Mapped EST sequences
Showing partial alignments of ESTs and genomic sequences. See full alignments
ATGC EST sequence
ATGC genomic sequence (exon)
ATGC genomic sequence (truncated intron)
EST:
gi|20207742|gb|BQ133831.1|BQ133831EST: TCTCTTCTTCTCTTCCACTTCAGCCATTACCACTCTCACCCCACATCCCA GTGGTGGGGCAGTGAAGCAGCTTAACCGGGAAGAGAAACAAAATGGGTCAA
genomic: TCTCTTCTTCTCTTCCACTTCAGCCATTACCACTCTCACCCCACATCCCAgtaagtacac ... tttttttcagGTGGTGGGGCAGTGAAGCAGCTTAACCGGGAAGAGAAACAAAATGGGTCAA
EST:
gi|20207615|gb|BQ133704.1|BQ133704EST: TCTCTTCTTCTCTTCCACTTCAGCCATTACCACTCTCACCCCACATCCCA GTGGTGGGGCAGTGAAGCAGCTTAACCGGGAAGAGAAACAAAATGGGTCAA
genomic: TCTCTTCTTCTCTTCCACTTCAGCCATTACCACTCTCACCCCACATCCCAgtaagtacac ... tttttttcagGTGGTGGGGCAGTGAAGCAGCTTAACCGGGAAGAGAAACAAAATGGGTCAA
EST:
gi|17963634|gb|BM270381.1|BM270381EST: TCTCTTCTTCTCTTCCACTTCAGCCATTACCACTCTCACCCCACATCCCA GTGGTGGGGCAGTGAAGCAGCTTAACCGGGAAGAGAAACAAAATGGGTCAA
genomic: TCTCTTCTTCTCTTCCACTTCAGCCATTACCACTCTCACCCCACATCCCAgtaagtacac ... tttttttcagGTGGTGGGGCAGTGAAGCAGCTTAACCGGGAAGAGAAACAAAATGGGTCAA
EST:
gi|20075588|gb|BQ094371.1|BQ094371EST: TCTCTTCTTCTCTTCCACTTCAGCCATTACCACTCTCACCCCACATCCCA GTGGTGGGGCAGTGAAGCAGCTTAACCGGGAAGAGAAACAAAATGGGTCAA
genomic: TCTCTTCTTCTCTTCCACTTCAGCCATTACCACTCTCACCCCACATCCCAgtaagtacac ... tttttttcagGTGGTGGGGCAGTGAAGCAGCTTAACCGGGAAGAGAAACAAAATGGGTCAA
atgc intronic sequence ATGC exonic sequenceIntronic sequence truncated to 55 bases.aacacacgcacgctataatcctaactttccaaagaacttactatttttttttcagGTGGTGGGGCAGTGAAGCAGCTTAACCGGGAAGAGAAACAAAATGGGTCAACGGTGGTGCCGGTGAACAGAGTGGTGGTGGAGGAGAAGAGGTTCGGCGG
cttactattttttttt CT-rich tract
aaagaacttactattt TA-rich tract
Putative cis-regulatory sequences
atgc | intron | ATGC | exonic elements by Pertea et al. |
ATGC | exon | atgc | putative intronic elements |
| | ATGC | putative exonic elements identified for retained introns |
10 20 30 40 50 60 70 80 90 100 110 120 130 140 150 160 170 180 190 200 210 220
---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|
gtaagtacacacttccacacaacacacggaatttttattttttttaaataaaaaccaccccacttcttttatcaacaacacacgcacgctataatcctaactttccaaagaacttactatttttttttcagGTGGTGGGGCAGTGAAGCAGCTTAACCGGGAAGAGAAACAAAATGGGTCAACGGTGGTGCCGGTGAACAGAGTGGTGGTGGAGGAGAAGAGGTTCGGCGG
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - TGGTGG
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - TGGTGG
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - GGTGGA
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - GTGGAG
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - TGGAGG
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - GGAGGA
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - GAGGAG
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - AGGAGA
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - GGAGAA
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - AAGAGG