Skip to another splice site:
1  
 5'  3'   		2  
 5'  3'   		3  
 5'  3'   

Data associated with selected splice site

Sequence

 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

TTATACTGCCTTCAAGTATCACAATGAAAGTGGGATTGCCAATCTCTACAGCTTGCATTCATGGCTTGGAATTGGGGTTATTGTCCTTTATGGCATTCAGgtaaaccactgcatatgactaagcgtgtttggattcgcattcacacaactcaaacgtggatcacagaagcaacttttagttgctttttggtgcatcttga...

Basic information

species Glycine max
transcript GLYMA20G29750.1
intron # 3
splice site 5'
intron type U2

Orthologous splice sites


 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence


upper sequence: GLYMA20G29750.1 (Glycine max), 5'ss of exon 3
lower sequence: LOC_Os10g36030.1 (Oryza sativa), 5'ss of exon 3
TTATACTGCCTTCAAGTATCACAATGAAAGTGGGATTGCCAATCTCTACAGCTTGCATTCATGGCTTGGAATTGGGGTTATTGTCCTTTATGGCATTCAGgtaaaccactgcatatgactaagcgtgtttggattcgcattcacacaactcaaa-cgtggatcacagaagcaacttttagttgctttttggtgcatcttga
 ||| |||||||||||| ||||||||||||||| ||||| || ||||||||| |||| || ||| ||||| ||||   |||     | |||||  | |||||||      ||| |  | | | | |  |    ||  |         | | ||    |||| |   |    | |||||      | |||  ||||||   |
ATATGCTGCCTTCAAGTTTCACAATGAAAGTGGAATTGCTAACCTCTACAGCCTGCACTCCTGGGTTGGACTTGGAACTATCTGTTTATATGGTGTACAGgtaatttga-gcaaagcatttatcattctaatgttgtctgaattgagatttaaggtttggaactatgttagagctttttaaatttatttattgcatcggta

upper sequence: GLYMA20G29750.1 (Glycine max), 5'ss of exon 3
lower sequence: LOC_Os02g42890.1 (Oryza sativa), 5'ss of exon 3
TTATACTGCCTTCAAGTATCACAATGAAAGTGGGATTGCCAATCTCTACAGCTTGCATTCATGGCTTGGAATTGGGGTTATTGTCCTTTATGGCATTCAGgtaaaccactgcatatgac--taagcgtgtttggattcg--cattcacacaactcaaacgt-ggatcacagaagcaacttttagttgctttttggtgcatcttga
 ||    || ||||| | ||||||||||||||| |||||||| ||||||||  ||||||| |||||||| |||||    |||    | ||||| |||||||||| ||  |||||||| |   ||   | ||     |    |||| ||  |   |||   |            | |||  | |  |       |   ||      
ATACTGCGCTTTCAAATTTCACAATGAAAGTGGAATTGCCAACCTCTACAGTCTGCATTCTTGGCTTGGGATTGGAACAATTTGTTTGTATGGTATTCAGgtaaccccttgcatatggcagcaattctattccatataagccattgacttagtccaattattatgatttgtctgaaaccgtcaacttacaacagaaccaa-----

upper sequence: GLYMA20G29750.1 (Glycine max), 5'ss of exon 3
lower sequence: GRMZM2G081148_T01 (Zea mays), 5'ss of exon 3
TTATACTGCCTTCAAGTATCACAATGAAAGTGGGATTGCCAATCTCTACAGCTTGCATTCATGGCTTGGAATTGGGGTTATTGTCCTTTATGGCATTCAGgtaaaccactgcatatgactaagcgtgtttggattcgcattcacacaactcaaacgtggatcacagaagcaacttttagttgctttttggtgcatcttga---
 ||| ||||||||||||  |||||||||||||| ||||  ||||| |||||||||||||| ||| ||||| ||||   |||   ||| || || || ||||| |  |||   |      | |   | | |    | |    |  ||||      |  | ||     ||     | | |||||  |  | | |   || |    
ATATGCTGCCTTCAAGTTCCACAATGAAAGTGGAATTGATAATCTGTACAGCTTGCATTCGTGGGTTGGACTTGGAACTATCTGCCTGTACGGTATACAGgtgagacacacaaacccttttaatttttgtaacattgtgaac-tacaagaagggcaggcatggtgcaatgg--tgtaagttgtctccttgagtcactgggtcg

upper sequence: GLYMA20G29750.1 (Glycine max), 5'ss of exon 3
lower sequence: GRMZM2G060357_T01 (Zea mays), 5'ss of exon 3
TTATACTGCCTTCAAGTATCACAATGAAAGTGGGATTGCCAATCTCTACAGCTTGCATTCATGGCTTGGAATTGGGGTTATTGTCCTTTATGGCATTCAGgtaaaccactgcatatgactaagcgtgtttggattcgcattcacacaactcaaacgtggatcacagaagcaacttttagttgctttttggtgcatcttga----
 ||   ||| |||||  |||||||||| ||||||||||||||||| |||||| |||| || ||| |||| || ||    |||    | ||||| ||||||||||  |  ||||| |||    ||    || | |  |  |||    |     |   ||   |||  |    |||  |   |   |||||    || |       
ATACTTTGCTTTCAAAAATCACAATGAGAGTGGGATTGCCAATCTTTACAGCCTGCACTCTTGGATTGGGATAGGAACAATTACTTTGTATGGTATTCAGgtaaggccatgcatgtgat--ggcaaagttaggt--gtcttctttgactatgattttgacacactaacaacactactgcatttattttgaatgatttgtttttt

upper sequence: GLYMA20G29750.1 (Glycine max), 5'ss of exon 3
lower sequence: GRMZM2G066885_T02 (Zea mays), 5'ss of exon 3
TTATACTGCCTTCAAGTATCACAATGAAAGTGGGATTGCCAATCTCTACAGCTTGCATTCATGGCTTGGAATTGGGGTTATTGTCCTTTATGGCATTCAGgtaaaccactgcatatga---ctaagc---gtgtttggattcgcatt-cacacaactcaaac--gtggatcacagaagcaacttttagttgctttttggtgcatcttga
 |||   ||||||||  |||| ||||| ||||||||||||||||| ||||| ||||| || ||| |||| || |||   |||    | ||||| ||||||||||     |||||||||   | |||     |  ||||||| | ||| |||  |  |    |   |  |||||||                                  
ATATTTCGCCTTCAAAAATCATAATGAGAGTGGGATTGCCAATCTTTACAGTTTGCACTCTTGGATTGGGATAGGGACGATTACTTTGTATGGTATTCAGgtaaggtcatgcatatgatggcaaagttagatagttggattgggattgcacttatatttgcctaatttatcacag----------------------------------

Mapped EST sequences

Showing partial alignments of ESTs and genomic sequences. See full alignments


 ATGC     EST sequence
 ATGC     genomic sequence (exon)
 ATGC     genomic sequence (truncated intron)


EST: gi|14125433|gb|BG789871.1|BG789871
EST:     GCTTGCATTCATGGCTTGGAATTGGGGTTATTGTCCTTTATGGCATTCAG                         TGGATATATGGGTNNTGTGATCTTTTTCTTCCC
genomic: GCTTGCATTCATGGCTTGGAATTGGGGTTATTGTCCTTTATGGCATTCAGgtaaaccact ... ttccctgcagTGGATATATGGGTT-TGTGATCTTTTTCTTCCC
EST: gi|11414051|gb|BF425991.1|BF425991
EST:     GCTTGCATTCATGGCTTGGAATTGGGGTTATTGTCCTTTATGGCATTCAG                         TGGATATATGGGTTTGTGATCTTTATCTTCCCT
genomic: GCTTGCATTCATGGCTTGGAATTGGGGTTATTGTCCTTTATGGCATTCAGgtaaaccact ... ttccctgcagTGGATATATGGGTTTGTGATCTTTTTCTTCCCT
EST: gi|193308614|gb|FK275337.1|FK275337
EST:     GCTTGCATTCATGGCTTGGAATTGGGGTTATTGTCCTTTATGGCATTCAG                         TGGATATATGGGTTTGTGATCTCTTTCTTCCCTGGTGGGACT
genomic: GCTTGCATTCATGGCTTGGAATTGGGGTTATTGTCCTTTATGGCATTCAGgtaaaccact ... ttccctgcagTGGATATATGGGTTTGTGATCTTTTTCTTCCCTGGTGGGACT
EST: gi|208091057|gb|GD889228.1|GD889228
EST:     GCTTGCATTCATGGCTTGGAATTGGGGTTATTGTCCTTTATGGCATTCAG                         TGGATATATGGGTTTGTGATCTTTTTCTTCCCTGGTGGGACTCCCGACATT
genomic: GCTTGCATTCATGGCTTGGAATTGGGGTTATTGTCCTTTATGGCATTCAGgtaaaccact ... ttccctgcagTGGATATATGGGTTTGTGATCTTTTTCTTCCCTGGTGGGACTCCCGACATT
EST: gi|9564415|gb|BE473924.1|BE473924
EST:     GCTTGCATTCATGGCTTGGAATTGGG-TTATTGTCCTTTATGGCATTCAG                         TGGATATATGGGTTTG-G-TCTNTNTCTTCCCTGG-GGGACTCCCGACATT
genomic: GCTTGCATTCATGGCTTGGAATTGGGGTTATTGTCCTTTATGGCATTCAGgtaaaccact ... ttccctgcagTGGATATATGGGTTTGTGATCTTTTTCTTCCCTGGTGGGACTCCCGACATT
EST: gi|15285826|gb|BI469717.1|BI469717
EST:     GCTTGCATTCATGGCTTGGAATTGGGGTTATTGTCCTTTATGGCATTCAG                         TGGATATATGGGTTTGTGATCTTTTTCTTCCCTGGTGGGACTCCCGACATT
genomic: GCTTGCATTCATGGCTTGGAATTGGGGTTATTGTCCTTTATGGCATTCAGgtaaaccact ... ttccctgcagTGGATATATGGGTTTGTGATCTTTTTCTTCCCTGGTGGGACTCCCGACATT
EST: gi|192316887|gb|FK006100.1|FK006100
EST:     GCTTGCATTCATGGCTTGGAATTGGGGTTATTGTCCTTTATGGCATTCAG                         TGGATATATGGGTTTGTGATCTTTTTCTTCCCTGGTGGGACTCCCGACATT
genomic: GCTTGCATTCATGGCTTGGAATTGGGGTTATTGTCCTTTATGGCATTCAGgtaaaccact ... ttccctgcagTGGATATATGGGTTTGTGATCTTTTTCTTCCCTGGTGGGACTCCCGACATT
EST: gi|19453458|gb|BM954868.1|BM954868
EST:     GCTTGCATTCATGGCTTGGAATTGGGGTTATTGTCCTTTATGGCATTCAG                         TGGATATATGGGTTTGTGATCTTTTTCTTCCCTGGTGGGACTCCCGACATT
genomic: GCTTGCATTCATGGCTTGGAATTGGGGTTATTGTCCTTTATGGCATTCAGgtaaaccact ... ttccctgcagTGGATATATGGGTTTGTGATCTTTTTCTTCCCTGGTGGGACTCCCGACATT
EST: gi|31308920|gb|CD394123.1|CD394123
EST:     GCTTGCATTCATGGCTTGGAATTGGGGTTATTGTCCTTTATGGCATTCAG                         TGGATATATGGGTTTGTGATCTTTTTCTTCCCTGGTGGGACTCCCGACATT
genomic: GCTTGCATTCATGGCTTGGAATTGGGGTTATTGTCCTTTATGGCATTCAGgtaaaccact ... ttccctgcagTGGATATATGGGTTTGTGATCTTTTTCTTCCCTGGTGGGACTCCCGACATT
EST: gi|193718287|gb|FK652535.1|FK652535
EST:     GCTTGCATTCATGGCTTGGAATTGGGGTTATTGTCCTTTATGGCATTCAG                         TGGATATATGGGTTTGTGATCTTTTTCTTCCCTGGTGGGACTCCCGACATT
genomic: GCTTGCATTCATGGCTTGGAATTGGGGTTATTGTCCTTTATGGCATTCAGgtaaaccact ... ttccctgcagTGGATATATGGGTTTGTGATCTTTTTCTTCCCTGGTGGGACTCCCGACATT
EST: gi|31466553|gb|CD408581.1|CD408581
EST:     GCTTGCATTCATGGCTTGGAATTGGGGTTATTGTCCTTTATGGCATTCAG                         TGGATATATGGGTTTGTGATCTTTTTCTTCCCTGGTGGGACTCCCGACATT
genomic: GCTTGCATTCATGGCTTGGAATTGGGGTTATTGTCCTTTATGGCATTCAGgtaaaccact ... ttccctgcagTGGATATATGGGTTTGTGATCTTTTTCTTCCCTGGTGGGACTCCCGACATT
EST: gi|207768476|gb|GD739055.1|GD739055
EST:     GCTTGCATTCATGGCTTGGAATTGGGGTTATTGTCCTTTATGGCATTCAG                         TGGATATATGGGTTTGTGATCTTTTTCTTCCCTGGTGGGACTCCCGACATT
genomic: GCTTGCATTCATGGCTTGGAATTGGGGTTATTGTCCTTTATGGCATTCAGgtaaaccact ... ttccctgcagTGGATATATGGGTTTGTGATCTTTTTCTTCCCTGGTGGGACTCCCGACATT
EST: gi|192316886|gb|FK006099.1|FK006099
EST:     GCTTGCATTCATGGCTTGGAATTGGGGTTATTGTCCTTTATGGCATTCAG                         TGGATATATGGGTTTGTGATCTTTTTCTTCCCTGGTGGGACTCCCGACATT
genomic: GCTTGCATTCATGGCTTGGAATTGGGGTTATTGTCCTTTATGGCATTCAGgtaaaccact ... ttccctgcagTGGATATATGGGTTTGTGATCTTTTTCTTCCCTGGTGGGACTCCCGACATT
EST: gi|192307911|gb|FK003059.1|FK003059
EST:     GCTTGCATTCATGGCTTGGAATTGGGGTTATTGTCCTTTATGGCATTCAG                         TGGATATATGGGTTTGTGATCTTTTTCTTCCCTGGTGGGACTCCCGACATT
genomic: GCTTGCATTCATGGCTTGGAATTGGGGTTATTGTCCTTTATGGCATTCAGgtaaaccact ... ttccctgcagTGGATATATGGGTTTGTGATCTTTTTCTTCCCTGGTGGGACTCCCGACATT
EST: gi|192316699|gb|FK006402.1|FK006402
EST:     GCTTGCATTCATGGCTTGGAATTGGGGTTATTGTCCTTTATGGCATTCAG                         TGGATATATGGGTTTGTGATCTTTTTCTTCCCTGGTGGGACTCCCGACATT
genomic: GCTTGCATTCATGGCTTGGAATTGGGGTTATTGTCCTTTATGGCATTCAGgtaaaccact ... ttccctgcagTGGATATATGGGTTTGTGATCTTTTTCTTCCCTGGTGGGACTCCCGACATT
EST: gi|19346752|gb|BM891632.1|BM891632
EST:     GCTTGCATTCATGGCTTGGAATTGGGGTTATTGTCCTTTATGGCATTCAG                         TGGATATATGGGTTTGTGATCTTTTTCTTCCCTGGTGGGACTCCCGACATT
genomic: GCTTGCATTCATGGCTTGGAATTGGGGTTATTGTCCTTTATGGCATTCAGgtaaaccact ... ttccctgcagTGGATATATGGGTTTGTGATCTTTTTCTTCCCTGGTGGGACTCCCGACATT
EST: gi|192308824|gb|FK000144.1|FK000144
EST:     GCTTGCATTCATGGCTTGGAATTGGGGTTATTGTCCTTTATGGCATTCAG                         TGGATATATGGGTTTGTGATCTTTTTCTTCCCTGGTGGGACTCCCGACATT
genomic: GCTTGCATTCATGGCTTGGAATTGGGGTTATTGTCCTTTATGGCATTCAGgtaaaccact ... ttccctgcagTGGATATATGGGTTTGTGATCTTTTTCTTCCCTGGTGGGACTCCCGACATT
EST: gi|31465485|gb|CD407513.1|CD407513
EST:     GCTTGCATTCATGGCTTGGAATTGGGGTTATTGTCCTTTATGGCATTCAG                         TGGATATATGGGTTTGTGATCTTTTTCTTCCCTGGTGGGACTCCCGACATT
genomic: GCTTGCATTCATGGCTTGGAATTGGGGTTATTGTCCTTTATGGCATTCAGgtaaaccact ... ttccctgcagTGGATATATGGGTTTGTGATCTTTTTCTTCCCTGGTGGGACTCCCGACATT
EST: gi|15000115|gb|BI320929.1|BI320929
EST:     GCTTGCATTCATGGCTTGGAATTGGGGTTATTGTCCTTTATGGCATTCAG                         TGGATATATGGGTTTGTGATCTTTTTCTTCCCTGGTGGGACTCCCGACATT
genomic: GCTTGCATTCATGGCTTGGAATTGGGGTTATTGTCCTTTATGGCATTCAGgtaaaccact ... ttccctgcagTGGATATATGGGTTTGTGATCTTTTTCTTCCCTGGTGGGACTCCCGACATT
EST: gi|209707846|gb|BW683742.1|BW683742
EST:     GCTTGCATTCATGGCTTGGAATTGGGGTTATTGTCCTTTATGGCATTCAG                         TGGATATATGGGTTTGTGATCTTTTTCTTCCCTGGTGGGACTCCCGACATT
genomic: GCTTGCATTCATGGCTTGGAATTGGGGTTATTGTCCTTTATGGCATTCAGgtaaaccact ... ttccctgcagTGGATATATGGGTTTGTGATCTTTTTCTTCCCTGGTGGGACTCCCGACATT
EST: gi|192308823|gb|FK000143.1|FK000143
EST:     GCTTGCATTCATGGCTTGGAATTGGGGTTATTGTCCTTTATGGCATTCAG                         TGGATATATGGGTTTGTGATCTTTTTCTTCCCTGGTGGGACTCCCGACATT
genomic: GCTTGCATTCATGGCTTGGAATTGGGGTTATTGTCCTTTATGGCATTCAGgtaaaccact ... ttccctgcagTGGATATATGGGTTTGTGATCTTTTTCTTCCCTGGTGGGACTCCCGACATT
EST: gi|10238334|gb|BE807150.1|BE807150
EST:     GCTTGCATTCATGGCTTGGAATTGGGGTTATTGTCCTTTATGGCATTCAG                         TGGATATATGGGT
genomic: GCTTGCATTCATGGCTTGGAATTGGGGTTATTGTCCTTTATGGCATTCAGgtaaaccact ... ttccctgcagTGGATATATGGGT
EST: gi|208113699|gb|GD913410.1|GD913410
EST:     GCTTGCATTCATGGCTTGGAATTGGGGTTATTGTCCTTTATGGCATTCAG                         TGGATATATGGGTTTGTGATCTTTTTCTTCCCTGGTGGGACTCCCGACATT
genomic: GCTTGCATTCATGGCTTGGAATTGGGGTTATTGTCCTTTATGGCATTCAGgtaaaccact ... ttccctgcagTGGATATATGGGTTTGTGATCTTTTTCTTCCCTGGTGGGACTCCCGACATT
EST: gi|17152905|gb|BM142838.1|BM142838
EST:     GCTTGCATTCATGGCTTGGAATTGGGGTTATTGTCCTTTATGGCATTCAG                         TGGATATATGGGTTTGTGATCTTTTTCTTCCCTGGTGGGACTCCCGACATT
genomic: GCTTGCATTCATGGCTTGGAATTGGGGTTATTGTCCTTTATGGCATTCAGgtaaaccact ... ttccctgcagTGGATATATGGGTTTGTGATCTTTTTCTTCCCTGGTGGGACTCCCGACATT
EST: gi|193675628|gb|FK614812.1|FK614812
EST:     GCTTGCATTCATGGCTTGGAATTGGGGTTATTGTCCTTTATGGCATTCAG                         TGGATATATGGGTTTGTGATCTTTTTCTTCCCTGGTGGGACTCCCGACATT
genomic: GCTTGCATTCATGGCTTGGAATTGGGGTTATTGTCCTTTATGGCATTCAGgtaaaccact ... ttccctgcagTGGATATATGGGTTTGTGATCTTTTTCTTCCCTGGTGGGACTCCCGACATT
EST: gi|151397821|gb|EV267694.1|EV267694
EST:     GCTTGCATTCATGGCTTGGAATTGGGGTTATTGTCCTTTATGGCATTCAG                         TGGATATATGGGTTTGTGATCTTTTTCTTCCCTGGTGGGACTCCCGACATT
genomic: GCTTGCATTCATGGCTTGGAATTGGGGTTATTGTCCTTTATGGCATTCAGgtaaaccact ... ttccctgcagTGGATATATGGGTTTGTGATCTTTTTCTTCCCTGGTGGGACTCCCGACATT
EST: gi|192316700|gb|FK006403.1|FK006403
EST:     GCTTGCATTCATGGCTTGGAATTGGGGTTATTGTCCTTTATGGCATTCAG                         TGGATATATGGGTTTGTGATCTTTTTCTTCCCTGGTGGGACTCCCGACATT
genomic: GCTTGCATTCATGGCTTGGAATTGGGGTTATTGTCCTTTATGGCATTCAGgtaaaccact ... ttccctgcagTGGATATATGGGTTTGTGATCTTTTTCTTCCCTGGTGGGACTCCCGACATT
EST: gi|31456977|gb|CD399005.1|CD399005
EST:     GCTTGCATTCATGGCTTGGAATTGGGGTTATTGTCCTTTATGGCATTCAG                         TGGATATATGGGTTTGTGATCTTTTTCTTCCCTGGTGGGACTCCCGACATT
genomic: GCTTGCATTCATGGCTTGGAATTGGGGTTATTGTCCTTTATGGCATTCAGgtaaaccact ... ttccctgcagTGGATATATGGGTTTGTGATCTTTTTCTTCCCTGGTGGGACTCCCGACATT
EST: gi|14125470|gb|BG789908.1|BG789908
EST:     GCTTGCATTCATGGCTTGGAATTGGGGTTATTGTCCTTTATGGCATTCAG                         TGGATATATGGGTNNTGTGATCTTTTTCTTCCCTGGTGGGACTCCC
genomic: GCTTGCATTCATGGCTTGGAATTGGGGTTATTGTCCTTTATGGCATTCAGgtaaaccact ... ttccctgcagTGGATATATGGGTT-TGTGATCTTTTTCTTCCCTGGTGGGACTCCC
EST: gi|298193346|gb|HO033780.1|HO033780
EST:     GCTTGCATTCATGGCTTGGAATTGGGGTTATTGTCCTTTATGGCATTCAG                         TGGATATATGGGTTTGTGATCTTTTTCTTCCCTGGTGGGACTCCCGACATT
genomic: GCTTGCATTCATGGCTTGGAATTGGGGTTATTGTCCTTTATGGCATTCAGgtaaaccact ... ttccctgcagTGGATATATGGGTTTGTGATCTTTTTCTTCCCTGGTGGGACTCCCGACATT
EST: gi|151396174|gb|EV266051.1|EV266051
EST:     TTGCATTCATGGCTTGGAATTTGGGGTTATTTGTCCTTTATGGCATTCAG                         TGGATATATGGGTTTTGTGATTCTTTTTCTTCCCCTGGTGGG
genomic: TTGCATTCATGGCTTGGAATT-GGGGTTATT-GTCCTTTATGGCATTCAGgtaaaccact ... ttccctgcagTGGATATATGGGTTT-GTGAT-CTTTTTCTTCCC-TGGTGGG
EST: gi|192307912|gb|FK003060.1|FK003060
EST:     GCTTGCATTCATGGCTTGGAATTGGGGTTATTGTCCTTTATGGCATTCAG                         TGGATATATGGGTTTGTGATCTTTTTCTTCCCTGGTGGGACTCCCGACATT
genomic: GCTTGCATTCATGGCTTGGAATTGGGGTTATTGTCCTTTATGGCATTCAGgtaaaccact ... ttccctgcagTGGATATATGGGTTTGTGATCTTTTTCTTCCCTGGTGGGACTCCCGACATT
EST: gi|151412364|gb|EV282176.1|EV282176
EST:     GCTTGCATTCATGGCTTGGAATTGGGGTTATTGTCCTTTATGGCATTCAG                         TGGATATATGGGTTTGTGATCTTTTTCTTCCCTGGTGGGACTCCCGACATT
genomic: GCTTGCATTCATGGCTTGGAATTGGGGTTATTGTCCTTTATGGCATTCAGgtaaaccact ... ttccctgcagTGGATATATGGGTTTGTGATCTTTTTCTTCCCTGGTGGGACTCCCGACATT