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Data associated with selected splice site

Sequence

 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

gtaagtatcatccaactaaaattatagctattttatgtgattaattttaagattaaacatgtatttaacactcttaaacatgtatttaacactcttaagattaaacatgtatttaactaaaacatgtatttgctgattattttttttttataattatcttgtcacatattatatattttttgaattgtagGTGCGTGACTCAGCTGGTCAACTTAAAGCAAATGGAACAGTAGTGGCTGATGCCGCACTTGGTTCTATCCATGCCCAAAAAGCAATCACTGATCCTCAGT

Basic information

species Glycine max
transcript GLYMA20G33290.1
intron # 2
splice site 3'
intron type U2

Mapped EST sequences

Showing partial alignments of ESTs and genomic sequences. See full alignments


 ATGC     EST sequence
 ATGC     genomic sequence (exon)
 ATGC     genomic sequence (truncated intron)


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genomic: GCTGAAAAGCTTTTTGGATTGgtaagtatca ... tgaattgtagGTGCGTGACTCAGCTGGTCAACTTAAAGCAAATGGAACAGTAGTGGCTGAT
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genomic: ATCCTAGTAATCCTAAGCTCACGGGCCATGCTGAAAAGCTTTTTGGATTGgtaagtatca ... tgaattgtagGTGCGTGACTCAGCTGGTCAACTTAAAGCAAATGGAACAGTAGTGGCTGAT
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EST:     ATCCTAGTAATCCTAAGCTCACGGGCCATGCTGAAAAGCTTTTTGGATTG                         GTGCGTGACTCAGCTGGTCAACTTAAAGCAAATGGAACAGTAGTGGCTGAT
genomic: ATCCTAGTAATCCTAAGCTCACGGGCCATGCTGAAAAGCTTTTTGGATTGgtaagtatca ... tgaattgtagGTGCGTGACTCAGCTGGTCAACTTAAAGCAAATGGAACAGTAGTGGCTGAT
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genomic: ATCCTAGTAATCCTAAGCTCACGGGCCATGCTGAAAAGCTTTTTGGATTGgtaagtatca ... tgaattgtagGTGCGTGACTCAGCTGGTCAACTTAAAGCAAATGGAACAGTAGTGGCTGAT
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genomic: ATCCTAGTAATCCTAAGCTCACGGGCCATGCTGAAAAGCTTTTTGGATTGgtaagtatca ... tgaattgtagGTGCGTGACTCAGCTGGTCAACTTAAAGCAAATGGAACAGTAGTGGCTGAT
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genomic: ATCCTAGTAATCCTAAGCTCACGGGCCATGCTGAAAAGCTTTTTGGATTGgtaagtatca ... tgaattgtagGTGCGTGACTCAGCTGGTCAACTTAAAGCAAATGGAACAGTAGTGGCTGAT
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EST:     ATCCTAGTAATCCTAAGCTCACGGGCCATGCTGAAAAGCTTTTTGGATTG                         GTGCGTGACTCAGCTGGTCAACTTAAAGCAAATGGAACAGTAGTGGCTGAT
genomic: ATCCTAGTAATCCTAAGCTCACGGGCCATGCTGAAAAGCTTTTTGGATTGgtaagtatca ... tgaattgtagGTGCGTGACTCAGCTGGTCAACTTAAAGCAAATGGAACAGTAGTGGCTGAT
EST: gi|213604125|gb|DB974223.1|DB974223
EST:     ATCCTAGTAATCCTAAGCTCACGGGCCATGCTGAAAAGCTTTTTGGATTG                         GTGCGTGACTCAGCTGGTCAACTTAAAGCAAATGGAACAGTAGTGGCTGAT
genomic: ATCCTAGTAATCCTAAGCTCACGGGCCATGCTGAAAAGCTTTTTGGATTGgtaagtatca ... tgaattgtagGTGCGTGACTCAGCTGGTCAACTTAAAGCAAATGGAACAGTAGTGGCTGAT
EST: gi|5820497|gb|AI988703.1|AI988703
EST:     ATCCTAGTAATCCTAAGCTCACGGGCCATGCTGAAAAGCTTTTTGGATTG                         GTGCGTGACTCAGCTGGTCAACTTAAAGCACATGGAACAGTAGTGGCTGAT
genomic: ATCCTAGTAATCCTAAGCTCACGGGCCATGCTGAAAAGCTTTTTGGATTGgtaagtatca ... tgaattgtagGTGCGTGACTCAGCTGGTCAACTTAAAGCAAATGGAACAGTAGTGGCTGAT
EST: gi|209709542|gb|BW661869.1|BW661869
EST:     ATCCTAGTAATCCTAAGCTCACGGGCCATGCTGAAAAGCTTTTTGGATTG                         GTGCGTGACTCAGCTGGTCAACTTAAGGCAAATGGAACAGTAGTGGCTGAT
genomic: ATCCTAGTAATCCTAAGCTCACGGGCCATGCTGAAAAGCTTTTTGGATTGgtaagtatca ... tgaattgtagGTGCGTGACTCAGCTGGTCAACTTAAAGCAAATGGAACAGTAGTGGCTGAT
EST: gi|213602358|gb|DB980421.1|DB980421
EST:     ATCCTAGTAATCCTAAGCTCACGGGCCATGCTGAAAAGCTTTTTGGATTG                         GTGCGTGACTCAGCTGGTCAACTTAAAGCAAATGGAACAGTAGTGGCTGAT
genomic: ATCCTAGTAATCCTAAGCTCACGGGCCATGCTGAAAAGCTTTTTGGATTGgtaagtatca ... tgaattgtagGTGCGTGACTCAGCTGGTCAACTTAAAGCAAATGGAACAGTAGTGGCTGAT
EST: gi|213591490|gb|DB955754.1|DB955754
EST:     ATCCTAGTAATCCTAAGCTCACGGGCCATGCTGAAAAGCTTTTTGGATTG                         GTGCGTGACTCAGCTGGTCAACTTAAAGCAAATGGAACAGTAGTGGCTGAT
genomic: ATCCTAGTAATCCTAAGCTCACGGGCCATGCTGAAAAGCTTTTTGGATTGgtaagtatca ... tgaattgtagGTGCGTGACTCAGCTGGTCAACTTAAAGCAAATGGAACAGTAGTGGCTGAT
EST: gi|213613429|gb|DB978254.1|DB978254
EST:     ATCCTAGTAATCCTAAGCTCACGGGCCATGCTGAAAAGCTTTTTGGATTG                         GTGCGTGACTCAGCTGGTCAACTTAAAGCAAATGGAACAGTAGTGGCTGAT
genomic: ATCCTAGTAATCCTAAGCTCACGGGCCATGCTGAAAAGCTTTTTGGATTGgtaagtatca ... tgaattgtagGTGCGTGACTCAGCTGGTCAACTTAAAGCAAATGGAACAGTAGTGGCTGAT
EST: gi|209714116|gb|BW679443.1|BW679443
EST:     ATCCTAGTAATCCTAAGCTCACGGGCCATGCTGAAAAGCTTTTTGGATTG                         GTGCGTGACTCAGCTGGTCAACTTAAAGCAAATGGAACAGTAGTGGCTGAT
genomic: ATCCTAGTAATCCTAAGCTCACGGGCCATGCTGAAAAGCTTTTTGGATTGgtaagtatca ... tgaattgtagGTGCGTGACTCAGCTGGTCAACTTAAAGCAAATGGAACAGTAGTGGCTGAT
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genomic: ATCCTAGTAATCCTAAGCTCACGGGCCATGCTGAAAAGCTTTTTGGATTGgtaagtatca ... tgaattgtagGTGCGTGACTCAGCTGGTCAACTTAAAGCAAATGGAACAGTAGTGGCTGAT
EST: gi|209701146|gb|BW652648.1|BW652648
EST:     ATCCTAGTAATCCTAAGCTCACGGGCCATGCTGAAAAGCTTTTTGGATTG                         GTGCGTGACTCAGCTGGTCAACTTAAAGCAAATGGAACAGTAGTGGCTGAT
genomic: ATCCTAGTAATCCTAAGCTCACGGGCCATGCTGAAAAGCTTTTTGGATTGgtaagtatca ... tgaattgtagGTGCGTGACTCAGCTGGTCAACTTAAAGCAAATGGAACAGTAGTGGCTGAT
EST: gi|213602859|gb|DB970550.1|DB970550
EST:     ATCCTAGTAATCCTAAGCTCACGGGCCATGCTGAAAAGCTTTTTGGATTG                         GTGCGTGACTCAGCTGGTCAACTTAAAGCAAATGGAACAGTAGTGGCTGAT
genomic: ATCCTAGTAATCCTAAGCTCACGGGCCATGCTGAAAAGCTTTTTGGATTGgtaagtatca ... tgaattgtagGTGCGTGACTCAGCTGGTCAACTTAAAGCAAATGGAACAGTAGTGGCTGAT
EST: gi|209720045|gb|BW651114.1|BW651114
EST:     ATCCTAGTAATCCTAAGCTCACGGGCCATGCTGAAAAGCTTTTTGGATTG                         GTGCGTGACTCAGCTGGTCAACTTAAAGCAAATGGAACAGTAGTGGCTGAT
genomic: ATCCTAGTAATCCTAAGCTCACGGGCCATGCTGAAAAGCTTTTTGGATTGgtaagtatca ... tgaattgtagGTGCGTGACTCAGCTGGTCAACTTAAAGCAAATGGAACAGTAGTGGCTGAT
EST: gi|209704002|gb|BW667964.1|BW667964
EST:     ATCCTAGTAATCCTAAGCTCACGGGCCATGCTGAAAAGCTTTTTGGATTG                         GTGCGTGACTCAGCTGGTCAACTTAAAGCAAATGGAACAGTAGTGGCTGAT
genomic: ATCCTAGTAATCCTAAGCTCACGGGCCATGCTGAAAAGCTTTTTGGATTGgtaagtatca ... tgaattgtagGTGCGTGACTCAGCTGGTCAACTTAAAGCAAATGGAACAGTAGTGGCTGAT


 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

Intronic sequence truncated to 55 bases.

attattttttttttataattatcttgtcacatattatatattttttgaattgtagGTGCGTGACTCAGCTGGTCAACTTAAAGCAAATGGAACAGTAGTGGCTGATGCCGCACTTGGTTCTATCCATGCCCAAAAAGCAATCACTGATCCTCAGT
 tgctgat  putative branch site (score: 3)
                                      tatttttt  putative PPT
     tttttttttataatta  TA-rich tract
















Putative cis-regulatory sequences

 atgc intron ATGC exonic elements by Pertea et al.
 ATGC exon atgc putative intronic elements
 ATGC putative exonic elements identified for retained introns
        10        20        30        40        50        60        70        80        90        100       110       120       130       140       150       160       170       180       190       200       210       220 
---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------| 
gtaagtatcatccaactaaaattatagctattttatgtgattaattttaagattaaacatgtatttaacactcttaaacatgtatttaacactcttaagattaaacatgtatttaactaaaacatgtatttgctgattattttttttttataattatcttgtcacatattatatattttttgaattgtagGTGCGTGACTCAGCTGGTCAACTTAAAGCAAATGGAACAGTAGTGGCTGATGCCGCACTTGGTTCTATCCATGCCCAAAAAGCAATCACTGATCCTCAGT

- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -  AAGCAA