1 5' 3' | 2 5' 3' | 3 5' 3' | 4 5' 3' | 5 5' 3' |
gtaagtgcacacatgtcaccacctccttttctttttgggatcttgattcattcaataaattatgaggctatccatacagGTTGCCTTATGCTCAGTGCTATGGCGGGCATCAATTTGGTATGTGGGCTGGGCAGCTGGGTGATGGCAGGGCAATGACTCTAGGGGAGATACTGAATTCT
species | Glycine max |
transcript | GLYMA20G39090.3 |
intron # | 1 |
splice site | 3' |
intron type | U2 |
EST: AGGCCAGATTTTCCCCTTTTCTTCTCTGGTGCCACACCTTTAGTTGGAGC GTTGCCTTATGCTCAGTGCTATGGCGGGCATCAATTTGGTATGTGGGCTGGEST: gi|37994337|gb|CF806083.1|CF806083
genomic: AGGCCAGATTTTCCCCTTTTCTTCTCTGGTGCCACACCTTTAGTTGGAGCgtaagtgcac ... atccatacagGTTGCCTTATGCTCAGTGCTATGGCGGGCATCAATTTGGTATGTGGGCTGG
EST: AGGCCAGATTTTCCCCTTTTCTTCTCTGGTGCCACACCTTTAGTTGGAGC GTTGCCTTATGCTCAGTGCTATGGCGGGCATCAATTTGGTATGTGGGCTGGEST: gi|19269915|gb|BM886171.1|BM886171
genomic: AGGCCAGATTTTCCCCTTTTCTTCTCTGGTGCCACACCTTTAGTTGGAGCgtaagtgcac ... atccatacagGTTGCCTTATGCTCAGTGCTATGGCGGGCATCAATTTGGTATGTGGGCTGG
EST: AGGCCAGATTTTCCCCTTTTCTTCTCTGGTGCCACACCTTTAGTTGGAGC GTTGCCTTATGCTCAGTGCTATGGCGGGCATCAATTTGGTATGTGGGCTGG
genomic: AGGCCAGATTTTCCCCTTTTCTTCTCTGGTGCCACACCTTTAGTTGGAGCgtaagtgcac ... atccatacagGTTGCCTTATGCTCAGTGCTATGGCGGGCATCAATTTGGTATGTGGGCTGG
ccttttctttttgggatcttgattcattcaataaattatgaggctatccatacagGTTGCCTTATGCTCAGTGCTATGGCGGGCATCAATTTGGTATGTGGGCTGGGCAGCTGGGTGATGGCAGGGCAATGACTCTAGGGGAGATACTGAATTCT
tcttgat putative branch site (score: 4)
ttgattcattcaataa TA-rich tract
atgc | intron | ATGC | exonic elements by Pertea et al. |
ATGC | exon | atgc | putative intronic elements |
ATGC | putative exonic elements identified for retained introns |
10 20 30 40 50 60 70 80 90 100 110 120 130 140 150 160 170 180 190 200 210 220 ---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------| gtaagtgcacacatgtcaccacctccttttctttttgggatcttgattcattcaataaattatgaggctatccatacagGTTGCCTTATGCTCAGTGCTATGGCGGGCATCAATTTGGTATGTGGGCTGGGCAGCTGGGTGATGGCAGGGCAATGACTCTAGGGGAGATACTGAATTCT
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - GCAGCT
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - CAGCTG
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - GGAGAT