Skip to another splice site:
1  
 5'  3'   		2  
 5'  3'   		3  
 5'  3'   		4  
 5'  3'   		5  
 5'  3'   		6  
 5'  3'   		7  
 5'  3'   		8  
 5'  3'   		9  
 5'  3'   

Data associated with selected splice site

Sequence

 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

gttatatatccttattatgcaatatcccatatattctcatgtgatcttatgctctatttatcaattgtatgttattatccttgaccctatgacacgtatgcatatttcaaaaagCTGGACTACTTCTCCACAGAAT

Basic information

species Oryza sativa
transcript LOC_Os01g41565.1
intron # 6
splice site 3'
intron type U2

Orthologous splice sites


 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence


upper sequence: LOC_Os01g41565.1 (Oryza sativa), 3'ss of exon 6
lower sequence: GRMZM2G402242_T02 (Zea mays), 3'ss of exon 6
gttatatatccttattatgcaatatcccatatattctcatgtgatcttatgctctatttatcaattgtatgttattatccttgaccctatgacacgtatgcatatttcaaaaagCTGGACTACTTCTCCACAGAAT
     |||||||   |||| ||||||  |||| |||   | |  |  |||| |   || ||  | | ||| |||  |||||| ||   |||||||||||||||| |||||||||||||| ||||| ||||||||||
-----atatcctgtctatgaaatatcttatattttcatttttt-tactatgttgacttcatttaatatattttaa-atccttaactgcatgacacGTATGCATACTTCAAAAAGCTGGATTACTTTTCCACAGAAT

upper sequence: LOC_Os01g41565.1 (Oryza sativa), 3'ss of exon 6
lower sequence: AT2G44270.1 (Arabidopsis thaliana), 3'ss of exon 6
gttatatatcctt-attatgcaatatcccatatattctcatgtgatcttatgctctatttatcaattgtatgttattatccttgaccctatgacacgtatgcatatttcaaaaagCTGGACTACTTCTCCACAGAAT
     |||||||| | ||   |||  |   | |||    || |   ||||| || | |  |  ||   |||  |  || |||| ||        |||||||| |||||||| |||||||| ||||||||||| ||||
-----atatccttcactacataatg-cttttgtat----atatcg-cttatact-tgtcaacaaaagatattgtgata-ccttaacgtagctttacGTATGCTTATTTCAAGAAGCTGGATTACTTCTCCACTGAAT

upper sequence: LOC_Os01g41565.1 (Oryza sativa), 3'ss of exon 6
lower sequence: AT1G76170.1 (Arabidopsis thaliana), 3'ss of exon 6
gttatatatcctt-attatgcaatatcccatatattctcatgtgatcttatgctctatttatcaattgtatgttattatccttgaccctatgacacgtatgcatatttcaaaaagCTGGACTACTTCTCCACAGAAT
     ||||||||   |||  ||| |    | |    ||  |  |     |   || |  |   |   |||    |   |||| ||    | |||||||||| |||||||| |||||||||||||||||||| ||||
-----atatcctttgctattaaatcttttgttttgcttcccgaaacaactttaactgtcaacagaagatattcgttagaccttaacatagttacacGTATGCTTATTTCAAGAAGCTGGACTACTTCTCCACTGAAT

upper sequence: LOC_Os01g41565.1 (Oryza sativa), 3'ss of exon 6
lower sequence: AT2G44270.2 (Arabidopsis thaliana), 3'ss of exon 7
----------------------gttatatatcctt-attatgcaatatcccatatattctcatgtgatcttatgctctatttatcaattgtatgttattatccttgaccctatgacacgtatgcatatttcaaaaagCTGGACTACTTCTCCACAGAAT
                      || |||||||||| | ||   |||  |   | |||    || |   ||||| || | |  |  ||   |||  |  || |||| ||        |||||||| |||||||| |||||||| ||||||||||| ||||
gtatacatacgaaaaggagattgtcatatatccttcactacataatg-cttttgtat----atatcg-cttatact-tgtcaacaaaagatattgtgata-ccttaacgtagCTTTACGTATGCTTATTTCAAGAAGCTGGATTACTTCTCCACTGAAT

upper sequence: LOC_Os01g41565.1 (Oryza sativa), 3'ss of exon 6
lower sequence: Vv18s0001g00440.t01 (Vitis vinifera), 3'ss of exon 6
gttatatatccttattatgcaatatcccatatattctcatgtgatcttatgctctatttatcaattgtatgttattatccttgaccctatg-acacgtatgcatatttcaaaaagCTGGACTACTTCTCCACAGAAT
        |  |  ||  |   | |   |||| || |  |  |||  |    ||| | | | |  || |       | |||| |||  ||  ||||||||||||||||||||| ||| |||||||| ||||| ||||
-------gttgtggttgagttttttgttatatgttat--tcagattattatttctttctgtaagCTGCAA------AACCTTAACCGGATTTACACGTATGCATATTTCAAAAGGCTAGACTACTTTTCCACCGAAT


 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

Intronic sequence truncated to 55 bases.

atcaattgtatgttattatccttgaccctatgacacgtatgcatatttcaaaaagCTGGACTACTTCTCCACAGAAT
                   ccttgac  putative branch site (score: 4)
     ttgtatgttattat  TA-rich tract