1 5' 3' | 2 5' 3' | 3 5' 3' |
...ttgtagtccttagtattgcaattgctacatagtactgtattttggtttacagagaaaaaattgtgatgatttcttaaaagtccttttgttgatctctcagGTGATGTACATGGTCAATATTCTGATCTTTTAAGGCTTTTTGAGTATGGCGGACTACCTCCTGAGGCCAACTACTTATTTTTGGGGGATTATGTGGATCG
species | Glycine max |
transcript | GLYMA20G36510.1 |
intron # | 1 |
splice site | 3' |
intron type | U2 |
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genomic: CCTGCAGCAACCTAATTTGTTGGAGCTTGAAGCACCCATTAAGATTTGCGgtaatttctg ... gatctctcagGTGATGTACATGGTCAATATTCTGATCTTTTAAGGCTTTTTGAGTATGGCG
EST: CCTGCAGCAACCTAATTTGTTGGAGTTTGAAGCACCCATTAAGATTTGCG GTGATGTACATGGTCAATATTCTGATCTTTTAAGGCTTTTTGAGTATAGGAEST: gi|207733346|gb|GD710526.1|GD710526
genomic: CCTGCAGCAACCTAATTTGTTGGAGCTTGAAGCACCCATTAAGATTTGCGgtaatttctg ... gatctctcagGTGATGTACATGGTCAATATTCTGATCTTTTAAGGCTTTTTGAGTAT-GG-
EST: CTTGCAGCAACCTAATTTGTTGGAGCTTGAAGCACCCATTAAGATTTGCG GTGATGTACATGGTCAATATTCTGATCTTTTAAGGCTTTTTGAGTATGGTG
genomic: CCTGCAGCAACCTAATTTGTTGGAGCTTGAAGCACCCATTAAGATTTGCGgtaatttctg ... gatctctcagGTGATGTACATGGTCAATATTCTGATCTTTTAAGGCTTTTTGAGTATGGCG
tttacagagaaaaaattgtgatgatttcttaaaagtccttttgttgatctctcagGTGATGTACATGGTCAATATTCTGATCTTTTAAGGCTTTTTGAGTATGGCGGACTACCTCCTGAGGCCAACTACTTATTTTTGGGGGATTATGTGGATCG
tgttgat putative branch site (score: 4)
tctctc CT-rich tract
atgatttcttaaaa TA-rich tract
atgc | intron | ATGC | exonic elements by Pertea et al. |
ATGC | exon | atgc | putative intronic elements |
ATGC | putative exonic elements identified for retained introns |
10 20 30 40 50 60 70 80 90 100 110 120 130 140 150 160 170 180 190 200 210 220 ---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------| ttgtagtccttagtattgcaattgctacatagtactgtattttggtttacagagaaaaaattgtgatgatttcttaaaagtccttttgttgatctctcagGTGATGTACATGGTCAATATTCTGATCTTTTAAGGCTTTTTGAGTATGGCGGACTACCTCCTGAGGCCAACTACTTATTTTTGGGGGATTATGTGGATCG
- - - - - - -tattgca
- - - - - - - - - - - tgctaca
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - aaaaaat
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -tgatgat