Skip to another splice site:
1  
 5'  3'   		2  
 5'  3'   		3  
 5'  3'   		4  
 5'  3'   		5  
 5'  3'   		6  
 5'  3'   		7  
 5'  3'   		8  
 5'  3'   		9  
 5'  3'   		10  
 5'  3'   		11  
 5'  3'   		12  
 5'  3'   

Data associated with selected splice site

Sequence

 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

GTGGTTGATGGCTGTTGGAACAGTTATATGTGCTTCACTATGGTCAGATATAACTGCTCCTGATCAAACTGATGAACGCTATAATGAATTGTCTCCCAAGgtttttccgtgcaaccctacatctatctttatgatatatgctcaaatgtaatcttatgtacttttcttgttgtttgacgtgactgaagtagtttaagtta...

Basic information

species Glycine max
transcript GLYMA20G39260.1
intron # 4
splice site 5'
intron type U2

Orthologous splice sites


 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence


upper sequence: GLYMA20G39260.1 (Glycine max), 5'ss of exon 4
lower sequence: Vv05s0062g01250.t01 (Vitis vinifera), 5'ss of exon 5
GTGGTTGATGGCTGTTGGAACAGTTATATGTGCTTCACTATGGTCAGATATAACTGCTCCTGATCAAACTGATGAACGCTATAATGAATTGTCTCCCAAGgtttttc--cgtgcaaccctacatct--atctttatgat---atatgctcaaatgtaat-cttat-gtacttttcttgttgtttgacgtgactgaagtagtttaagtta
 ||| |||||||||||||||| ||| | ||||||||||| ||||||||    | |||   ||| || | |||||| ||||||||||||||||| || ||||||| |   | | ||    |  ||||  |  ||||   |    | |  | || || ||| ||| | | |  | ||||| | |    | |  || || | ||        
ATGGATGATGGCTGTTGGAACTGTTGTCTGTGCTTCACTTTGGTCAGAGTATATTGCATGTGAGCAGAATGATGAGCGCTATAATGAATTGTCACCAAAGgtttattatccttcatttttgaatcttgaagtttacatttaagtttctttaattggaatgcttgttgcagatgtcttgatatgcatcatagct-aacttgt--------