Skip to another splice site:
1  
 5'  3'   		2  
 5'  3'   

Data associated with selected splice site

Sequence

 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

...aaagacaaataaaagataatgaaacgttgaattgatatttactgagatataatacaatattccgatgttgtagaataataagtggtaattttatttgcagGTGTGGAATCATATGACATTGATTTGAAGGAACAGAAGGTGGTAGTGAAGGGAAATGTCCAGCCAGACACAGTTCTTGCGACCGTTTCCAAAACTGGGAA

Basic information

species Glycine max
transcript GLYMA20G32850.1
intron # 2
splice site 3'
intron type U2

Mapped EST sequences

Showing partial alignments of ESTs and genomic sequences. See full alignments


 ATGC     EST sequence
 ATGC     genomic sequence (exon)
 ATGC     genomic sequence (truncated intron)


EST: gi|208269525|gb|GE066543.1|GE066543
EST:     ATGTGAAGGATGTGTTGGAGCAGTGAAGAGAGTTTTAGGAAAATTGGATG                         GTGTGGAATCATATGACATTGATTTGAAGGAACAGAAGGTGGTAGTGAAGG
genomic: ATGTGAAGGATGTGTTGGAGCAGTGAAGAGAGTTTTAGGAAAATTGGATGgtatgtcaaa ... ttatttgcagGTGTGGAATCATATGACATTGATTTGAAGGAACAGAAGGTGGTAGTGAAGG
EST: gi|192320127|gb|FK012629.1|FK012629
EST:     ATGTGAAGGATGTGTTGGAGCAGTGAAGAGAGTTTTAGGAAAATTGGATG                         GTGTGGAATCATATGACATTGATTTGAAGGAACAGAAGGTGGTAGTGAAGG
genomic: ATGTGAAGGATGTGTTGGAGCAGTGAAGAGAGTTTTAGGAAAATTGGATGgtatgtcaaa ... ttatttgcagGTGTGGAATCATATGACATTGATTTGAAGGAACAGAAGGTGGTAGTGAAGG
EST: gi|31310721|gb|CD395924.1|CD395924
EST:     ATGTGAAGGATGTGTTGGAGCAGTGAAGAGAGTTTTAGGAAAATTGGATG                         GTGTGGAATCATATGACATTGATTTGAAGGAACAGAAGGTGGTAGTGAAGG
genomic: ATGTGAAGGATGTGTTGGAGCAGTGAAGAGAGTTTTAGGAAAATTGGATGgtatgtcaaa ... ttatttgcagGTGTGGAATCATATGACATTGATTTGAAGGAACAGAAGGTGGTAGTGAAGG
EST: gi|38193180|gb|CF922386.1|CF922386
EST:     ATGTGAAGGATGTGTTGGAGCAGTGAAGAGAGTTTTAGGAAAATTGGATG                         GTGTGGAATCATATGACATTGATTTGAAGGAACAGAAGGTGGTAGTGAAGG
genomic: ATGTGAAGGATGTGTTGGAGCAGTGAAGAGAGTTTTAGGAAAATTGGATGgtatgtcaaa ... ttatttgcagGTGTGGAATCATATGACATTGATTTGAAGGAACAGAAGGTGGTAGTGAAGG
EST: gi|192310704|gb|FK001128.1|FK001128
EST:     ATGTGAAGGATGTGTTGGAGCAGTGAAGAGAGTTTTAGGAAAATTGGATG                         GTGTGGAATCATATGACATTGATTTGAAGGAACAGGAGGTGGTAGTGAAGG
genomic: ATGTGAAGGATGTGTTGGAGCAGTGAAGAGAGTTTTAGGAAAATTGGATGgtatgtcaaa ... ttatttgcagGTGTGGAATCATATGACATTGATTTGAAGGAACAGAAGGTGGTAGTGAAGG
EST: gi|209708124|gb|BW671140.1|BW671140
EST:     ATGTGAAGGATGTGTTGGAGCAGTGAAGAGAGTTTTAGGAAAATTGGATG                         GTGTGGAATCATATGACATTGATTTGAAGGAACAGAAGGTGGTAGTGAAGG
genomic: ATGTGAAGGATGTGTTGGAGCAGTGAAGAGAGTTTTAGGAAAATTGGATGgtatgtcaaa ... ttatttgcagGTGTGGAATCATATGACATTGATTTGAAGGAACAGAAGGTGGTAGTGAAGG
EST: gi|31460038|gb|CD402066.1|CD402066
EST:     GTGAAGGATGTGTTGGAGCAGTGAAGAGAGTTTTAGGAAAATTGGATG                         GTGTGGAATCATATGACATTGATTTGAAGGAACAGAAGGTGGTAGTGAAGG
genomic: GTGAAGGATGTGTTGGAGCAGTGAAGAGAGTTTTAGGAAAATTGGATGgtatgtcaaa ... ttatttgcagGTGTGGAATCATATGACATTGATTTGAAGGAACAGAAGGTGGTAGTGAAGG
EST: gi|6847869|gb|AW350159.1|AW350159
EST:     ATGTGAAGGATGTGTTGGAGCAGTGAAGAGAGTTTTAGGAAAATTGGATG                         GTGTGGAATCATATGACATTGATTTGAAGGAACAGAAGGTGGTAGTGAAGG
genomic: ATGTGAAGGATGTGTTGGAGCAGTGAAGAGAGTTTTAGGAAAATTGGATGgtatgtcaaa ... ttatttgcagGTGTGGAATCATATGACATTGATTTGAAGGAACAGAAGGTGGTAGTGAAGG
EST: gi|23730106|gb|BU763163.1|BU763163
EST:     ATGTGAAGGATGTGTTGGAGCAGTGAAGAGAGTTTTAGGAAAATTGGATG                         GTGTGGAATCATATGACATTGATTTGAAGGAACAGAAGGTGGTAGTGAAGG
genomic: ATGTGAAGGATGTGTTGGAGCAGTGAAGAGAGTTTTAGGAAAATTGGATGgtatgtcaaa ... ttatttgcagGTGTGGAATCATATGACATTGATTTGAAGGAACAGAAGGTGGTAGTGAAGG
EST: gi|192314725|gb|FK005979.1|FK005979
EST:     ATGTGAAGGATGTGTTGGAGCAGTGAAAAGAGTTTTAGGAAAATTGGATG                         GTGTGGAATCATATGACATTGATTTGAAGGAACAGAAGGTGGTAGTGAAGG
genomic: ATGTGAAGGATGTGTTGGAGCAGTGAAGAGAGTTTTAGGAAAATTGGATGgtatgtcaaa ... ttatttgcagGTGTGGAATCATATGACATTGATTTGAAGGAACAGAAGGTGGTAGTGAAGG
EST: gi|31461071|gb|CD403099.1|CD403099
EST:     ATGTGAAGGATGTGTTGGAGCAGTGAAGAGAGTTTTAGGAAAATTGGATG                         GTGTGGAATCATATGACATTGATTTGAAGGAACAGAAGGTGGTAGTGAAGG
genomic: ATGTGAAGGATGTGTTGGAGCAGTGAAGAGAGTTTTAGGAAAATTGGATGgtatgtcaaa ... ttatttgcagGTGTGGAATCATATGACATTGATTTGAAGGAACAGAAGGTGGTAGTGAAGG
EST: gi|192321884|gb|FK013682.1|FK013682
EST:     ATGTGAAGGATGTGTTGGAGCGGTGAAGAGAGTTTTAGGAAAATTGGATG                         GTGTGGAATCATATGACATTGATTTGAAGGAACAGAAGGTGGTAGTGAAGG
genomic: ATGTGAAGGATGTGTTGGAGCAGTGAAGAGAGTTTTAGGAAAATTGGATGgtatgtcaaa ... ttatttgcagGTGTGGAATCATATGACATTGATTTGAAGGAACAGAAGGTGGTAGTGAAGG
EST: gi|6069877|gb|AW099473.1|AW099473
EST:     ATGTGAAGGATGTGTTGGAGCAGTGAAGAGAGTTTTAGGAAAATTGGATG                         GTGTGGAATCATATGACATTGATTTGAAGGAACAGAAGGTGGTAGTGAAGG
genomic: ATGTGAAGGATGTGTTGGAGCAGTGAAGAGAGTTTTAGGAAAATTGGATGgtatgtcaaa ... ttatttgcagGTGTGGAATCATATGACATTGATTTGAAGGAACAGAAGGTGGTAGTGAAGG
EST: gi|254324946|gb|GR834371.1|GR834371
EST:     ATGTGAAGGATGTGTTGGAGCAGTGAAGAGAGTTTTAGGAAAATTGGATG                         GTGTGGAATCATATGACATTGATTTGAAGGAACAGAAGGTGGTAGTGAAGG
genomic: ATGTGAAGGATGTGTTGGAGCAGTGAAGAGAGTTTTAGGAAAATTGGATGgtatgtcaaa ... ttatttgcagGTGTGGAATCATATGACATTGATTTGAAGGAACAGAAGGTGGTAGTGAAGG
EST: gi|193393163|gb|FK357979.1|FK357979
EST:     ATGTGAAGGATGTGTTGGAGCAGTGAAGAGAGTTTTAGGAAAATTGGATG                         GTGTGGAATCATATGACATTGATTTGAAGGAACTGAAGGTGGTAGTGAAGG
genomic: ATGTGAAGGATGTGTTGGAGCAGTGAAGAGAGTTTTAGGAAAATTGGATGgtatgtcaaa ... ttatttgcagGTGTGGAATCATATGACATTGATTTGAAGGAACAGAAGGTGGTAGTGAAGG
EST: gi|10846349|gb|BF069262.1|BF069262
EST:     ATGTGAAGGATGTGTTGGAGCAGTGAAGAGAGTTTTAGGAAAATTGGATG                         GTGTGGAATCATATGACATTGATTTGAAGGAACAGAAGGTGGTAGTGAAGG
genomic: ATGTGAAGGATGTGTTGGAGCAGTGAAGAGAGTTTTAGGAAAATTGGATGgtatgtcaaa ... ttatttgcagGTGTGGAATCATATGACATTGATTTGAAGGAACAGAAGGTGGTAGTGAAGG
EST: gi|31457994|gb|CD400022.1|CD400022
EST:     ATGTGAAGGATGTGTTGGAGCAGTGAAGAGAGTTTTAGGAAAATTGGATG                         GTGTGGAATCATATGACATTGATTTGAAGGAACAGAAGGTGGTAGTGAAGG
genomic: ATGTGAAGGATGTGTTGGAGCAGTGAAGAGAGTTTTAGGAAAATTGGATGgtatgtcaaa ... ttatttgcagGTGTGGAATCATATGACATTGATTTGAAGGAACAGAAGGTGGTAGTGAAGG
EST: gi|14991872|gb|BI317545.1|BI317545
EST:     ATGTGAAGGATGTGTTGGAGCAGTGAAGAGAGTTTTAGGAAAATTGGATG                         GTGTGGAATCATATGACATTGATTTGAAGGAACAGAAGGTGGTAGTGAAGG
genomic: ATGTGAAGGATGTGTTGGAGCAGTGAAGAGAGTTTTAGGAAAATTGGATGgtatgtcaaa ... ttatttgcagGTGTGGAATCATATGACATTGATTTGAAGGAACAGAAGGTGGTAGTGAAGG
EST: gi|192311327|gb|FK003784.1|FK003784
EST:     ATGTGAAGGATGTGTTGGAGCAGTGAAAAGAGTTTTAGGAAAATTGGATG                         GTGTGGAATCATATGACATTGATTTGAAGGAACAGAAGGTGGTAGTGAAGG
genomic: ATGTGAAGGATGTGTTGGAGCAGTGAAGAGAGTTTTAGGAAAATTGGATGgtatgtcaaa ... ttatttgcagGTGTGGAATCATATGACATTGATTTGAAGGAACAGAAGGTGGTAGTGAAGG
EST: gi|38193828|gb|CF923034.1|CF923034
EST:     ATGTGAAGGATGTGTTGGAGCAGTGAAGAGAGTTTTAGGAAAATTGGATG                         GTGTGGAATCATATGACATTGATTTGAAGGAACAGAAGGTGGTAGTGAAGG
genomic: ATGTGAAGGATGTGTTGGAGCAGTGAAGAGAGTTTTAGGAAAATTGGATGgtatgtcaaa ... ttatttgcagGTGTGGAATCATATGACATTGATTTGAAGGAACAGAAGGTGGTAGTGAAGG
EST: gi|31462118|gb|CD404146.1|CD404146
EST:     ATGTGAAGGATGTGTTGGAGCAGTGAAGAGAGTTTTAGGAAAATTGGATG                         GTGTGGAATCATATGACATTGATTTGAAGGAACAGAAGGTGGTAGTGAAGG
genomic: ATGTGAAGGATGTGTTGGAGCAGTGAAGAGAGTTTTAGGAAAATTGGATGgtatgtcaaa ... ttatttgcagGTGTGGAATCATATGACATTGATTTGAAGGAACAGAAGGTGGTAGTGAAGG
EST: gi|192321885|gb|FK013683.1|FK013683
EST:     ATGTGAAGGATGTGTTGGAGCGGTGAAGAGAGTTTTAGGAAAATTGGATG                         GTGTGGAATCATATGACATTGATTTGAAGGAACAGAAGGTGGTAGTGAAGG
genomic: ATGTGAAGGATGTGTTGGAGCAGTGAAGAGAGTTTTAGGAAAATTGGATGgtatgtcaaa ... ttatttgcagGTGTGGAATCATATGACATTGATTTGAAGGAACAGAAGGTGGTAGTGAAGG
EST: gi|208217237|gb|GE010327.1|GE010327
EST:     ATGTGAAGGATGTGTTGGAGCAGTGAAGAGAGTTTTAGGAAAATTGGATG                         GTGTGGAATCATATGACATTGATTTGAAGGAACAGAAGGTGGTAGTGAAGG
genomic: ATGTGAAGGATGTGTTGGAGCAGTGAAGAGAGTTTTAGGAAAATTGGATGgtatgtcaaa ... ttatttgcagGTGTGGAATCATATGACATTGATTTGAAGGAACAGAAGGTGGTAGTGAAGG
EST: gi|151405510|gb|EV275324.1|EV275324
EST:     ATGTGAAGGATGTGTTGGAGCAGTGGAGAGAGTTTTAGGAAAATTGGATG                         GTGTGGAATCATATGACATTGATTTGAAGGAACAGAAGGTGGTAGTGAAGG
genomic: ATGTGAAGGATGTGTTGGAGCAGTGAAGAGAGTTTTAGGAAAATTGGATGgtatgtcaaa ... ttatttgcagGTGTGGAATCATATGACATTGATTTGAAGGAACAGAAGGTGGTAGTGAAGG
EST: gi|4292548|gb|AI437778.1|AI437778
EST:     ATGTGAAGGATGTGTTGGAGCAGTGAAGAGAGTTTTAGGAAAATTGGATG                         GTGTGGAATCATATGACATTGATTTGAAGGAACAGAAGGTGGTAGTGAAGG
genomic: ATGTGAAGGATGTGTTGGAGCAGTGAAGAGAGTTTTAGGAAAATTGGATGgtatgtcaaa ... ttatttgcagGTGTGGAATCATATGACATTGATTTGAAGGAACAGAAGGTGGTAGTGAAGG
EST: gi|192310703|gb|FK001127.1|FK001127
EST:     ATGTGAAGGATGTGTTGGAGCAGTGAAGAGAGTTTTAGGAAAATTGGATG                         GTGTGGAATCATATGACATTGATTTGAAGGAACAGGAGGTGGTAGTGAAGG
genomic: ATGTGAAGGATGTGTTGGAGCAGTGAAGAGAGTTTTAGGAAAATTGGATGgtatgtcaaa ... ttatttgcagGTGTGGAATCATATGACATTGATTTGAAGGAACAGAAGGTGGTAGTGAAGG
EST: gi|4314043|gb|AI461162.1|AI461162
EST:     ATGTGAAGGATGTGTTGGAGCAGTGAAGAGAGTTTTAGGAAAATTGGATG                         GTGTGGAATCATATGACATTGATTTGAAGGAACAGAAGGTGGTAGTGAAGG
genomic: ATGTGAAGGATGTGTTGGAGCAGTGAAGAGAGTTTTAGGAAAATTGGATGgtatgtcaaa ... ttatttgcagGTGTGGAATCATATGACATTGATTTGAAGGAACAGAAGGTGGTAGTGAAGG
EST: gi|192320126|gb|FK012628.1|FK012628
EST:     ATGTGAAGGATGTGTTGGAGCAGTGAAGAGAGTTTTAGGAAAATTGGATG                         GTGTGGAATCATATGACATTGATTTGAAGGAACAGAAGGTGGTAGTGAAGG
genomic: ATGTGAAGGATGTGTTGGAGCAGTGAAGAGAGTTTTAGGAAAATTGGATGgtatgtcaaa ... ttatttgcagGTGTGGAATCATATGACATTGATTTGAAGGAACAGAAGGTGGTAGTGAAGG
EST: gi|193320852|gb|FK286891.1|FK286891
EST:     ATGTGAAGGATGTGTTGGAGCAGTGAAGAGAGTTTTAGGAAAATTGGATG                         GTGTGGAATCATATGACATTGATTTGAAGGAACAGAAAGGTGGTAGTGAAG
genomic: ATGTGAAGGATGTGTTGGAGCAGTGAAGAGAGTTTTAGGAAAATTGGATGgtatgtcaaa ... ttatttgcagGTGTGGAATCATATGACATTGATTTGAAGGAACAGAA-GGTGGTAGTGAAG
EST: gi|192312719|gb|FK003959.1|FK003959
EST:     ATGTGAAGGATGTGTTGGAGCAGTGAAGAGAGTTTTAGGAAAATTGGATG                         GTGTGGAATCATATGACATTGATTTGAAGGAACAGAAGGTGGTAGTGAAGG
genomic: ATGTGAAGGATGTGTTGGAGCAGTGAAGAGAGTTTTAGGAAAATTGGATGgtatgtcaaa ... ttatttgcagGTGTGGAATCATATGACATTGATTTGAAGGAACAGAAGGTGGTAGTGAAGG


 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

Intronic sequence truncated to 55 bases.

gatataatacaatattccgatgttgtagaataataagtggtaattttatttgcagGTGTGGAATCATATGACATTGATTTGAAGGAACAGAAGGTGGTAGTGAAGGGAAATGTCCAGCCAGACACAGTTCTTGCGACCGTTTCCAAAACTGGGAA
                                           ttttattt  CT-rich tract
                            aataataagtggtaat  TA-rich tract
















Putative cis-regulatory sequences

 atgc intron ATGC exonic elements by Pertea et al.
 ATGC exon atgc putative intronic elements
 ATGC putative exonic elements identified for retained introns
        10        20        30        40        50        60        70        80        90        100       110       120       130       140       150       160       170       180       190       200       210       220 
---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------| 
aaagacaaataaaagataatgaaacgttgaattgatatttactgagatataatacaatattccgatgttgtagaataataagtggtaattttatttgcagGTGTGGAATCATATGACATTGATTTGAAGGAACAGAAGGTGGTAGTGAAGGGAAATGTCCAGCCAGACACAGTTCTTGCGACCGTTTCCAAAACTGGGAA

- - - aaataaa
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - -tactgag
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -gatgttg