Skip to another splice site:
1  
 5'  3'   		2  
 5'  3'   		3  
 5'  3'   		4  
 5'  3'   

Data associated with selected splice site

Sequence

 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

AGACTGAAAACAATTTGCGTGGTAATGCTCCTGAAACATTTGACCATAGgtgagttggttgttcattaatttgtcaattggaaataattggaaaacttatggtcctaacagagtggtgtattcttggcag

Basic information

species Glycine max
transcript GLYMA20G31750.1
intron # 4
splice site 5'
intron type U2

Mapped EST sequences

Showing partial alignments of ESTs and genomic sequences. See full alignments


 ATGC     EST sequence
 ATGC     genomic sequence (exon)
 ATGC     genomic sequence (truncated intron)


EST: gi|14991902|gb|BI317575.1|BI317575
EST:     AGACTGAAAACAATTTGCGTGGTAATGCTCCTGAAACATTTGACCATAG                         GGACGCCTTGATCGCTTCTGTCCCGAGCTATGAGGAGCCTTATATTAAAGT
genomic: AGACTGAAAACAATTTGCGTGGTAATGCTCCTGAAACATTTGACCATAGgtgagttggt ... ttcttggcagGGACGCCTTGATCGCTTCTGTCCCGAGCTATGAGGAGCCTTATATTAAAGT
EST: gi|208032587|gb|GD829014.1|GD829014
EST:     TGAAAACAATTTGCGTGATAATGATCCTGAAACATTTGACCATAG                         GGACGCCTTGATCGCTTCTGTCCCGAGCTATGAGGAGCCTTATATTAAAGT
genomic: TGAAAACAATTTGCGTGGTAATGCTCCTGAAACATTTGACCATAGgtgagttggt ... ttcttggcagGGACGCCTTGATCGCTTCTGTCCCGAGCTATGAGGAGCCTTATATTAAAGT
EST: gi|4299521|gb|AI442916.1|AI442916
EST:     AGACTGAAAACAATTTGCGTGGGTAATGCTCCTGAAACATTTGACCATAG                         GGACGCCTTGATCGCTTCTGTCCCGAGCTATGAGGAGCCTTATATTAAAGT
genomic: AGACTGAAAACAATTTGCGTGG-TAATGCTCCTGAAACATTTGACCATAGgtgagttggt ... ttcttggcagGGACGCCTTGATCGCTTCTGTCCCGAGCTATGAGGAGCCTTATATTAAAGT
EST: gi|208158506|gb|GD957419.1|GD957419
EST:     AGACTGAAAACAATTTGCGTGGTAATGCTCCTGAAACATTTGACCATAG                         GGACGCCTTGATCGCTTCTGTCCCGAGCTATGAGGAGCCTTATATT
genomic: AGACTGAAAACAATTTGCGTGGTAATGCTCCTGAAACATTTGACCATAGgtgagttggt ... ttcttggcagGGACGCCTTGATCGCTTCTGTCCCGAGCTATGAGGAGCCTTATATT
EST: gi|7326700|gb|AW620498.1|AW620498
EST:     AGACTGAAAACAATTTGCGTGGTAATGCTCCTGAAACATTTGACCATAG                         GGACGCCTTGATCGCTTCTGTCCCGAGCTATGAGGAGCCTTATATTAAAGT
genomic: AGACTGAAAACAATTTGCGTGGTAATGCTCCTGAAACATTTGACCATAGgtgagttggt ... ttcttggcagGGACGCCTTGATCGCTTCTGTCCCGAGCTATGAGGAGCCTTATATTAAAGT
EST: gi|21887069|gb|BQ740282.1|BQ740282
EST:     AGACTGAAAACAATTTGCGTGGTAATGCTCCTGAAACATTTGACCATAG                         GGACGCCTTGATCGCTTCTGTCCCGAGCTATGAGGAGCCTTATATTAAAGT
genomic: AGACTGAAAACAATTTGCGTGGTAATGCTCCTGAAACATTTGACCATAGgtgagttggt ... ttcttggcagGGACGCCTTGATCGCTTCTGTCCCGAGCTATGAGGAGCCTTATATTAAAGT
EST: gi|4306884|gb|AI443968.1|AI443968
EST:     AGACTGAAAACAATTTGCGTGGTAATGCTCCTGAAACATTTGACCATAG                         GGACGCCTTGATCGCTTCTGTCCCGAGCTATGAGGAGCCTTATATTAAAGT
genomic: AGACTGAAAACAATTTGCGTGGTAATGCTCCTGAAACATTTGACCATAGgtgagttggt ... ttcttggcagGGACGCCTTGATCGCTTCTGTCCCGAGCTATGAGGAGCCTTATATTAAAGT
EST: gi|27424733|gb|CA936253.1|CA936253
EST:     AGACTGAAAACAATTTGCGTGGTAATGCTCCTGAAACATTTGACCATAG                         GGACGCCTTGATCGCTTCTGTCCCGAGCTATGAGGAGCCTTATATTAAAGT
genomic: AGACTGAAAACAATTTGCGTGGTAATGCTCCTGAAACATTTGACCATAGgtgagttggt ... ttcttggcagGGACGCCTTGATCGCTTCTGTCCCGAGCTATGAGGAGCCTTATATTAAAGT
EST: gi|21600904|gb|BQ611235.1|BQ611235
EST:     AGACTGAAAACAATTTGCGTGGTAATGCTCCTGAAACATTTGACCATAG                         GGACGCCTTGATCGCTTCTGTCCCGAGCTATGAGGAGCCTTATATTAAAGT
genomic: AGACTGAAAACAATTTGCGTGGTAATGCTCCTGAAACATTTGACCATAGgtgagttggt ... ttcttggcagGGACGCCTTGATCGCTTCTGTCCCGAGCTATGAGGAGCCTTATATTAAAGT
EST: gi|298191719|gb|HO035801.1|HO035801
EST:     AGACTGAAAACAATTTGCGTGGTAATGCTCCTGAAACATTTGACCATAG                         GGACGCCTTGATCGCTTCTGTCCCGAGCTATGAGGAGCCTTATATTAAAGT
genomic: AGACTGAAAACAATTTGCGTGGTAATGCTCCTGAAACATTTGACCATAGgtgagttggt ... ttcttggcagGGACGCCTTGATCGCTTCTGTCCCGAGCTATGAGGAGCCTTATATTAAAGT
EST: gi|31561311|gb|CD487149.1|CD487149
EST:     AGACTGAAAACAATTTGCGTGGTAATGCTCCTGAAACATTTGACCATAG                         GGACGCCTTGATCGCTTCTGTCCCGAGCTATGAGGAGCCTTATATTAAAGT
genomic: AGACTGAAAACAATTTGCGTGGTAATGCTCCTGAAACATTTGACCATAGgtgagttggt ... ttcttggcagGGACGCCTTGATCGCTTCTGTCCCGAGCTATGAGGAGCCTTATATTAAAGT
EST: gi|192308363|gb|FK002791.1|FK002791
EST:     AGACTGAAAACAATTTGCGTGGTAATGCTCCTGAAACATTTGACCATAG                         GGACGCCTTGATCGCTTCTGTCCCGAGCTATGAGGAGCCTTATATTAAAGT
genomic: AGACTGAAAACAATTTGCGTGGTAATGCTCCTGAAACATTTGACCATAGgtgagttggt ... ttcttggcagGGACGCCTTGATCGCTTCTGTCCCGAGCTATGAGGAGCCTTATATTAAAGT
EST: gi|120532246|gb|EH260379.1|EH260379
EST:     AGACTGAAAACAATTTGCGTGGTAATGCTCCTGAAACATTTGACCATAG                         GGACGCCTTGATCGCTTCTGTCCCGAGCTATGAGGAGCCTTATATTAAAGT
genomic: AGACTGAAAACAATTTGCGTGGTAATGCTCCTGAAACATTTGACCATAGgtgagttggt ... ttcttggcagGGACGCCTTGATCGCTTCTGTCCCGAGCTATGAGGAGCCTTATATTAAAGT
EST: gi|6845801|gb|AW348091.1|AW348091
EST:     AGACTGAAAACAATTTGCGTGGTAATGCTCCTGAAACATTTGACCATAG                         GGACGCCTTGATCGCTTCTGTCCCGAGCTATGAGGAGCCTTATATTAAAGT
genomic: AGACTGAAAACAATTTGCGTGGTAATGCTCCTGAAACATTTGACCATAGgtgagttggt ... ttcttggcagGGACGCCTTGATCGCTTCTGTCCCGAGCTATGAGGAGCCTTATATTAAAGT
EST: gi|10235113|gb|BE804001.1|BE804001
EST:     AGACTGAAAACAATTTGCGTGGTAATGCTCCTGAAACATTTGACCATAG                         GGACGCCTTGATCGCTTCTGTCCCGAGCTATGAGGAGCCTTATATTAAAGT
genomic: AGACTGAAAACAATTTGCGTGGTAATGCTCCTGAAACATTTGACCATAGgtgagttggt ... ttcttggcagGGACGCCTTGATCGCTTCTGTCCCGAGCTATGAGGAGCCTTATATTAAAGT