1 5' 3' | 2 5' 3' | 3 5' 3' | 4 5' 3' |
gttagacttcaatctaataataataactgcttgtcttgaagtatggatgttcttttcaaagcattgatgctataagctatatatttgtattatttgcaagattctcttctgctttatgtgatgtgatcatgtgaatcggttctgatattgtggatttgtggtattttatttgctttagACTTGAGGCTGCAACTGGTGCTTGCTATGGAATTTTAGCAAAGAATAATTCTCTGGGCTCGAAGTATCCATCTGAAGAAAACCTCCTACAATGCTTGAGA
species | Glycine max |
transcript | GLYMA20G35670.1 |
intron # | 4 |
splice site | 3' |
intron type | U2 |
EST: GGTTGTTAATAGCCAATGCAATCCCTCAAAACTGGAGTTTGTGAGTTCAG ACTTGAGGCTGCAACTGGTGCTTGCTATGGAATTTTAGCAAAGAATAATTCEST: gi|193338733|gb|FK302190.1|FK302190
genomic: GGTTGTTAATAGCCAATGCAAT-CCTC-AAACTGGAGTTTATGAGTTCAGgttagacttc ... tttgctttagACTTGAGGCTGCAACTGGTGCTTGCTATGGAATTTTAGCAAAGAATAATTC
EST: ATGGTTGTTAATAGCCAATGCAATCCTCAAACTGGAGTTTATGAGTTCAG ACTTGAGGCTGCAACTGGTGCTTGCTATGGAATTTTAG
genomic: ATGGTTGTTAATAGCCAATGCAATCCTCAAACTGGAGTTTATGAGTTCAGgttagacttc ... tttgctttagACTTGAGGCTGCAACTGGTGCTTGCTATGGAATTTTAG
tgatcatgtgaatcggttctgatattgtggatttgtggtattttatttgctttagACTTGAGGCTGCAACTGGTGCTTGCTATGGAATTTTAGCAAAGAATAATTCTCTGGGCTCGAAGTATCCATCTGAAGAAAACCTCCTACAATGCTTGAGA
ttctgat putative branch site (score: 3)
ttttattt putative PPT
tattttatttgcttta TA-rich tract
atgc | intron | ATGC | exonic elements by Pertea et al. |
ATGC | exon | atgc | putative intronic elements |
ATGC | putative exonic elements identified for retained introns |
10 20 30 40 50 60 70 80 90 100 110 120 130 140 150 160 170 180 190 200 210 220 ---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------| gttagacttcaatctaataataataactgcttgtcttgaagtatggatgttcttttcaaagcattgatgctataagctatatatttgtattatttgcaagattctcttctgctttatgtgatgtgatcatgtgaatcggttctgatattgtggatttgtggtattttatttgctttagACTTGAGGCTGCAACTGGTGCTTGCTATGGAATTTTAGCAAAGAATAATTCTCTGGGCTCGAAGTATCCATCTGAAGAAAACCTCCTACAATGCTTGAGA
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - CTGAAG
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - TGAAGA
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - AAGAAA