1 5' 3' | 2 5' 3' | 3 5' 3' | 4 5' 3' | 5 5' 3' | 6 5' 3' | 7 5' 3' | 8 5' 3' | 9 5' 3' | 10 5' 3' | 11 5' 3' | 12 5' 3' | 13 5' 3' | 14 5' 3' |
...gtatttacaattcaggaaaactattttataattatgttagtctttgttatcacgaagagtattcatattcttaggttatcaatgtttataaaatgtgtagGAGACAGCTTAGCAATTTTAAGAGCTGAATTGAAGAGTCAAAAGAAGCATGTAAGAAATTTGAAGAAAAAATCACTATGGTCCAAGATTTTGGAAGAG
species | Glycine max |
transcript | GLYMA20G31400.1 |
intron # | 8 |
splice site | 3' |
intron type | U2 |
EST: TTATCGGCGCAAGCTTCAAGGAGAGGACAATTCAAATGCTACACAAAGAG GAGACAGCTTAGCAATTTTAAGAGCTGAATTGAAGAGTCAAAAGAAGCATGEST: gi|193628337|gb|FK574893.1|FK574893
genomic: TTATCGGCGCAAGCTTCAAGAAGAGGACAATTCAAATGCTACACAAAGAGgtacatgttg ... aaatgtgtagGAGACAGCTTAGCAATTTTAAGAGCTGAATTGAAGAGTCAAAAGAAGCATG
EST: TTATCGGCGCAAGCTTCAAGAAGAGGACAATTCAAATGCTACACAAAGAG GAGACAGCTTAGCAATTTTAAGAGCTGAATTGAAGAGTCAAAAGAAGCATG
genomic: TTATCGGCGCAAGCTTCAAGAAGAGGACAATTCAAATGCTACACAAAGAGgtacatgttg ... aaatgtgtagGAGACAGCTTAGCAATTTTAAGAGCTGAATTGAAGAGTCAAAAGAAGCATG
gttatcacgaagagtattcatattcttaggttatcaatgtttataaaatgtgtagGAGACAGCTTAGCAATTTTAAGAGCTGAATTGAAGAGTCAAAAGAAGCATGTAAGAAATTTGAAGAAAAAATCACTATGGTCCAAGATTTTGGAAGAG
ttatcaatgtttataa TA-rich tract
atgc | intron | ATGC | exonic elements by Pertea et al. |
ATGC | exon | atgc | putative intronic elements |
ATGC | putative exonic elements identified for retained introns |
10 20 30 40 50 60 70 80 90 100 110 120 130 140 150 160 170 180 190 200 210 220 ---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------| gtatttacaattcaggaaaactattttataattatgttagtctttgttatcacgaagagtattcatattcttaggttatcaatgtttataaaatgtgtagGAGACAGCTTAGCAATTTTAAGAGCTGAATTGAAGAGTCAAAAGAAGCATGTAAGAAATTTGAAGAAAAAATCACTATGGTCCAAGATTTTGGAAGAG
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - AAGAAA
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - TTGAAG
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - TGAAGA
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - AAGAAA
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - TGGAAG
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - GGAAGA
- - - -caattca
- - - - - - - ggaaaac
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -caatgtt