1 5' 3' | 2 5' 3' | 3 5' 3' | 4 5' 3' |
...gcctgtctcccttctaatttatgtagtttcattgtctccctagttatcattgatttgttcaacataaaaactcccttgtatcaatttggtctttctttagGTACTTGAGGATGGTGTTCTTGATCCAGAGACCACTGTGGTATCCATATTCCCTTCTCCCATGCACTATGCTGGACCCACGGAGGTGCAGTGGCATGCAA
species | Glycine max |
transcript | GLYMA20G28980.1 |
intron # | 2 |
splice site | 3' |
intron type | U2 |
EST: CCAAAGCTGATGATGTCCCACTTGATTGGCGAATGAAGCAACATGAGAAG GTACTTGAGGATGGTGTTCTTGATCCAGAGACAACTGTGGTATCCATATTCEST: gi|254330106|gb|GR839659.1|GR839659
genomic: CCAAAGCTGATGATGTCCCACTTGATTGGCGAATGAAACAACATGAGAAGgtgtgtgatg ... ctttctttagGTACTTGAGGATGGTGTTCTTGATCCAGAGACCACTGTGGTATCCATATTC
EST: CCAAAGCTGATGATGTCCCACTTGATTGGCGAATGAAACAACATGAGAAG GTACTTGAGGATGGTGTTCTTGATCCAGAGACCACTGTGGTATCCATATTCEST: gi|8669899|gb|BE191006.1|BE191006
genomic: CCAAAGCTGATGATGTCCCACTTGATTGGCGAATGAAACAACATGAGAAGgtgtgtgatg ... ctttctttagGTACTTGAGGATGGTGTTCTTGATCCAGAGACCACTGTGGTATCCATATTC
EST: CCAAAGCTGATGATGTCCCACTTGATTGGCGAATGAAACAACATGAGAAG GTACTTGAGGATGGTGTTCTTGATCCAGAGACCACTGTGGTATCCATATTCEST: gi|6566778|gb|AW234410.1|AW234410
genomic: CCAAAGCTGATGATGTCCCACTTGATTGGCGAATGAAACAACATGAGAAGgtgtgtgatg ... ctttctttagGTACTTGAGGATGGTGTTCTTGATCCAGAGACCACTGTGGTATCCATATTC
EST: CCAAAGCTGATGATGTCCCACTTGATTGGCGAATGAAACAACATGAGAAG GTACTTGAGGATGGTGTTCTTGATCCAGAGACCACTGTGGTATCCATATTCEST: gi|298189368|gb|HO037771.1|HO037771
genomic: CCAAAGCTGATGATGTCCCACTTGATTGGCGAATGAAACAACATGAGAAGgtgtgtgatg ... ctttctttagGTACTTGAGGATGGTGTTCTTGATCCAGAGACCACTGTGGTATCCATATTC
EST: CCAAAGCTGATGATGTCCCACTTGATTGGCGAATGAAACAACATGAGAAG GTACTTGAGGATGGTGTTCTTGATCCAGAGACCACTGTGGTATCCATATTCEST: gi|17023944|gb|BM094978.1|BM094978
genomic: CCAAAGCTGATGATGTCCCACTTGATTGGCGAATGAAACAACATGAGAAGgtgtgtgatg ... ctttctttagGTACTTGAGGATGGTGTTCTTGATCCAGAGACCACTGTGGTATCCATATTC
EST: CCAAAGCTGATGATGTCCCACTTGATTGGCGAATGAAACAACATGAGAAG GTACTTGAGGATGGTGTTCTTGATCCAGAGACCACTGTGGTATCCATATTCEST: gi|254327391|gb|GR837000.1|GR837000
genomic: CCAAAGCTGATGATGTCCCACTTGATTGGCGAATGAAACAACATGAGAAGgtgtgtgatg ... ctttctttagGTACTTGAGGATGGTGTTCTTGATCCAGAGACCACTGTGGTATCCATATTC
EST: CCAAAGCTGATGATGTCCCACTTGATTGGCGAATGAAACAACATGAGAAG GTACTTGAGGATGGTGTTCTTGATCCAGAGACCACTGTGGTATCCATATTCEST: gi|254333225|gb|GR850475.1|GR850475
genomic: CCAAAGCTGATGATGTCCCACTTGATTGGCGAATGAAACAACATGAGAAGgtgtgtgatg ... ctttctttagGTACTTGAGGATGGTGTTCTTGATCCAGAGACCACTGTGGTATCCATATTC
EST: CCAAAGCTGATGATGTCCCACTTGATTGGCGAATGAAACAACATGAGAAG GTACTTGAGGATGGTGTTCTTGATCCAGAGACCACTGTGGTATCCATATTCEST: gi|7028493|gb|AW458276.1|AW458276
genomic: CCAAAGCTGATGATGTCCCACTTGATTGGCGAATGAAACAACATGAGAAGgtgtgtgatg ... ctttctttagGTACTTGAGGATGGTGTTCTTGATCCAGAGACCACTGTGGTATCCATATTC
EST: GTCCCACTTGATTGGCGAATGAAACAACATGAGAAG GTACTTGAGGATGGTGTTCTTGATCCAGAGACCACTGTGGTATCCATATTCEST: gi|4396152|gb|AI495149.1|AI495149
genomic: GTCCCACTTGATTGGCGAATGAAACAACATGAGAAGgtgtgtgatg ... ctttctttagGTACTTGAGGATGGTGTTCTTGATCCAGAGACCACTGTGGTATCCATATTC
EST: CCAAAGCTGATGATGTCCCACTTGATTGGCGAATGAAGCAACATGAGAAG GTACTTGAGGATGGTGTTCTTGATCCAGAGACAACTGTGGTATCCATATTCEST: gi|17023884|gb|BM094918.1|BM094918
genomic: CCAAAGCTGATGATGTCCCACTTGATTGGCGAATGAAACAACATGAGAAGgtgtgtgatg ... ctttctttagGTACTTGAGGATGGTGTTCTTGATCCAGAGACCACTGTGGTATCCATATTC
EST: CCAAAGCTGATGATGTCCCACTTGATTGGCGAATGAAACAACATGAGAAG GTACTTGAGGATGGTGTTCTTGATCCAGAGACCACTGTGGTATCCATATTCEST: gi|17023870|gb|BM094904.1|BM094904
genomic: CCAAAGCTGATGATGTCCCACTTGATTGGCGAATGAAACAACATGAGAAGgtgtgtgatg ... ctttctttagGTACTTGAGGATGGTGTTCTTGATCCAGAGACCACTGTGGTATCCATATTC
EST: TGATGTCCCACTTGATTGGCGAATGAAACAACATGAGAAG GTACTTGAGGATGGTGTTCTTGATCCAGAGACCACTGTTGTATCCATATTCEST: gi|254327390|gb|GR836999.1|GR836999
genomic: TGATGTCCCACTTGATTGGCGAATGAAACAACATGAGAAGgtgtgtgatg ... ctttctttagGTACTTGAGGATGGTGTTCTTGATCCAGAGACCACTGTGGTATCCATATTC
EST: CCAAAGCTGATGATGTCCCACTTGATTGGCGAATGAAACAACATGAGAAG GTACTTGAGGATGGTGTTCTTGATCCAGAGACCACTGTGGTATCCATATTCEST: gi|10709253|gb|BF008977.1|BF008977
genomic: CCAAAGCTGATGATGTCCCACTTGATTGGCGAATGAAACAACATGAGAAGgtgtgtgatg ... ctttctttagGTACTTGAGGATGGTGTTCTTGATCCAGAGACCACTGTGGTATCCATATTC
EST: CCAAAGCTGATGATGTCCCACTTGATTGGCGAATGAAACAACATGAGAAG GTACTTGANGATGGTGTTCTTGATCCAGAGACCACTGTGGTATCCATATTCEST: gi|23064610|gb|BU579383.1|BU579383
genomic: CCAAAGCTGATGATGTCCCACTTGATTGGCGAATGAAACAACATGAGAAGgtgtgtgatg ... ctttctttagGTACTTGAGGATGGTGTTCTTGATCCAGAGACCACTGTGGTATCCATATTC
EST: CCAAAGCTGATGATGTCCCACTTGATTGGCGAATGAAACAACATGAGAAG GTACTTGAGGATGGTGTTCTTGATCCAGAGACCACTGTGGTATCCATATTCEST: gi|37997091|gb|CF808680.1|CF808680
genomic: CCAAAGCTGATGATGTCCCACTTGATTGGCGAATGAAACAACATGAGAAGgtgtgtgatg ... ctttctttagGTACTTGAGGATGGTGTTCTTGATCCAGAGACCACTGTGGTATCCATATTC
EST: CCAAAGCTGATGATGTCCCACTTGATTGGCGAATGAAACAACATGAGAAG GTACTTGAGGATGGTGTTCTTGATCCAGAGACCACTGTGGTATCCATATTC
genomic: CCAAAGCTGATGATGTCCCACTTGATTGGCGAATGAAACAACATGAGAAGgtgtgtgatg ... ctttctttagGTACTTGAGGATGGTGTTCTTGATCCAGAGACCACTGTGGTATCCATATTC
atcattgatttgttcaacataaaaactcccttgtatcaatttggtctttctttagGTACTTGAGGATGGTGTTCTTGATCCAGAGACCACTGTGGTATCCATATTCCCTTCTCCCATGCACTATGCTGGACCCACGGAGGTGCAGTGGCATGCAA
cattgat putative branch site (score: 4)
tttggtctttcttt putative PPT
aacataaaaa TA-rich tract
atgc | intron | ATGC | exonic elements by Pertea et al. |
ATGC | exon | atgc | putative intronic elements |
ATGC | putative exonic elements identified for retained introns |
10 20 30 40 50 60 70 80 90 100 110 120 130 140 150 160 170 180 190 200 210 220 ---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------| gcctgtctcccttctaatttatgtagtttcattgtctccctagttatcattgatttgttcaacataaaaactcccttgtatcaatttggtctttctttagGTACTTGAGGATGGTGTTCTTGATCCAGAGACCACTGTGGTATCCATATTCCCTTCTCCCATGCACTATGCTGGACCCACGGAGGTGCAGTGGCATGCAA
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - ATGCTG
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - GCTGGA