Skip to another splice site:
1  
 5'  3'   		2  
 5'  3'   		3  
 5'  3'   		4  
 5'  3'   		5  
 5'  3'   		6  
 5'  3'   		7  
 5'  3'   		8  
 5'  3'   		9  
 5'  3'   		10  
 5'  3'   		11  
 5'  3'   		12  
 5'  3'   		13  
 5'  3'   		14  
 5'  3'   

Data associated with selected splice site

Sequence

 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

gtaagatatcatgaattgtgaattcatgcagcagtagatctctgtttaggtctcatatttactaatcaatttctggctgtatatatgcagagtacaaatgaccatttactgattatcttgtagGATGCTTCAAGTTGAGTTCATGTAATTCAAACACAGCAACCCAAAATATGCATGCATATGGAATTATGCTCATT

Basic information

species Glycine max
transcript GLYMA20G32210.1
intron # 6
splice site 3'
intron type U2

Orthologous splice sites


 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence


upper sequence: GLYMA20G32210.1 (Glycine max), 3'ss of exon 6
lower sequence: Vv13s0019g04600.t01 (Vitis vinifera), 3'ss of exon 6
gtaagatatcatgaattgtgaattcatgcagcagtagatctctgtttaggtctcatatttactaatcaatttctggctgtatatatgcagagtacaa-atgaccatttactgattatcttgtagGATGCTTCAAGTTGAGTTCATGTAATTCAAACACAGCAACCCAAAATATGCATGCATATGGAATTATGCTCATT
                    | |||   |  |  | |  ||   ||| ||     || ||||   || |    | ||| |   |||| | | |||   ||    | | |    ||| |||| ||| ||||||||||||  |||||||||| ||||||| ||||  ||||| || ||||||||||||  |||||| || 
--------------------agttctgac--cctttgtcctagattttggaggtttacttaccc-tctacgagtagctatgc-tatggaaattactttattgttactaatcacttaccttgcagGGTGCTTCAAGTTGGCTTCATGTAATCCAAACACTGCAAATCAAAACATTCATGCATATGGAGCTATGCTTATA


















 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

Intronic sequence truncated to 55 bases.

atttctggctgtatatatgcagagtacaaatgaccatttactgattatcttgtagGATGCTTCAAGTTGAGTTCATGTAATTCAAACACAGCAACCCAAAATATGCATGCATATGGAATTATGCTCATT
                                      tactgat  putative branch site (score: 2)
                                            ttatctt  CT-rich tract
         tgtatatat  TA-rich tract