Skip to another splice site:
1  
 5'  3'   		2  
 5'  3'   

Data associated with selected splice site

Sequence

 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

TTTTGCGTGGCCTATATATATATAAAACTAACTTCCCCAAAACCCAATCATATATCATTTCATTTCTTTTTTTCTCGTCCATCCCGTAACCATGTCTCAGgtgcaatttttgcatttattttcctcgtctttttcccctcaattttgcttttacaatttctgattccctgttctggatgattgacctggactttatagct...

Basic information

species Glycine max
transcript GLYMA20G32850.1
intron # 1
splice site 5'
intron type U2

Mapped EST sequences

Showing partial alignments of ESTs and genomic sequences. See full alignments


 ATGC     EST sequence
 ATGC     genomic sequence (exon)
 ATGC     genomic sequence (truncated intron)


EST: gi|208269525|gb|GE066543.1|GE066543
EST:     TATATCATTTCATTTC-TTTTTTCTCGTCCATCCCGTAACCATGTCTCAG                         ACTGTTGTCCTCAAAGTTGGTATGTCATGTGAAGGATGTGTTGGAGCAGTG
genomic: TATATCATTTCATTTCTTTTTTTCTCGTCCATCCCGTAACCATGTCTCAGgtgcaatttt ... atgattgcagACTGTTGTCCTCAAAGTTGGTATGTCATGTGAAGGATGTGTTGGAGCAGTG
EST: gi|192320127|gb|FK012629.1|FK012629
EST:     CTCGTCCATCCCGTAACCATGTCTCAG                         ACTGTTGTCCTCAAAGTTGGTATGTCATGTGAAGGATGTGTTGGAGCAGTG
genomic: CTCGTCCATCCCGTAACCATGTCTCAGgtgcaatttt ... atgattgcagACTGTTGTCCTCAAAGTTGGTATGTCATGTGAAGGATGTGTTGGAGCAGTG
EST: gi|31310721|gb|CD395924.1|CD395924
EST:     CGTAACCATGTCTCAG                         ACTGTTGTCCTCAAAGTTGGTATGTCATGTGAAGGATGTGTTGGAGCAGTG
genomic: CGTAACCATGTCTCAGgtgcaatttt ... atgattgcagACTGTTGTCCTCAAAGTTGGTATGTCATGTGAAGGATGTGTTGGAGCAGTG
EST: gi|38193180|gb|CF922386.1|CF922386
EST:     CTCGTCCATCCCGTAACCATGTCTCAG                         ACTGTTGTCCTCAAAGTTGGTATGTCATGTGAAGGATGTGTTGGAGCAGTG
genomic: CTCGTCCATCCCGTAACCATGTCTCAGgtgcaatttt ... atgattgcagACTGTTGTCCTCAAAGTTGGTATGTCATGTGAAGGATGTGTTGGAGCAGTG
EST: gi|192310704|gb|FK001128.1|FK001128
EST:     CGTCCATCCCGTAACCATGTTTCAG                         ACTGTTGTCCTCAAAGTTGGTATGTCATGTGAAGGATGTGTTGGAGCAGTG
genomic: CGTCCATCCCGTAACCATGTCTCAGgtgcaatttt ... atgattgcagACTGTTGTCCTCAAAGTTGGTATGTCATGTGAAGGATGTGTTGGAGCAGTG
EST: gi|209708124|gb|BW671140.1|BW671140
EST:     TATATCATTTCATTTC-TTTTTTCTCGTCCAT-CCGTAACCATGTCTCAG                         ACTGTTGTCCTCAAAGTTGGTATGTCATGTGAAGGATGTGTTGGAGCAGTG
genomic: TATATCATTTCATTTCTTTTTTTCTCGTCCATCCCGTAACCATGTCTCAGgtgcaatttt ... atgattgcagACTGTTGTCCTCAAAGTTGGTATGTCATGTGAAGGATGTGTTGGAGCAGTG
EST: gi|6847869|gb|AW350159.1|AW350159
EST:     CTCGTCCATCCCGTAACCATGTCTCAG                         ACTGTTGTCCTCAAAGTTGGTATGTCATGTGAAGGATGTGTTGGAGCAGTG
genomic: CTCGTCCATCCCGTAACCATGTCTCAGgtgcaatttt ... atgattgcagACTGTTGTCCTCAAAGTTGGTATGTCATGTGAAGGATGTGTTGGAGCAGTG
EST: gi|192314725|gb|FK005979.1|FK005979
EST:     CTCGTCCATCCCGTAACCATGTCTCAG                         ACTGTTGTCCTCAAAGTTGGTATGTCATGTGAAGGATGTGTTGGAGCAGTG
genomic: CTCGTCCATCCCGTAACCATGTCTCAGgtgcaatttt ... atgattgcagACTGTTGTCCTCAAAGTTGGTATGTCATGTGAAGGATGTGTTGGAGCAGTG
EST: gi|31461071|gb|CD403099.1|CD403099
EST:     CGTAACCATGTCTCAG                         ACTGTTGTCCTCAAAGTTGGTATGTCATGTGAAGGATGTGTTGGAGCAGTG
genomic: CGTAACCATGTCTCAGgtgcaatttt ... atgattgcagACTGTTGTCCTCAAAGTTGGTATGTCATGTGAAGGATGTGTTGGAGCAGTG
EST: gi|192321884|gb|FK013682.1|FK013682
EST:     CGTCCATCCCGTAACCATGTTTCAG                         ACTGTTGTCCTCAAAGTTGGTATGTCATGTGAAGGATGTGTTGGAGCGGTG
genomic: CGTCCATCCCGTAACCATGTCTCAGgtgcaatttt ... atgattgcagACTGTTGTCCTCAAAGTTGGTATGTCATGTGAAGGATGTGTTGGAGCAGTG
EST: gi|254324946|gb|GR834371.1|GR834371
EST:     CCCGTAACCATGTCTCAG                         ACTGTTGTCCTCAAAGTTGGTATGTCATGTGAAGGATGTGTTGGAGCAGTG
genomic: CCCGTAACCATGTCTCAGgtgcaatttt ... atgattgcagACTGTTGTCCTCAAAGTTGGTATGTCATGTGAAGGATGTGTTGGAGCAGTG
EST: gi|193393163|gb|FK357979.1|FK357979
EST:     TATATCATTTCATTTC-TTTTTTCTCGTCCATCCCGTAACCATGTCTCAG                         ACTGTTGTCCTCAAAGTTGGTATGTCATGTGAAGGATGTGTTGGAGCAGTG
genomic: TATATCATTTCATTTCTTTTTTTCTCGTCCATCCCGTAACCATGTCTCAGgtgcaatttt ... atgattgcagACTGTTGTCCTCAAAGTTGGTATGTCATGTGAAGGATGTGTTGGAGCAGTG
EST: gi|10846349|gb|BF069262.1|BF069262
EST:     TTTTTCTCGTCCATCCCGTAACCATGTCTCAG                         ACTGTTGTCCTCAAAGTTGGTATGTCATGTGAAGGATGTGTTGGAGCAGTG
genomic: TTTTTCTCGTCCATCCCGTAACCATGTCTCAGgtgcaatttt ... atgattgcagACTGTTGTCCTCAAAGTTGGTATGTCATGTGAAGGATGTGTTGGAGCAGTG
EST: gi|14991872|gb|BI317545.1|BI317545
EST:     CCGTAACCATGTCTCAG                         ACTGTTGTCCTCAAAGTTGGTATGTCATGTGAAGGATGTGTTGGAGCAGTG
genomic: CCGTAACCATGTCTCAGgtgcaatttt ... atgattgcagACTGTTGTCCTCAAAGTTGGTATGTCATGTGAAGGATGTGTTGGAGCAGTG
EST: gi|192311327|gb|FK003784.1|FK003784
EST:     TCCATCCCGTAACCATGTCTCAG                         ACTGTTGTCCTCAAAGTTGGTATGTCATGTGAAGGATGTGTTGGAGCAGTG
genomic: TCCATCCCGTAACCATGTCTCAGgtgcaatttt ... atgattgcagACTGTTGTCCTCAAAGTTGGTATGTCATGTGAAGGATGTGTTGGAGCAGTG
EST: gi|38193828|gb|CF923034.1|CF923034
EST:     CTCGTCCATCCCGTAACCATGTCTCAG                         ACTGTTGTCCTCAAAGTTGGTATGTCATGTGAAGGATGTGTTGGAGCAGTG
genomic: CTCGTCCATCCCGTAACCATGTCTCAGgtgcaatttt ... atgattgcagACTGTTGTCCTCAAAGTTGGTATGTCATGTGAAGGATGTGTTGGAGCAGTG
EST: gi|192321885|gb|FK013683.1|FK013683
EST:     CTCGTCCATCCCGTAACCATGTCTCAG                         ACTGTTGTCCTCAAAGTTGGTATGTCATGTGAAGGATGTGTTGGAGCGGTG
genomic: CTCGTCCATCCCGTAACCATGTCTCAGgtgcaatttt ... atgattgcagACTGTTGTCCTCAAAGTTGGTATGTCATGTGAAGGATGTGTTGGAGCAGTG
EST: gi|151405510|gb|EV275324.1|EV275324
EST:     CTCGTCCATCCCGTAACCATGTCTCAG                         ACTGTTGTCCTCAAAGTTGGTATGTCATGTGAAGGATGTGTTGGAGCAGTG
genomic: CTCGTCCATCCCGTAACCATGTCTCAGgtgcaatttt ... atgattgcagACTGTTGTCCTCAAAGTTGGTATGTCATGTGAAGGATGTGTTGGAGCAGTG
EST: gi|192310703|gb|FK001127.1|FK001127
EST:     CTCGTCCATCCCGTAACCATGTCTCAG                         ACTGTTGTCCTCAAAGTTGGTATGTCATGTGAAGGATGTGTTGGAGCAGTG
genomic: CTCGTCCATCCCGTAACCATGTCTCAGgtgcaatttt ... atgattgcagACTGTTGTCCTCAAAGTTGGTATGTCATGTGAAGGATGTGTTGGAGCAGTG
EST: gi|4314043|gb|AI461162.1|AI461162
EST:     TTTTTTCTCGTCCATCCCGTAACCATGTCTCAG                         ACTGTTGTCCTCAAAGTTGGTATGTCATGTGAAGGATGTGTTGGAGCAGTG
genomic: TTTTTTCTCGTCCATCCCGTAACCATGTCTCAGgtgcaatttt ... atgattgcagACTGTTGTCCTCAAAGTTGGTATGTCATGTGAAGGATGTGTTGGAGCAGTG
EST: gi|192320126|gb|FK012628.1|FK012628
EST:     CGTCCATCCCGTAACCATGTTTCAG                         ACTGTTGTCCTCAAAGTTGGTATGTCATGTGAAGGATGTGTTGGAGCAGTG
genomic: CGTCCATCCCGTAACCATGTCTCAGgtgcaatttt ... atgattgcagACTGTTGTCCTCAAAGTTGGTATGTCATGTGAAGGATGTGTTGGAGCAGTG
EST: gi|193320852|gb|FK286891.1|FK286891
EST:     TATATCATTTCATTTC-TTTTTTCTCGTCCATCCCGTAACCATGTCTCAG                         ACTGTTGTCCTCAAAGTTGGTATGTCATGTGAAGGATGTGTTGGAGCAGTG
genomic: TATATCATTTCATTTCTTTTTTTCTCGTCCATCCCGTAACCATGTCTCAGgtgcaatttt ... atgattgcagACTGTTGTCCTCAAAGTTGGTATGTCATGTGAAGGATGTGTTGGAGCAGTG
EST: gi|192312719|gb|FK003959.1|FK003959
EST:     CTCGTCCATCCCGTAACCATGTCTCAG                         ACTGTTGTCCTCAAAGTTGGTATGTCATGTGAAGGATGTGTTGGAGCAGTG
genomic: CTCGTCCATCCCGTAACCATGTCTCAGgtgcaatttt ... atgattgcagACTGTTGTCCTCAAAGTTGGTATGTCATGTGAAGGATGTGTTGGAGCAGTG

Putative cis-regulatory sequences

 atgc intron ATGC exonic elements by Pertea et al.
 ATGC exon atgc putative intronic elements
 ATGC putative exonic elements identified for retained introns
        10        20        30        40        50        60        70        80        90        100       110       120       130       140       150       160       170       180       190       200       210       220 
---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------| 
TTTTGCGTGGCCTATATATATATAAAACTAACTTCCCCAAAACCCAATCATATATCATTTCATTTCTTTTTTTCTCGTCCATCCCGTAACCATGTCTCAGgtgcaatttttgcatttattttcctcgtctttttcccctcaattttgcttttacaatttctgattccctgttctggatgattgacctggactttatagct

- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -tttcccc