Skip to another splice site:
1  
 5'  3'   		2  
 5'  3'   		3  
 5'  3'   		4  
 5'  3'   		5  
 5'  3'   		6  
 5'  3'   		7  
 5'  3'   		8  
 5'  3'   		9  
 5'  3'   		10  
 5'  3'   		11  
 5'  3'   		12  
 5'  3'   		13  
 5'  3'   

Data associated with selected splice site

Sequence

 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

...tatatttagattcacatatgtgctagtttctacttttcttgtaacaatatatagctgtgtctatcgaatgcatctctattaatcatcatttcaaatacagATGCGATGTTTATAGTTTTGGAGTCATCCTATGGGAGCTTGCCACTCTAAGGTTGCCGTGGAGTGAAATGAATACTATGCAAGTTGTTGGTGCCGTTGGT

Basic information

species Glycine max
transcript GLYMA20G37330.1
intron # 12
splice site 3'
intron type U2

Orthologous splice sites


 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence


upper sequence: GLYMA20G37330.1 (Glycine max), 3'ss of exon 12
lower sequence: Vv14s0030g01440.t01 (Vitis vinifera), 3'ss of exon 11
--tatatttag--attcacatatgtgctagtttctacttttcttgtaacaatatatagctgtgtctatcgaatgcatctctattaatcatcatttcaaatacagATGCGATGTTTATAGTTTTGGAGTCATCCTATGGGAGCTTGCCACTCTAAGGTTGCCGTGGAGTGAAATGAATACTATGCAAGTTGTTGGTGCCGTTGGT
    | ||| |   || | |     |  ||     | |||   | | | || | ||   ||   |||   | ||    | ||  |  |   ||||||  ||||| || ||||| ||||| |||||| |||| || ||||||||||| ||| |||||||||| |||||||  |||||| | ||||||||||| || || || |||
gccctgtttggttgttgagaataaggagagagaaaagtttcaatcttataaca-atcattgcaactaaaaattga---tataacatgccaaatttcacttacagGTGTGATGTCTATAGCTTTGGAATCATTCTGTGGGAGCTTGCAACTTTAAGGTTGCCTTGGAGTGGGATGAATCCAATGCAAGTTGTGGGAGCAGTAGGT
















Mapped EST sequences

Showing partial alignments of ESTs and genomic sequences. See full alignments


 ATGC     EST sequence
 ATGC     genomic sequence (exon)
 ATGC     genomic sequence (truncated intron)


EST: gi|31459034|gb|CD401062.1|CD401062
EST:     CCGGAATGGATGGCTCCTGAAGTTCTCCGCAATGAACCCTCAAATGAGAA                         ATGCGATGTTTATAGTTTTGGAGTCATCCTATGGGAGCTTGCCACTCTAAG
genomic: CCGGAATGGATGGCTCCTGAAGTTCTCCGCAATGAACCCTCAAATGAGAAgtgagttgtt ... tcaaatacagATGCGATGTTTATAGTTTTGGAGTCATCCTATGGGAGCTTGCCACTCTAAG
EST: gi|51338473|gb|CO982339.1|CO982339
EST:     CCGGAATGGATGGCTCCTGAAGTTCTCCGCAATGAACCCTCAAATGAGAA                         ATGCGATGTTTATAGTTTTGGAGTCATCCTATGGGAGCTTGCCACTCTAAG
genomic: CCGGAATGGATGGCTCCTGAAGTTCTCCGCAATGAACCCTCAAATGAGAAgtgagttgtt ... tcaaatacagATGCGATGTTTATAGTTTTGGAGTCATCCTATGGGAGCTTGCCACTCTAAG
EST: gi|298181852|gb|HO026027.1|HO026027
EST:     CCGGAATGGATGGCTCCTGAAGTTCTCCGCAATGAGCCCTCAAATGAGAA                         ATGCGATGTTTATAGTTTTGGAGTCATCTTATGGGAGCTTGCCACTCTAAG
genomic: CCGGAATGGATGGCTCCTGAAGTTCTCCGCAATGAACCCTCAAATGAGAAgtgagttgtt ... tcaaatacagATGCGATGTTTATAGTTTTGGAGTCATCCTATGGGAGCTTGCCACTCTAAG
EST: gi|4396654|gb|AI495651.1|AI495651
EST:     CCGGAATGGATGGCTCCTGAAGTTCTCCGCAATGAACCCTCAAATGAGAA                         ATGCGATGTTTATAGTTTTGGAGTCATCCTATGGGAGCTTGCCACTCTAAG
genomic: CCGGAATGGATGGCTCCTGAAGTTCTCCGCAATGAACCCTCAAATGAGAAgtgagttgtt ... tcaaatacagATGCGATGTTTATAGTTTTGGAGTCATCCTATGGGAGCTTGCCACTCTAAG
EST: gi|151403479|gb|EV273289.1|EV273289
EST:     AAGTTCTCCGCAATGAACCCTCAAATGAGAA                         ATGCGATGTTTATAGTTTTGGAGTCATCCTATGGGAGCTTGCCACTCTAAG
genomic: AAGTTCTCCGCAATGAACCCTCAAATGAGAAgtgagttgtt ... tcaaatacagATGCGATGTTTATAGTTTTGGAGTCATCCTATGGGAGCTTGCCACTCTAAG
EST: gi|19054297|gb|BM732964.1|BM732964
EST:     CCGGAATGGATGGCTCCTGAAGTTCTCCGCAATGAACCCTCAAATGAGAA                         ATGCGATGTTTATAGTTTTGGAGTCATCCTATGGGAGCTTGCCACTCTAAG
genomic: CCGGAATGGATGGCTCCTGAAGTTCTCCGCAATGAACCCTCAAATGAGAAgtgagttgtt ... tcaaatacagATGCGATGTTTATAGTTTTGGAGTCATCCTATGGGAGCTTGCCACTCTAAG
EST: gi|209714333|gb|BW677046.1|BW677046
EST:     AATGAACCCTCAAATGAGAA                         ATGCGATGTTTATAGTTTTGGAGTCATCCTATGGGAGCTTGCCACTCTAAG
genomic: AATGAACCCTCAAATGAGAAgtgagttgtt ... tcaaatacagATGCGATGTTTATAGTTTTGGAGTCATCCTATGGGAGCTTGCCACTCTAAG
EST: gi|151393400|gb|EV263275.1|EV263275
EST:     CCGGAATGGATGGCTCCTGAAGTTCTCCGCAATGAACCCTCAAATGAGAA                         ATGCGATGTTTATAGTTTTGGAGTCATCCTATGGGAGCTTGCCACTCTAAG
genomic: CCGGAATGGATGGCTCCTGAAGTTCTCCGCAATGAACCCTCAAATGAGAAgtgagttgtt ... tcaaatacagATGCGATGTTTATAGTTTTGGAGTCATCCTATGGGAGCTTGCCACTCTAAG


 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

Intronic sequence truncated to 55 bases.

aatatatagctgtgtctatcgaatgcatctctattaatcatcatttcaaatacagATGCGATGTTTATAGTTTTGGAGTCATCCTATGGGAGCTTGCCACTCTAAGGTTGCCGTGGAGTGAAATGAATACTATGCAAGTTGTTGGTGCCGTTGGT
                               tattaat  putative branch site (score: 2)
                                        tcatttc  putative PPT
                               tattaatcatcatttc  TA-rich tract
















Putative cis-regulatory sequences

 atgc intron ATGC exonic elements by Pertea et al.
 ATGC exon atgc putative intronic elements
 ATGC putative exonic elements identified for retained introns
        10        20        30        40        50        60        70        80        90        100       110       120       130       140       150       160       170       180       190       200       210       220 
---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------| 
tatatttagattcacatatgtgctagtttctacttttcttgtaacaatatatagctgtgtctatcgaatgcatctctattaatcatcatttcaaatacagATGCGATGTTTATAGTTTTGGAGTCATCCTATGGGAGCTTGCCACTCTAAGGTTGCCGTGGAGTGAAATGAATACTATGCAAGTTGTTGGTGCCGTTGGT

- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -  GTGGAG
- - - - -attcaca
- - - - - - - - tatgtgc
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -gctgtgt
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -gaatgca