1 5' 3' | 2 5' 3' | 3 5' 3' | 4 5' 3' | 5 5' 3' | 6 5' 3' | 7 5' 3' | 8 5' 3' |
...gaacagactggattgatgtttgtttggaaggaaagattataggatttctcggcatgtttacagtcctacagcatcatacctaaaccttttaatgttacagGTCGTGCTTCCTGAGGGATCGACAAGTCCACAAGCTGTAGTTCCTTTCCTGATGGAACAATATCTTGAG
species | Oryza sativa |
transcript | 13113.m00157 |
intron # | 5 |
splice site | 3' |
intron type | U2 |
ttctcggcatgtttacagtcctacagcatcatacctaaaccttttaatgttacagGTCGTGCTTCCTGAGGGATCGACAAGTCCACAAGCTGTAGTTCCTTTCCTGATGGAACAATATCTTGAG
ttttaat putative branch site (score: 61)
cctttta CT-rich tract
ttttaatgtta TA-rich tract
atgc | intron | ATGC | exonic elements by Pertea et al. |
ATGC | exon | atgc | putative intronic elements |
ATGC | putative exonic elements identified for retained introns |
10 20 30 40 50 60 70 80 90 100 110 120 130 140 150 160 170 180 190 200 210 220 ---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------| gaacagactggattgatgtttgtttggaaggaaagattataggatttctcggcatgtttacagtcctacagcatcatacctaaaccttttaatgttacagGTCGTGCTTCCTGAGGGATCGACAAGTCCACAAGCTGTAGTTCCTTTCCTGATGGAACAATATCTTGAG
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - CAAGCT
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - AAGCTG
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - GATGGA
gaacaga
- - - - - - - - tgtttgt
- - - - - - - - - - - - - gaaggaaa
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - ggcatgt
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -ctacagc
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -acctaaa