1 5' 3' | 2 5' 3' | 3 5' 3' | 4 5' 3' | 5 5' 3' | 6 5' 3' | 7 5' 3' | 8 5' 3' |
...aactggcctatgcctttaattatgattgaactgttatactcttcgttctgcttaatgcccatgttctgcctacatcttagctgaatcaagtttgtttcagTCTGTTTCATTCACAGGAATTGCTGGGTTTGTTCTTGCTGCTGGGTGGTTTATTTCGTTTGGAATTGCTGTAGCTGCAAGCTGCTTTTGGAAATCAAGAA
species | Oryza sativa |
transcript | LOC_Os01g03110.1 |
intron # | 2 |
splice site | 3' |
intron type | U2 |
EST: TTAGGATGTATGGAGGAGGGTGGAACATCACTAACAAGCACTATTGGGCG TCTGTTTCATTCACAGGAATTGCTGGGTTTGTTCTTGCTGCTGGGTGGTTTEST: gi|88403313|gb|CI573036.1|CI573036
genomic: TTAGGATGTATGGAGGAGGGTGGAACATCACTAACAAGCACTATTGGGCGgtatgtgttg ... tttgtttcagTCTGTTTCATTCACAGGAATTGCTGGGTTTGTTCTTGCTGCTGGGTGGTTT
EST: TTAGGATGTATGGAGGAGGGTGGAACATCACTAACAAGCACTATTGGGCG TCTGTTTCATTCACAGGAATTGCTGGGTTTGTTCTTGCTGCTGGGTGGTTTEST: gi|29634659|gb|CB639668.1|CB639668
genomic: TTAGGATGTATGGAGGAGGGTGGAACATCACTAACAAGCACTATTGGGCGgtatgtgttg ... tttgtttcagTCTGTTTCATTCACAGGAATTGCTGGGTTTGTTCTTGCTGCTGGGTGGTTT
EST: TTANGATGTATGGAGGAGGGTGGAACATCACTAACAAGCACTATTGGGCG TCTGTTTCATTCACAGGAATTGCTGGGTTTGTTCTTGCTGCTGGGTGGTTT
genomic: TTAGGATGTATGGAGGAGGGTGGAACATCACTAACAAGCACTATTGGGCGgtatgtgttg ... tttgtttcagTCTGTTTCATTCACAGGAATTGCTGGGTTTGTTCTTGCTGCTGGGTGGTTT
ttctgcttaatgcccatgttctgcctacatcttagctgaatcaagtttgtttcagTCTGTTTCATTCACAGGAATTGCTGGGTTTGTTCTTGCTGCTGGGTGGTTTATTTCGTTTGGAATTGCTGTAGCTGCAAGCTGCTTTTGGAAATCAAGAA
gcttaat putative branch site (score: 39)
tttgtttc putative PPT
tttgttt TA-rich tract
atgc | intron | ATGC | exonic elements by Pertea et al. |
ATGC | exon | atgc | putative intronic elements |
ATGC | putative exonic elements identified for retained introns |
10 20 30 40 50 60 70 80 90 100 110 120 130 140 150 160 170 180 190 200 210 220 ---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------| aactggcctatgcctttaattatgattgaactgttatactcttcgttctgcttaatgcccatgttctgcctacatcttagctgaatcaagtttgtttcagTCTGTTTCATTCACAGGAATTGCTGGGTTTGTTCTTGCTGCTGGGTGGTTTATTTCGTTTGGAATTGCTGTAGCTGCAAGCTGCTTTTGGAAATCAAGAA
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - AGCTGC
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - CAAGCT
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - AAGCTG
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - AGCTGC
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - GCTGCT
- - - -ctatgcc
- - - - - - - - - -ttatgat
- - - - - - - - - - - - - tgaactg
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -aatgccc
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -ttctgcc
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - ctgaatc