Skip to another splice site:
1  
 5'  3'   		2  
 5'  3'   		3  
 5'  3'   		4  
 5'  3'   		5  
 5'  3'   		6  
 5'  3'   		7  
 5'  3'   

Data associated with selected splice site

Sequence

 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

...aacataaagacggtcgagcattaatgcattatgttaggttgagcattaatgcattatgtcaggtaatgtttttttttttactcatgtgtttgcattgcagCAAGGCAAATGGGGTTTGAAGATGCTGATGAGGTTCCAGAGCTATGCATATTGGCCCAAGAGTATTTGAAAAAATCCAAAGGGTGCGATGAAAGCATCTT

Basic information

species Glycine max
transcript GLYMA20G34750.1
intron # 1
splice site 3'
intron type U2

Mapped EST sequences

Showing partial alignments of ESTs and genomic sequences. See full alignments


 ATGC     EST sequence
 ATGC     genomic sequence (exon)
 ATGC     genomic sequence (truncated intron)


EST: gi|209701614|gb|BW660970.1|BW660970
EST:     GACGGAATCTGGGCGTCTCGGGGAGATCGAAAAGTTCTCCCACTATGTTG                         CAAGGCAAATGGGGTTTGAAGATGCTGATGAGGTTCCAGAGCTATGCATAT
genomic: GACGGAATCTGGGCGTCTCGGGGAGATCGAAAAGTTCTCCCACTATGTTGgtatgtatgt ... tgcattgcagCAAGGCAAATGGGGTTTGAAGATGCTGATGAGGTTCCAGAGCTATGCATAT
EST: gi|208194761|gb|GD989374.1|GD989374
EST:     GACGGAATCTGGGCGTCTCGGGGAGATCGAAAAGTTCTCCCACTATGTTG                         CAAGGCAAATGGGGTTTGAAGATGCTGATGAGGTTCCAGAGCTATGCATAT
genomic: GACGGAATCTGGGCGTCTCGGGGAGATCGAAAAGTTCTCCCACTATGTTGgtatgtatgt ... tgcattgcagCAAGGCAAATGGGGTTTGAAGATGCTGATGAGGTTCCAGAGCTATGCATAT
EST: gi|208191588|gb|GD991466.1|GD991466
EST:     GACGGAATCTGGGCGTCTCGGGGAGATCGAAAAGTTCTCCCACTATGTTG                         CAAGGCAAATGGGGTTTGAAGATGCTGATGAGGTTCCAGAGCTATGCATAT
genomic: GACGGAATCTGGGCGTCTCGGGGAGATCGAAAAGTTCTCCCACTATGTTGgtatgtatgt ... tgcattgcagCAAGGCAAATGGGGTTTGAAGATGCTGATGAGGTTCCAGAGCTATGCATAT
EST: gi|193399776|gb|FK362685.1|FK362685
EST:     GACGGAATCTGGGCGTCTCGGGGAGATCGAAAAGTTCTCCCACTATGTTG                         CAAGGCAAATGGGGTTTGAAGATGCTGATGAGGTTCCAGAGCTATGCATAT
genomic: GACGGAATCTGGGCGTCTCGGGGAGATCGAAAAGTTCTCCCACTATGTTGgtatgtatgt ... tgcattgcagCAAGGCAAATGGGGTTTGAAGATGCTGATGAGGTTCCAGAGCTATGCATAT
EST: gi|6095196|gb|AW119863.1|AW119863
EST:     GACGGAATCTGGGCGTCTCGGGGAGATCGAAAAGTTCTCCCACTATGTTG                         CAAGGCANATGGNGTTTGAAGATGCTGATGAGGTTCCAGAGCTATGCATAT
genomic: GACGGAATCTGGGCGTCTCGGGGAGATCGAAAAGTTCTCCCACTATGTTGgtatgtatgt ... tgcattgcagCAAGGCAAATGGGGTTTGAAGATGCTGATGAGGTTCCAGAGCTATGCATAT
EST: gi|209708385|gb|BW665358.1|BW665358
EST:     GACGGAATCTGGGCGTCTCGGGGAGATCGAAAAGTTCTCCCACTATGTTG                         CAAGGCAAATGGGGTTTGAAGATGCTGATGAGGTTCCAGAGCTATGCATAT
genomic: GACGGAATCTGGGCGTCTCGGGGAGATCGAAAAGTTCTCCCACTATGTTGgtatgtatgt ... tgcattgcagCAAGGCAAATGGGGTTTGAAGATGCTGATGAGGTTCCAGAGCTATGCATAT
EST: gi|208329903|gb|GE129720.1|GE129720
EST:     GACGGAATCTGGGCGTCTCGGGGAGATCGAAAAGTTCTCCCACTATGTTG                         CAAGGCAAATGGGGTTTGGAAGATGCTGATGAGGTTCCAGAGCTATGCATA
genomic: GACGGAATCTGGGCGTCTCGGGGAGATCGAAAAGTTCTCCCACTATGTTGgtatgtatgt ... tgcattgcagCAAGGCAAATGGGGTTTG-AAGATGCTGATGAGGTTCCAGAGCTATGCATA


 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

Intronic sequence truncated to 55 bases.

ttaatgcattatgtcaggtaatgtttttttttttactcatgtgtttgcattgcagCAAGGCAAATGGGGTTTGAAGATGCTGATGAGGTTCCAGAGCTATGCATATTGGCCCAAGAGTATTTGAAAAAATCCAAAGGGTGCGATGAAAGCATCTT
 cattaat  putative branch site (score: 3)
                  taatgttttttttttt  TA-rich tract