Skip to another splice site:
1  
 5'  3'   		2  
 5'  3'   		3  
 5'  3'   		4  
 5'  3'   		5  
 5'  3'   		6  
 5'  3'   

Data associated with selected splice site

Sequence

 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

CTGACTTTATGAGAGATGAAAGATATAGGAAACGTCCCATTTTAATTGCAGCTTCTGTGGGAAGCTATGGAGCGTATTTGGCTGATGGCTCTGAATATGTgtgagtgaacaaaaccaattatgtcaaaatagtcattaaagttggacttatgttgatttcaattaatattcactgttttgttactttttagtttgtagca...

Basic information

species Glycine max
transcript GLYMA20G28720.3
intron # 3
splice site 5'
intron type U2

Mapped EST sequences

Showing partial alignments of ESTs and genomic sequences. See full alignments


 ATGC     EST sequence
 ATGC     genomic sequence (exon)
 ATGC     genomic sequence (truncated intron)


EST: gi|16343199|gb|BI968794.1|BI968794
EST:     GCTTCTGTGGGAAGCTATGGAGCGTATTTGGCTGATGGCTCTGAATATGT                         TGGGGACTATGGTGATGCAGTTACTGTCCAGACACTGAAAGATTTTCACAG
genomic: GCTTCTGTGGGAAGCTATGGAGCGTATTTGGCTGATGGCTCTGAATATGTgtgagtgaac ... ctcttcacagTGGGGACTATGGTGATGCAGTTACTGTCCAGACACTGAAAGATTTTCACAG
EST: gi|151410504|gb|EV280319.1|EV280319
EST:     GCTTCTGTGGGAAGCTATGGAGCGTATTTGGCTGATGGCTCTGAATATGT                         TGGGGACTATGGTGATGCAGTTACTGTCCAGACACTGAAAGATTTTCACAG
genomic: GCTTCTGTGGGAAGCTATGGAGCGTATTTGGCTGATGGCTCTGAATATGTgtgagtgaac ... ctcttcacagTGGGGACTATGGTGATGCAGTTACTGTCCAGACACTGAAAGATTTTCACAG
EST: gi|9820255|gb|BE555765.1|BE555765
EST:     GCTTCTGTGGGAAGCTATGGAGCGTATTTGGCTGATGGCTCTGAATATGT                         TGGGGACTATGGTGATGCAGTTACTGTCCAGACACTGAAAGATTT-CACAG
genomic: GCTTCTGTGGGAAGCTATGGAGCGTATTTGGCTGATGGCTCTGAATATGTgtgagtgaac ... ctcttcacagTGGGGACTATGGTGATGCAGTTACTGTCCAGACACTGAAAGATTTTCACAG
EST: gi|6725409|gb|AW309808.1|AW309808
EST:     GCTTCTGTGGGAAGCTATGGAGCGTATTTGGCTGATGGCTCTGAATATGT                         TGGGGACTATGGTGATGCAGTTACTGTCCAGACACTGAAAGATTTTCACAG
genomic: GCTTCTGTGGGAAGCTATGGAGCGTATTTGGCTGATGGCTCTGAATATGTgtgagtgaac ... ctcttcacagTGGGGACTATGGTGATGCAGTTACTGTCCAGACACTGAAAGATTTTCACAG
EST: gi|298182333|gb|HO026508.1|HO026508
EST:     GCTTCTGTGGGAAGCTATGGAGCGTATTTGGCTGATGGCTCTGAATATGT                         TGGGGACTATGGTGATGCAGTTACTGTCCAGACACTGAAAGATTTTCGCAG
genomic: GCTTCTGTGGGAAGCTATGGAGCGTATTTGGCTGATGGCTCTGAATATGTgtgagtgaac ... ctcttcacagTGGGGACTATGGTGATGCAGTTACTGTCCAGACACTGAAAGATTTTCACAG
EST: gi|254342671|gb|GR858833.1|GR858833
EST:     GCTTCTGTGGGAAGCTATGGAGCGTATTTGGCTGATGGCTCTGAATATGT                         TGGGGACTATGGTGATGCAGTTACTGTCCAGACACTGAAAGATTTTCACAG
genomic: GCTTCTGTGGGAAGCTATGGAGCGTATTTGGCTGATGGCTCTGAATATGTgtgagtgaac ... ctcttcacagTGGGGACTATGGTGATGCAGTTACTGTCCAGACACTGAAAGATTTTCACAG
EST: gi|24135390|gb|BU925900.1|BU925900
EST:     GCTTCTGTGGGAAGCTATGGAGCGTATTTGGCTGATGGCTCTGAATATGT                         TGGGGACTATGGTGATGCAGTTACTGTCCAGACACTGAAAGATTTTCACAG
genomic: GCTTCTGTGGGAAGCTATGGAGCGTATTTGGCTGATGGCTCTGAATATGTgtgagtgaac ... ctcttcacagTGGGGACTATGGTGATGCAGTTACTGTCCAGACACTGAAAGATTTTCACAG
EST: gi|4396360|gb|AI495357.1|AI495357
EST:     GCTTCTGTGGGAAGCTATGGAGCGTATTTGGCTGATGGCTCTGAATATGT                         TGGGGACTATGGTGATGCAGTTACTGTCCAGACACTGAAAGATTTTCACAG
genomic: GCTTCTGTGGGAAGCTATGGAGCGTATTTGGCTGATGGCTCTGAATATGTgtgagtgaac ... ctcttcacagTGGGGACTATGGTGATGCAGTTACTGTCCAGACACTGAAAGATTTTCACAG
EST: gi|192323593|gb|FK017114.1|FK017114
EST:     GCTTCTGTGGGAAGCTATGGAGCGTATTTGGCTGATGGCTCTGAATATGT                         TGGGGACTATGGTGATGCAGTTACTGTCCAGACACTGAAAGATTTTCACAG
genomic: GCTTCTGTGGGAAGCTATGGAGCGTATTTGGCTGATGGCTCTGAATATGTgtgagtgaac ... ctcttcacagTGGGGACTATGGTGATGCAGTTACTGTCCAGACACTGAAAGATTTTCACAG
EST: gi|298194471|gb|HO042943.1|HO042943
EST:     GCTTCTGTGGGAAGCTATGGAGCGTATTTGGCTGATGGCTCTGAATATGT                         TGGGGACTATGGTGATGCAGTTACTGTCCAGACACTGAAAGATTTTCACAG
genomic: GCTTCTGTGGGAAGCTATGGAGCGTATTTGGCTGATGGCTCTGAATATGTgtgagtgaac ... ctcttcacagTGGGGACTATGGTGATGCAGTTACTGTCCAGACACTGAAAGATTTTCACAG
EST: gi|151401977|gb|EV271790.1|EV271790
EST:     GCTTCTGTGGGAAGCTATGGAGCGTATTTGGCTGATGGCTCTGAATATGT                         TGGGGACTATGGTGATGCAGTTACTGTCCAGACACTGAAAGATTTTCACAG
genomic: GCTTCTGTGGGAAGCTATGGAGCGTATTTGGCTGATGGCTCTGAATATGTgtgagtgaac ... ctcttcacagTGGGGACTATGGTGATGCAGTTACTGTCCAGACACTGAAAGATTTTCACAG
EST: gi|192306173|gb|FG996815.1|FG996815
EST:     GCTTCTGTGGGAAGCTATGGAGCGTATTTGGCTGATGGCTCTGAATATGT                         TGGGGACTATGGTGATGCAGTTACTGTCCAGACACTGAAAGATTTTCACAG
genomic: GCTTCTGTGGGAAGCTATGGAGCGTATTTGGCTGATGGCTCTGAATATGTgtgagtgaac ... ctcttcacagTGGGGACTATGGTGATGCAGTTACTGTCCAGACACTGAAAGATTTTCACAG
EST: gi|6848389|gb|AW350679.1|AW350679
EST:     AGCTATGGAGCGTATTTGGCTGATGGCNCTGAATATGT                         TNGGGACTATGGTGATGCAGTTACTGTCCAGACACTGAAAGATTTTCACAG
genomic: AGCTATGGAGCGTATTTGGCTGATGGCTCTGAATATGTgtgagtgaac ... ctcttcacagTGGGGACTATGGTGATGCAGTTACTGTCCAGACACTGAAAGATTTTCACAG
EST: gi|151407441|gb|EV277256.1|EV277256
EST:     GCTTCTGTGGGAAGCTATGGAGCGTATTTGGCTGATGGCTCTGAATATGT                         TGGGGACTATGGTGATGCAGTTACTGTCCAGACACTGAAAGATTTTCACAG
genomic: GCTTCTGTGGGAAGCTATGGAGCGTATTTGGCTGATGGCTCTGAATATGTgtgagtgaac ... ctcttcacagTGGGGACTATGGTGATGCAGTTACTGTCCAGACACTGAAAGATTTTCACAG
EST: gi|192306172|gb|FG996814.1|FG996814
EST:     GCTTCTGTGGGAAGCTATGGAGCGTATTTGGCTGATGGCTCTGAATATGT                         TGGGGACTATGGTGATGCAGTTACTGTCCAGACACTGAAAGATTTTCACAG
genomic: GCTTCTGTGGGAAGCTATGGAGCGTATTTGGCTGATGGCTCTGAATATGTgtgagtgaac ... ctcttcacagTGGGGACTATGGTGATGCAGTTACTGTCCAGACACTGAAAGATTTTCACAG
EST: gi|298182746|gb|HO031481.1|HO031481
EST:     GCTTCTGTGGGAAGCTATGGAGCGTATTTGGCTGATGGCTCTGAATATGT                         TGGGGACTATGGTGATGCAGTTACTGTCCAGACACTGAAAGATTTTCACAG
genomic: GCTTCTGTGGGAAGCTATGGAGCGTATTTGGCTGATGGCTCTGAATATGTgtgagtgaac ... ctcttcacagTGGGGACTATGGTGATGCAGTTACTGTCCAGACACTGAAAGATTTTCACAG
EST: gi|9986799|gb|BE660907.1|BE660907
EST:     GCTTCTGTGGGAAGCTATGGAGCGTATTTGGCTGATGGCTCTGAATATGT                         TGGGGACTATGGTGATGCAGTTACTGTCCAGACACTGAAAGATTTTCACAG
genomic: GCTTCTGTGGGAAGCTATGGAGCGTATTTGGCTGATGGCTCTGAATATGTgtgagtgaac ... ctcttcacagTGGGGACTATGGTGATGCAGTTACTGTCCAGACACTGAAAGATTTTCACAG
EST: gi|15814658|gb|BI786933.1|BI786933
EST:     GCTTCTGTGGGAAGCTATGGAGCGTATTTGGCTGATGGCTCTGAATATGT                         TGGGGACTATGGTGATGCAGTTACTGTCCAGACACTGAAAGATTTTCACAG
genomic: GCTTCTGTGGGAAGCTATGGAGCGTATTTGGCTGATGGCTCTGAATATGTgtgagtgaac ... ctcttcacagTGGGGACTATGGTGATGCAGTTACTGTCCAGACACTGAAAGATTTTCACAG
EST: gi|192334698|gb|FK025231.1|FK025231
EST:     GGGAAGCTATGGAGCGTATTTGGCTGATGGCTCTGAATATGT                         TGGGGACTATGGTGATGCAGTTACTGTCCAGACACTGAAAGATTTTCACAG
genomic: GGGAAGCTATGGAGCGTATTTGGCTGATGGCTCTGAATATGTgtgagtgaac ... ctcttcacagTGGGGACTATGGTGATGCAGTTACTGTCCAGACACTGAAAGATTTTCACAG
EST: gi|23727891|gb|BU761981.1|BU761981
EST:     GCTTCTGTGGGAAGCTATGGAGCGTATTTGGCTGATGGCTCTGAATATGT                         TGGGGACTATGGTGATGCAGTTACTGTCCAGACACTGAAAGATTTTCACAG
genomic: GCTTCTGTGGGAAGCTATGGAGCGTATTTGGCTGATGGCTCTGAATATGTgtgagtgaac ... ctcttcacagTGGGGACTATGGTGATGCAGTTACTGTCCAGACACTGAAAGATTTTCACAG
EST: gi|151406337|gb|EV276152.1|EV276152
EST:     GCTTCTGTGGGAAGCTATGGAGCGTATTTGGCTGATGGCTCTGAATATGT                         TGGGGACTATGGTGATGCAGTTACTGTCCAGACACTGAAAGATTTTCACAG
genomic: GCTTCTGTGGGAAGCTATGGAGCGTATTTGGCTGATGGCTCTGAATATGTgtgagtgaac ... ctcttcacagTGGGGACTATGGTGATGCAGTTACTGTCCAGACACTGAAAGATTTTCACAG
EST: gi|58018094|gb|CX704836.1|CX704836
EST:     GCTTCTGTGGGAAGCTATGGAGCGTATTTGGCTGATGGCTCTGAATATGT                         TGGGGACTATGGTGATGCAGTTACTGTCCAGACACTGAAAGATTTTCACAG
genomic: GCTTCTGTGGGAAGCTATGGAGCGTATTTGGCTGATGGCTCTGAATATGTgtgagtgaac ... ctcttcacagTGGGGACTATGGTGATGCAGTTACTGTCCAGACACTGAAAGATTTTCACAG

Putative cis-regulatory sequences

 atgc intron ATGC exonic elements by Pertea et al.
 ATGC exon atgc putative intronic elements
 ATGC putative exonic elements identified for retained introns
        10        20        30        40        50        60        70        80        90        100       110       120       130       140       150       160       170       180       190       200       210       220 
---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------| 
CTGACTTTATGAGAGATGAAAGATATAGGAAACGTCCCATTTTAATTGCAGCTTCTGTGGGAAGCTATGGAGCGTATTTGGCTGATGGCTCTGAATATGTgtgagtgaacaaaaccaattatgtcaaaatagtcattaaagttggacttatgttgatttcaattaatattcactgttttgttactttttagtttgtagca

- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - GCTGAT