1 5' 3' | 2 5' 3' |
...taggatgaaaaagcattctgttctgcccacaaggatgttcattggttggctatgaaaattttacgtgttttctcaacttttgccgttgctataattgcagGAACCAGTGGCATTCTTGGGCGGAATGTTTGCGGGTATTTTAAGACTTGATTTGAATGAGGAGCCCCTCAAGGAATGGGTTACTAGGACTGCAGAAGCTG
species | Glycine max |
transcript | GLYMA20G35870.1 |
intron # | 2 |
splice site | 3' |
intron type | U2 |
EST: CCTTTTTCATTAATCCTGAACAAGACCTCATCATCAAAGAAGCTCTCAAG GAACCAGTGGCATTCTTGGGCGGAATGTTTGCGGGTATTTTAAGACTTGATEST: gi|31464115|gb|CD406143.1|CD406143
genomic: CCTTTTTCATTAATCCTGAACAAGACCTCATCATCAAAGAAGCTCTCAAGgtatgtgcct ... ataattgcagGAACCAGTGGCATTCTTGGGCGGAATGTTTGCGGGTATTTTAAGACTTGAT
EST: CCTTTTTCATTAATCCTGAACAAGACCTCATCATCAAAGAAGCTCTCAAG GAACCAGTGGCATTCTTGGGCGGAATGTTTGCGGGTATTTTAAGACTTGATEST: gi|298172929|gb|HO019913.1|HO019913
genomic: CCTTTTTCATTAATCCTGAACAAGACCTCATCATCAAAGAAGCTCTCAAGgtatgtgcct ... ataattgcagGAACCAGTGGCATTCTTGGGCGGAATGTTTGCGGGTATTTTAAGACTTGAT
EST: CCTTTTTCATTAATCCTGAACAAGACCTCATCATCAAAGAAGCTCTCAAG GAACCAGTGGCATTCTTGGGCGGAATGTTTGCGGGTATTTTAAGACTTGAT
genomic: CCTTTTTCATTAATCCTGAACAAGACCTCATCATCAAAGAAGCTCTCAAGgtatgtgcct ... ataattgcagGAACCAGTGGCATTCTTGGGCGGAATGTTTGCGGGTATTTTAAGACTTGAT
ttggctatgaaaattttacgtgttttctcaacttttgccgttgctataattgcagGAACCAGTGGCATTCTTGGGCGGAATGTTTGCGGGTATTTTAAGACTTGATTTGAATGAGGAGCCCCTCAAGGAATGGGTTACTAGGACTGCAGAAGCTG
tatgaaaatttta TA-rich tract
atgc | intron | ATGC | exonic elements by Pertea et al. |
ATGC | exon | atgc | putative intronic elements |
ATGC | putative exonic elements identified for retained introns |
10 20 30 40 50 60 70 80 90 100 110 120 130 140 150 160 170 180 190 200 210 220 ---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------| taggatgaaaaagcattctgttctgcccacaaggatgttcattggttggctatgaaaattttacgtgttttctcaacttttgccgttgctataattgcagGAACCAGTGGCATTCTTGGGCGGAATGTTTGCGGGTATTTTAAGACTTGATTTGAATGAGGAGCCCCTCAAGGAATGGGTTACTAGGACTGCAGAAGCTG
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - GAGGAG
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - AAGGAA
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - CTGCAG
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - AGAAGC
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - AAGCTG
- - atgaaaaa
- - - - - - gcattct
- - - - - - - - - - - - gcccaca
- - - - - - - - - - - - - - - - ggatgtt
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - tggttgg
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -ctatgaa
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - ccgttgc