATTGGTTGCATGGgtaagtttta ... ctctttgcagTTGTTCATATATCAAAACCTACTATTCAAGCCAGACAG
EST: gi|3768522|gb|AU032549.1|AU032549
EST:     TCCTGTTCTCCCTCTACTCTTTGAATTAATTGGNCATATTGGTTGCATGG                         TTGTTCATATATCAAAACCTACTATTCAAGCCAGACAG
genomic: TCCTGTTCTCCCTCTACTCTTTGAATTAATTGG-CATATTGGTTGCATGGgtaagtttta ... ctctttgcagTTGTTCATATATCAAAACCTACTATTCAAGCCAGACAG
EST: gi|88963183|gb|CI026856.1|CI026856
EST:     TTCCTGTTCTCCCTCTACTCTTTGAATTAATTGGCATATTGGTTGCATGG                         TTGTTCATATATCAAAACCTACTATTCAAGCCAGACAG
genomic: TTCCTGTTCTCCCTCTACTCTTTGAATTAATTGGCATATTGGTTGCATGGgtaagtttta ... ctctttgcagTTGTTCATATATCAAAACCTACTATTCAAGCCAGACAG
EST: gi|88662023|gb|CI462779.1|CI462779
EST:     TTCCTGTTCTCCCTCTACTCTTTGAATTAATTGGCATATTGGTTGCATGG                         TTGTTCATATATCAAAACCTACTATTCAAGCCAGACAG
genomic: TTCCTGTTCTCCCTCTACTCTTTGAATTAATTGGCATATTGGTTGCATGGgtaagtttta ... ctctttgcagTTGTTCATATATCAAAACCTACTATTCAAGCCAGACAG
EST: gi|88517883|gb|CI444859.1|CI444859
EST:     TTCCTGTTCTCCCTCTACTCTTTGAATTAATTGGCATATTGGTTGCATGG                         TTGTTCATATATCAAAACCTACTATTCAAGCCAGACAG
genomic: TTCCTGTTCTCCCTCTACTCTTTGAATTAATTGGCATATTGGTTGCATGGgtaagtttta ... ctctttgcagTTGTTCATATATCAAAACCTACTATTCAAGCCAGACAG
EST: gi|88662192|gb|CI466141.1|CI466141
EST:     TTCCTGTTCTCCCTCTACTCTTTGAATTAATTGGCATATTGGTTGCATGG                         TTGTTCATATATCAAAACCTACTATTCAAGCCAGACAG
genomic: TTCCTGTTCTCCCTCTACTCTTTGAATTAATTGGCATATTGGTTGCATGGgtaagtttta ... ctctttgcagTTGTTCATATATCAAAACCTACTATTCAAGCCAGACAG


 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

Intronic sequence truncated to 55 bases.

ctttatgaattatattttctaatcttatgaatcttcactgttgaactctttgcagTTGTTCATATATCAAAACCTACTATTCAAGCCAGACAG
                ttctaat  putative branch site (score: 2)
                                             ctctttgc  putative PPT
       aattatattttctaat  TA-rich tract