1 5' 3' | 2 5' 3' | 3 5' 3' | 4 5' 3' | 5 5' 3' | 6 5' 3' | 7 5' 3' |
...ttttaataacattttatttctggcactatgcaagtgtacatgtatttaaatttaaatattgacgatgttcgttgaagccaatatggtgcggtgtttacagGGAACAGAGGTTTGATAGAGTAACCAAGAATCTGAAAGTGACAAGAGTGATCTCTACTTTGGTGGAAGAGATGAAAGCAATAAATGGTGACTCGCAATGT
species | Glycine max |
transcript | GLYMA20G34750.1 |
intron # | 3 |
splice site | 3' |
intron type | U2 |
EST: GAGTCTCAGCAGNNNNNNNNGCTGAAGGGAATTCTATTGGCAGCTACAAG GGAACAGAGGTTTGATAGAGTAACCAAGAATCTGEST: gi|209708385|gb|BW665358.1|BW665358
genomic: GAGTCTCAGCAGAAAAAAAAGCTGAAGGGAATTCTATTGGCAGCTACAAGgtaaatttct ... gtgtttacagGGAACAGAGGTTTGATAGAGTAACCAAGAATCTG
EST: GAGTCTCAGCAGNNNNNNNNGCTGAAGGGAATTCTATTGGCAGCTACAAG GGAACAGAGGTTTGATAGAGTAACCAAGAATC
genomic: GAGTCTCAGCAGAAAAAAAAGCTGAAGGGAATTCTATTGGCAGCTACAAGgtaaatttct ... gtgtttacagGGAACAGAGGTTTGATAGAGTAACCAAGAATC
ttaaatttaaatattgacgatgttcgttgaagccaatatggtgcggtgtttacagGGAACAGAGGTTTGATAGAGTAACCAAGAATCTGAAAGTGACAAGAGTGATCTCTACTTTGGTGGAAGAGATGAAAGCAATAAATGGTGACTCGCAATGT
tattgac putative branch site (score: 2)
tttaaatattga TA-rich tract
atgc | intron | ATGC | exonic elements by Pertea et al. |
ATGC | exon | atgc | putative intronic elements |
ATGC | putative exonic elements identified for retained introns |
10 20 30 40 50 60 70 80 90 100 110 120 130 140 150 160 170 180 190 200 210 220 ---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------| ttttaataacattttatttctggcactatgcaagtgtacatgtatttaaatttaaatattgacgatgttcgttgaagccaatatggtgcggtgtttacagGGAACAGAGGTTTGATAGAGTAACCAAGAATCTGAAAGTGACAAGAGTGATCTCTACTTTGGTGGAAGAGATGAAAGCAATAAATGGTGACTCGCAATGT
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - TGGTGG
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - GGTGGA
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - TGGAAG
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - GGAAGA
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - AAGAGA
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - GAGATG
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - AAGCAA