Skip to another splice site:
1  
 5'  3'   		2  
 5'  3'   		3  
 5'  3'   		4  
 5'  3'   		5  
 5'  3'   		6  
 5'  3'   		7  
 5'  3'   		8  
 5'  3'   		9  
 5'  3'   		10  
 5'  3'   		11  
 5'  3'   		12  
 5'  3'   		13  
 5'  3'   		14  
 5'  3'   

Data associated with selected splice site

Sequence

 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

GTCTAACATGCCTAACGGGCAGCCAAAATGGCTTCTCTCTTTCATTCCGGGTTACCCACTGCTCAACTTTATGCTTGCTACAGCAATATATCTTCTTgtaagtaaaaaagaaaaactgaattccttattttaattccaatataactagagttgccaggaatatttatttgattgtcaacactgcag

Basic information

species Oryza sativa
transcript LOC_Os01g44040.1
intron # 14
splice site 5'
intron type U2

Orthologous splice sites


 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence


upper sequence: LOC_Os01g44040.1 (Oryza sativa), 5'ss of exon 14
lower sequence: AT5G46340.1 (Arabidopsis thaliana), 5'ss of exon 15
GTCTAACATGCCTAACGGGCAGCCAAAATGGCTTCTCTCTTTCATTCCGGGTTACCCACTGCTCAACTTTATGCTTGCTACAGCAATATATCTTCTTgtaagtaaaaaagaaaaactgaattccttattttaattccaatataactagagttgccaggaatatttatttgattgtcaacactgcag
 || ||||||||| ||||||| |||||||||||||||||| | |||||||| |||||  ||||||| || |||||  | || || |||||  | ||||||||    |||    ||||   |  ||     || || | || || | ||  ||   |   || | |||||| |  |   | |     
ATCAAACATGCCTGACGGGCAACCAAAATGGCTTCTCTCTATTATTCCGGGATACCCTATGCTCAATTTCATGCTGACAACTGCTATATACGTCCTTgtaag----aaaccgtaacttcttctctccccgtattttctat-tagcaagctttctgaaacatctctatttgttcttgttcgccag--
















Mapped EST sequences

Showing partial alignments of ESTs and genomic sequences. See full alignments


 ATGC     EST sequence
 ATGC     genomic sequence (exon)
 ATGC     genomic sequence (truncated intron)


EST: gi|86885457|gb|CI318608.1|CI318608
EST:     CGGGTTACCCACTGCTCAACTTTATGCTTGCTACAGCAATATATCTTCTT                         ATATCATACAGAGTGTTTGAGCTGACAGGTGTGTTGAAGTCAGCTTTTATT
genomic: CGGGTTACCCACTGCTCAACTTTATGCTTGCTACAGCAATATATCTTCTTgtaagtaaaa ... aacactgcagATATCATACAGAGTGTTTGAGCTGACAGGTGTGTTGAAGTCAGCTTTTATT
EST: gi|88995453|gb|CI022776.1|CI022776
EST:     CGGGTTACCCACTGCTCAACTTTATGCTTGCTACAGCAATATATCTTCTT                         ATATCATACAGAGTGTTTGAGCTGACAGGTGTGTTGAAGTCAGCTTTTATT
genomic: CGGGTTACCCACTGCTCAACTTTATGCTTGCTACAGCAATATATCTTCTTgtaagtaaaa ... aacactgcagATATCATACAGAGTGTTTGAGCTGACAGGTGTGTTGAAGTCAGCTTTTATT
EST: gi|88513138|gb|CI440644.1|CI440644
EST:     CGGGTTACCCACTGCTCAACTTTATGCTTGCTACAGCAATATATCTTCTT                         ATATCATACAGAGTGTTTGAGCTGACAGGTGTGTTGAAGTCAGCTTTTATT
genomic: CGGGTTACCCACTGCTCAACTTTATGCTTGCTACAGCAATATATCTTCTTgtaagtaaaa ... aacactgcagATATCATACAGAGTGTTTGAGCTGACAGGTGTGTTGAAGTCAGCTTTTATT
EST: gi|88502372|gb|CI429878.1|CI429878
EST:     CGGGTTACCCACTGCTCAACTTTATGCTTGCTACAGCAATATATCTTCTT                         ATATCATACAGAGTGTTTGAGCTGACAGGTGTGTTGAAGTCAGCTTTTATT
genomic: CGGGTTACCCACTGCTCAACTTTATGCTTGCTACAGCAATATATCTTCTTgtaagtaaaa ... aacactgcagATATCATACAGAGTGTTTGAGCTGACAGGTGTGTTGAAGTCAGCTTTTATT
EST: gi|88477010|gb|CI414281.1|CI414281
EST:     CGGGTTACCCACTGCTCAACTTTATGCTTGCTACAGCAATATATCTTCTT                         ATATCATACAGAGTGTTTGAGCTGACAGGTGTGTTGAAGTCAGCTTTTATT
genomic: CGGGTTACCCACTGCTCAACTTTATGCTTGCTACAGCAATATATCTTCTTgtaagtaaaa ... aacactgcagATATCATACAGAGTGTTTGAGCTGACAGGTGTGTTGAAGTCAGCTTTTATT
EST: gi|88560911|gb|CI491614.1|CI491614
EST:     CGGGTTACCCACTGCTCAACTTTATGCTTGCTACAGCAATATATCTTCTT                         ATATCATACAGAGTTTTTGAGCTGACAGGTGTGTTGAAGTCAGCTTTTATT
genomic: CGGGTTACCCACTGCTCAACTTTATGCTTGCTACAGCAATATATCTTCTTgtaagtaaaa ... aacactgcagATATCATACAGAGTGTTTGAGCTGACAGGTGTGTTGAAGTCAGCTTTTATT
EST: gi|29659100|gb|CB655375.1|CB655375
EST:     CGGGTTACCCACTGCTCAACTTTATGCTTGCTACAGCAATATATCTTCTT                         ATATCATACAGAGTGTTTGAGCTGACAGGTGTGTTGAAGTCAGCTTTTATT
genomic: CGGGTTACCCACTGCTCAACTTTATGCTTGCTACAGCAATATATCTTCTTgtaagtaaaa ... aacactgcagATATCATACAGAGTGTTTGAGCTGACAGGTGTGTTGAAGTCAGCTTTTATT
EST: gi|88322184|gb|CI537767.1|CI537767
EST:     CGGGTTACCCACTGCTCAACTTTATGCTTGCTACAGCAATATATCTTCTT                         ATATCATACAGAGTGTTTGAGCTGACAGGTGTGTTGAAGTCAGCTTTTATT
genomic: CGGGTTACCCACTGCTCAACTTTATGCTTGCTACAGCAATATATCTTCTTgtaagtaaaa ... aacactgcagATATCATACAGAGTGTTTGAGCTGACAGGTGTGTTGAAGTCAGCTTTTATT
EST: gi|88846659|gb|CI373427.1|CI373427
EST:     CGGGTTACCCACTGCTCAACTTTATGCTTGCTACAGCAATATATCTTCTT                         ATATCATACAGAGTGTTTGAGCTGACAGGTGTGTTGAAGTCAGCTTTTATT
genomic: CGGGTTACCCACTGCTCAACTTTATGCTTGCTACAGCAATATATCTTCTTgtaagtaaaa ... aacactgcagATATCATACAGAGTGTTTGAGCTGACAGGTGTGTTGAAGTCAGCTTTTATT
EST: gi|88515591|gb|CI443245.1|CI443245
EST:     CGGGTTACCCACTGCTCAACTTTATGCTTGCTACAGCAATATATCTTCTT                         ATATCATACAGAGTGTTTGAGCTGACAGGTGTGTTGAAGTCAGCTTTTATT
genomic: CGGGTTACCCACTGCTCAACTTTATGCTTGCTACAGCAATATATCTTCTTgtaagtaaaa ... aacactgcagATATCATACAGAGTGTTTGAGCTGACAGGTGTGTTGAAGTCAGCTTTTATT
EST: gi|86498852|gb|CI141485.1|CI141485
EST:     CGGGTTACCCACTGCTCAACTTTATGCTTGCTACAGCAATATATCTTCTT                         ATATCATACAGAGTGTTTGAGCTGACAGGTGTGTTGAAGTCAGCTTTTATT
genomic: CGGGTTACCCACTGCTCAACTTTATGCTTGCTACAGCAATATATCTTCTTgtaagtaaaa ... aacactgcagATATCATACAGAGTGTTTGAGCTGACAGGTGTGTTGAAGTCAGCTTTTATT
EST: gi|89177189|gb|CI043692.1|CI043692
EST:     CGGGTTACCCACTGCTCAACTTTATGCTTGCTACAGCAATATATCTTCTT                         ATATCATACAGAGTGTTTGAGCTGACAGGTGTGTTGAAGTCAGCTTTTATT
genomic: CGGGTTACCCACTGCTCAACTTTATGCTTGCTACAGCAATATATCTTCTTgtaagtaaaa ... aacactgcagATATCATACAGAGTGTTTGAGCTGACAGGTGTGTTGAAGTCAGCTTTTATT
EST: gi|88517436|gb|CI445090.1|CI445090
EST:     GGGTTACCCACTGCTCAACTTTATGCTTGCTACAGCAATATATCTTCGTT                         ATATCATACAGAGTGTTTGAGCTGACAGGTGTGTTGAAGTCAGCTTTTAT
genomic: GGGTTACCCACTGCTCAACTTTATGCTTGCTACAGCAATATATCTTC-TTgtaagtaaaa ... aacactgcagATATCATACAGAGTGTTTGAGCTGACAGGTGTGTTGAAGTCAGCTTTTAT
EST: gi|86502826|gb|CI145459.1|CI145459
EST:     CGGGTTACCCACTGCTCAACTTTATGCTTGCTACAGCAATATATCTTCTT                         ATATCATACAGAGTGTTTGAGCTGACAGGTGTGTTGAAGTCAGCTTTTATT
genomic: CGGGTTACCCACTGCTCAACTTTATGCTTGCTACAGCAATATATCTTCTTgtaagtaaaa ... aacactgcagATATCATACAGAGTGTTTGAGCTGACAGGTGTGTTGAAGTCAGCTTTTATT
EST: gi|88956170|gb|CI092458.1|CI092458
EST:     CGGGTTACCCACTGCTCAACTTTATGCTTGCTACAGCAATATATCTTCTT                         ATATCATACAGAGTGTTTGAGCTGACAGGTGTGTTGAAGTCAGCTTTTATT
genomic: CGGGTTACCCACTGCTCAACTTTATGCTTGCTACAGCAATATATCTTCTTgtaagtaaaa ... aacactgcagATATCATACAGAGTGTTTGAGCTGACAGGTGTGTTGAAGTCAGCTTTTATT
EST: gi|88507120|gb|CI434626.1|CI434626
EST:     CGGGTTACCCACTGCTCAACTTTATGCTTGGTACAGCAATATATCTTCTT                         ATATCATACAGAGTGTTTGAGCTGACAGGTGTGTTGAAGTCAGCTTTTATT
genomic: CGGGTTACCCACTGCTCAACTTTATGCTTGCTACAGCAATATATCTTCTTgtaagtaaaa ... aacactgcagATATCATACAGAGTGTTTGAGCTGACAGGTGTGTTGAAGTCAGCTTTTATT