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Data associated with selected splice site

Sequence

 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

...gaaaataaacacatctctttaatgaaaatattccttacatatacaatgtcatattcttcaatatctatttaattattattccatgaattataaattttagAAATACCTTCTTGAGCAACGAGCAGTCGTTGATGTTGATGGAGGGACATTGCTGAATGAAGACTATGACATCAGATCT

Basic information

species Glycine max
transcript GLYMA20G34060.1
intron # 16
splice site 3'
intron type U2

Orthologous splice sites


 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence


upper sequence: GLYMA20G34060.1 (Glycine max), 3'ss of exon 16
lower sequence: AT4G25120.1 (Arabidopsis thaliana), 3'ss of exon 16
gaaaataaacacatctctttaatgaaaatattccttacatatacaatgtcatattcttcaatatctatttaa---ttattattccatgaattataaattttagAAATACCTTCTTGAGCAACGAGCAGTCGTTGATGTTGATGGAGGGACATTGCTGAATGAAGACTATGACATCAGATCT
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upper sequence: GLYMA20G34060.1 (Glycine max), 3'ss of exon 16
lower sequence: Vv16s0013g00300.t01 (Vitis vinifera), 3'ss of exon 15
gaaaataaacaca-tctctttaatgaa-aatattccttacatatacaatgtcatattcttcaatatctatttaattattattccatgaattataaattttagAAATACCTTCTTGAGCAACGAGCAGTCGTTGATGTTGATGGAGGGACATTGCTGAATGAAGACTATGACATCAGATCT
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-aaaatgatgactctcttttcaatgattaaaataccttgattttggtgcattatac-ctacattaacatttgtcatgttccaatacacatttaaatttgtagAAATACCTACTTGAGCAGCGAGCAGTTGTTGATGTTGATGGAGGGAAATTGCTGAATGAAGACAATGACATTAGATCT


















 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

Intronic sequence truncated to 55 bases.

atgtcatattcttcaatatctatttaattattattccatgaattataaattttagAAATACCTTCTTGAGCAACGAGCAGTCGTTGATGTTGATGGAGGGACATTGCTGAATGAAGACTATGACATCAGATCT
                     atttaat  putative branch site (score: 4)
              aatatctatttaatta  TA-rich tract
















Putative cis-regulatory sequences

 atgc intron ATGC exonic elements by Pertea et al.
 ATGC exon atgc putative intronic elements
 ATGC putative exonic elements identified for retained introns
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gaaaataaacacatctctttaatgaaaatattccttacatatacaatgtcatattcttcaatatctatttaattattattccatgaattataaattttagAAATACCTTCTTGAGCAACGAGCAGTCGTTGATGTTGATGGAGGGACATTGCTGAATGAAGACTATGACATCAGATCT

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- - - -aacacat
- - - - - - - - - - - - - - - - - - -catatac
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