1 5' 3' | 2 5' 3' | 3 5' 3' | 4 5' 3' | 5 5' 3' | 6 5' 3' | 7 5' 3' | 8 5' 3' | 9 5' 3' | 10 5' 3' |
...ctgataatagtttttcattaatccttcatgctgtcacgcatttggtactttgtttactgttattttctttggttaacttctgtccatacgttcctcccagGGTTCATACTTCACCAGCCCAGCTGATAGTTACGACGCACTAGGATTGATGAAGCAGATAAATGTGCAGACTGCTGCTGCTTTGGTGGAAGCCCGTGAGG
species | Oryza sativa |
transcript | LOC_Os01g12860.1 |
intron # | 9 |
splice site | 3' |
intron type | U2 |
EST: AATCTCCTTCAGCATGGAAGTCCCCTTGGTTCGTCGATATGCATTTTCAG GGTTCATACTTCACCAGCCCAGCTGATAGTTACGACGCACTAGGATTGATGEST: gi|88902589|gb|CI088127.1|CI088127
genomic: AATCTCCTTCAGCATGGAAGTCCCCTTGGTTCGTCGATATGCATTTTCAGgtacatttac ... ttcctcccagGGTTCATACTTCACCAGCCCAGCTGATAGTTACGACGCACTAGGATTGATG
EST: CTTCAGCATGGAAGTCCCCTTGGTTCGTCGATATGCATTTTCAG GGTTCATACTTCACCAGCCCAGCTGATAGTTACGACGCACTAGGATTGATGEST: gi|89171246|gb|CI109770.1|CI109770
genomic: CTTCAGCATGGAAGTCCCCTTGGTTCGTCGATATGCATTTTCAGgtacatttac ... ttcctcccagGGTTCATACTTCACCAGCCCAGCTGATAGTTACGACGCACTAGGATTGATG
EST: AATCTCCTTCAGCATGGAAGTCCCCTTGGTTCGTCGATATGCATTTTCAG GGTTCATACTTCACCAGCCCAGCTGATAGTTACGACGCACTAGGATTGATG
genomic: AATCTCCTTCAGCATGGAAGTCCCCTTGGTTCGTCGATATGCATTTTCAGgtacatttac ... ttcctcccagGGTTCATACTTCACCAGCCCAGCTGATAGTTACGACGCACTAGGATTGATG
tactttgtttactgttattttctttggttaacttctgtccatacgttcctcccagGGTTCATACTTCACCAGCCCAGCTGATAGTTACGACGCACTAGGATTGATGAAGCAGATAAATGTGCAGACTGCTGCTGCTTTGGTGGAAGCCCGTGAGG
ggttaac putative branch site (score: 7)
cgttcctccc putative PPT
tttactgttatttt TA-rich tract
atgc | intron | ATGC | exonic elements by Pertea et al. |
ATGC | exon | atgc | putative intronic elements |
ATGC | putative exonic elements identified for retained introns |
10 20 30 40 50 60 70 80 90 100 110 120 130 140 150 160 170 180 190 200 210 220 ---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------| ctgataatagtttttcattaatccttcatgctgtcacgcatttggtactttgtttactgttattttctttggttaacttctgtccatacgttcctcccagGGTTCATACTTCACCAGCCCAGCTGATAGTTACGACGCACTAGGATTGATGAAGCAGATAAATGTGCAGACTGCTGCTGCTTTGGTGGAAGCCCGTGAGG
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - GCAGAT
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - TGCTGC
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - GCTGCT
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - TGCTGC
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - GCTGCT
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - TGGTGG
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - GGTGGA
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - TGGAAG
- - - - - - tttcatt
- - - - - - - - - - - - ttcatgc
- - - - - - - - - - - - - - - - - cacgcat
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - tggtact
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -acttctg
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - tccatac