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Data associated with selected splice site

Sequence

 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

...tgcactaacttactgttaacaagaccttattattaaacatcatctatcacttgcttaattgtattcatttgatgcatggtaatgaattacatatatacagGGAGAGCCATACTTACCTTGGTGAACAACGACGACAGAGACTCCTACAACCTTCACCCTGGCGATGCCCAGAGAATCCCAGCTGGAACCACTTACTATTT

Basic information

species Glycine max
transcript GLYMA20G28460.2
intron # 1
splice site 3'
intron type U2

Mapped EST sequences

Showing partial alignments of ESTs and genomic sequences. See full alignments


 ATGC     EST sequence
 ATGC     genomic sequence (exon)
 ATGC     genomic sequence (truncated intron)


EST: gi|298170014|gb|HO018638.1|HO018638
EST:     CCTTCTCCCCCACCATGCTGACGCCGATTTCTTCCTCTTTGTCCTTAGCG                         GGAGAGCCATACTTACCTTGGTGAACAACGACGACAGAGACTCCTACAACC
genomic: CCTTCTCCCCCACCATGCTGACGCCGATTTCCTCCTCTTTGTCCTTAGCGgtttgtattt ... atatatacagGGAGAGCCATACTTACCTTGGTGAACAACGACGACAGAGACTCCTACAACC
EST: gi|298168572|gb|HO009502.1|HO009502
EST:     CCTTCTCCCCCACCATGCTGACGCCGATTTCCTCCTCTTTGTCCTTAGCG                         GGAGGGCCATACTTACCTTGGTGAACAACGACGACAGAGACTCCTACAACC
genomic: CCTTCTCCCCCACCATGCTGACGCCGATTTCCTCCTCTTTGTCCTTAGCGgtttgtattt ... atatatacagGGAGAGCCATACTTACCTTGGTGAACAACGACGACAGAGACTCCTACAACC
EST: gi|298168780|gb|HO009710.1|HO009710
EST:     CCTTCTCCCCCACCATGCTGACGCCGATTTCTTCCTCTTTGTCCTTAGCG                         GGAGAGCCATACTTACCTTGGTGAACAACGACGACAGAGACTCCTACAACC
genomic: CCTTCTCCCCCACCATGCTGACGCCGATTTCCTCCTCTTTGTCCTTAGCGgtttgtattt ... atatatacagGGAGAGCCATACTTACCTTGGTGAACAACGACGACAGAGACTCCTACAACC
EST: gi|298184003|gb|HO029216.1|HO029216
EST:     CCTTCTCCCCCACCATGCTGACGCCGATTTCCTCCTCTTTGTCCTTAGCG                         GGAGAGCCATACTTACCTTGGTGAACAACGACGACAGAGACTCCTACAACC
genomic: CCTTCTCCCCCACCATGCTGACGCCGATTTCCTCCTCTTTGTCCTTAGCGgtttgtattt ... atatatacagGGAGAGCCATACTTACCTTGGTGAACAACGACGACAGAGACTCCTACAACC
EST: gi|298194500|gb|HO042972.1|HO042972
EST:     CCTTCTCCCCCACCATGCTGACGCCGATTTCTTCCTCTTTGTCCTTAGCG                         GGAGAGCCATACTTACCTTGGTGAACAACGACGACAGAGACTCCTACAACC
genomic: CCTTCTCCCCCACCATGCTGACGCCGATTTCCTCCTCTTTGTCCTTAGCGgtttgtattt ... atatatacagGGAGAGCCATACTTACCTTGGTGAACAACGACGACAGAGACTCCTACAACC
EST: gi|298164699|gb|HO014344.1|HO014344
EST:     CCTTCTCCCCCACCATGCTGACGCCGATTTCTTCCTCTTTGTCCTTAGCG                         GGAGAGCCATACTTACCTTGGTGAACAACGACGACAGAGACTCCTACAACC
genomic: CCTTCTCCCCCACCATGCTGACGCCGATTTCCTCCTCTTTGTCCTTAGCGgtttgtattt ... atatatacagGGAGAGCCATACTTACCTTGGTGAACAACGACGACAGAGACTCCTACAACC
EST: gi|298170944|gb|HO015920.1|HO015920
EST:     CCTTCTCCCCCACCATGCTGACGCCGATTTCTTCCTCTTTGTCCTCAGCG                         GGAGAGCCATACTTACCTTGGTGAACAACGACGACAGAGACTCCTACAACC
genomic: CCTTCTCCCCCACCATGCTGACGCCGATTTCCTCCTCTTTGTCCTTAGCGgtttgtattt ... atatatacagGGAGAGCCATACTTACCTTGGTGAACAACGACGACAGAGACTCCTACAACC
EST: gi|46492743|gb|CN472299.1|CN472299
EST:     CCTTCTCCCCCACCATGCTGACGCCGATTTCCTCCTCTTTGTCCTTAGCG                         GGAGAGCCATACTTACCTTGGTGAACAACGACGACAGAGACTCCTACAACC
genomic: CCTTCTCCCCCACCATGCTGACGCCGATTTCCTCCTCTTTGTCCTTAGCGgtttgtattt ... atatatacagGGAGAGCCATACTTACCTTGGTGAACAACGACGACAGAGACTCCTACAACC
EST: gi|298191874|gb|HO035956.1|HO035956
EST:     CCTTCTCCCCCACCATGCTGACGCCGATTTCTTCCTCTTTGTCCTTAGCG                         GGAGAGCCATACTTACCTTGGTGAACAACGACGACAGAGACTCCTACAACC
genomic: CCTTCTCCCCCACCATGCTGACGCCGATTTCCTCCTCTTTGTCCTTAGCGgtttgtattt ... atatatacagGGAGAGCCATACTTACCTTGGTGAACAACGACGACAGAGACTCCTACAACC
EST: gi|298191901|gb|HO035983.1|HO035983
EST:     CCTTCTCCCCCACCATGCTGACGCCGATTTCCTCCTCTTTGTCCTTAGCG                         GGAGAGCCATACTTACCTTGGTGAACAACGACGACAGAGACTCCTACAACC
genomic: CCTTCTCCCCCACCATGCTGACGCCGATTTCCTCCTCTTTGTCCTTAGCGgtttgtattt ... atatatacagGGAGAGCCATACTTACCTTGGTGAACAACGACGACAGAGACTCCTACAACC
EST: gi|298188867|gb|HO035560.1|HO035560
EST:     CCTTCTCCCCCACCATGCTGACGCCGATTTCTTCCTCTTTGTCCTTAGCG                         GGAGAGCCATACTTACCTTGGTGAACAACGACGACAGAGACTCCTACAACC
genomic: CCTTCTCCCCCACCATGCTGACGCCGATTTCCTCCTCTTTGTCCTTAGCGgtttgtattt ... atatatacagGGAGAGCCATACTTACCTTGGTGAACAACGACGACAGAGACTCCTACAACC
EST: gi|298190825|gb|HO032946.1|HO032946
EST:     CCTTCTCCCCCACCATGCTGACGCCGATTTCTTCCTCTTTGTCCTTAGCG                         GGAGAGCCATACTTACCTTGGTGAACAACGACGACAGAGACTCCTACAACC
genomic: CCTTCTCCCCCACCATGCTGACGCCGATTTCCTCCTCTTTGTCCTTAGCGgtttgtattt ... atatatacagGGAGAGCCATACTTACCTTGGTGAACAACGACGACAGAGACTCCTACAACC
EST: gi|298163759|gb|HO012492.1|HO012492
EST:     CCTTCTCCCCCACCATGCTGACGCCGATTTCTTCCTCTTTGTCCTTAGCG                         GGAGAGCCATACTTACCTTGGTGAACAACGACGACAGAGACTCCTACAACC
genomic: CCTTCTCCCCCACCATGCTGACGCCGATTTCCTCCTCTTTGTCCTTAGCGgtttgtattt ... atatatacagGGAGAGCCATACTTACCTTGGTGAACAACGACGACAGAGACTCCTACAACC
EST: gi|5057574|gb|AI736050.1|AI736050
EST:     TCTTCTCCCCCACCATGCTGACGCCGATTTCCTCCTCTATGTCCTTAGCG                         GGAGAGCCATACTTACCTTGGTGAACAACGACGACAGAGACTCCTACAACC
genomic: CCTTCTCCCCCACCATGCTGACGCCGATTTCCTCCTCTTTGTCCTTAGCGgtttgtattt ... atatatacagGGAGAGCCATACTTACCTTGGTGAACAACGACGACAGAGACTCCTACAACC
EST: gi|42722626|gb|CK768525.1|CK768525
EST:     CCTTCTCCCCCACCATGCTGACGCCGATTTCCTCCTCTTTGTCCTTAGCG                         GGAGAGCCATACTTACCTTGGTGAACAACGACGACAGAGACTCCTACAACC
genomic: CCTTCTCCCCCACCATGCTGACGCCGATTTCCTCCTCTTTGTCCTTAGCGgtttgtattt ... atatatacagGGAGAGCCATACTTACCTTGGTGAACAACGACGACAGAGACTCCTACAACC
EST: gi|46492864|gb|CN472420.1|CN472420
EST:     CCTTCTCCCCCACCATGCTGACGCCGATTTCCTCCTCTTTGTCCTTAGCG                         GGAGAGCCATACTTACCTTGGTGAACAACGACGACAGAGACTCCTACAACC
genomic: CCTTCTCCCCCACCATGCTGACGCCGATTTCCTCCTCTTTGTCCTTAGCGgtttgtattt ... atatatacagGGAGAGCCATACTTACCTTGGTGAACAACGACGACAGAGACTCCTACAACC
EST: gi|298183954|gb|HO029167.1|HO029167
EST:     CCTTCTCCCCCACCATGCTGACGCCGATTTCTTCCTCTTTGTCCTTAGCG                         GGAGAGCCATACTTACCTTGGTGCACAACGACGACAGAGACTCCTACAACC
genomic: CCTTCTCCCCCACCATGCTGACGCCGATTTCCTCCTCTTTGTCCTTAGCGgtttgtattt ... atatatacagGGAGAGCCATACTTACCTTGGTGAACAACGACGACAGAGACTCCTACAACC
EST: gi|298168373|gb|HO009303.1|HO009303
EST:     CCTTCTCCCCCACCATGCTGACGCCGATTTCCTCCTCTTTGTCCTTAGCG                         GGAGAGCCATACTTACCTTGGTGAACAACGACGACAGAGACTCCTACAACC
genomic: CCTTCTCCCCCACCATGCTGACGCCGATTTCCTCCTCTTTGTCCTTAGCGgtttgtattt ... atatatacagGGAGAGCCATACTTACCTTGGTGAACAACGACGACAGAGACTCCTACAACC
EST: gi|298187075|gb|HO034224.1|HO034224
EST:     CCTTCTCCCCCACCATGCTGACGCCGATTTCCTCCTCTTTGTCCTTAGCG                         GGAGAGCCATACTTACCTTGGTGAACAACGACGACAGAGACTCCTACAACC
genomic: CCTTCTCCCCCACCATGCTGACGCCGATTTCCTCCTCTTTGTCCTTAGCGgtttgtattt ... atatatacagGGAGAGCCATACTTACCTTGGTGAACAACGACGACAGAGACTCCTACAACC
EST: gi|298188324|gb|HO035017.1|HO035017
EST:     CCTTCTCCCCCACCATGCTGACGCCGATTTCCTCCTCTTTGTCCTTAGCG                         GGAGAGCCATACTTACCTTGGTGAACAACGACGACAGAGACTCCTACAACC
genomic: CCTTCTCCCCCACCATGCTGACGCCGATTTCCTCCTCTTTGTCCTTAGCGgtttgtattt ... atatatacagGGAGAGCCATACTTACCTTGGTGAACAACGACGACAGAGACTCCTACAACC
EST: gi|298181221|gb|HO022660.1|HO022660
EST:     CCTTCTCCCCCACCATGCTGACGCCGATTTCTTCCTCTTTGTCCTTAGCG                         GGAGAGCCATACTTACCTTGGTGAACAACGACGACAGAGACTCCTACAACC
genomic: CCTTCTCCCCCACCATGCTGACGCCGATTTCCTCCTCTTTGTCCTTAGCGgtttgtattt ... atatatacagGGAGAGCCATACTTACCTTGGTGAACAACGACGACAGAGACTCCTACAACC
EST: gi|209697008|gb|BW666998.1|BW666998
EST:     CCTTCTCCCCCACCATGCTGACGCCGATTTCCTCCTCTTTGTCCTTAGCG                         GCACCCCCATACTTACCTTGGTGAACAACGACGACAGAGACTCCTACAACC
genomic: CCTTCTCCCCCACCATGCTGACGCCGATTTCCTCCTCTTTGTCCTTAGCGgtttgtattt ... atatatacagGGAGAGCCATACTTACCTTGGTGAACAACGACGACAGAGACTCCTACAACC
EST: gi|298183056|gb|HO028319.1|HO028319
EST:     CCTTCTCCCCCACCATGCTGACGCCGATTTCCTCCTCTTTGTCCTTAGCG                         GGAGAGCCATACTTACCTTGGTGAACAACGACGACAGAGACTCCTACAACC
genomic: CCTTCTCCCCCACCATGCTGACGCCGATTTCCTCCTCTTTGTCCTTAGCGgtttgtattt ... atatatacagGGAGAGCCATACTTACCTTGGTGAACAACGACGACAGAGACTCCTACAACC
EST: gi|298198090|gb|HO039629.1|HO039629
EST:     CCTTCTCCCCCACCATGCTGACGCCGATTTCCTCCTCTTTGTCCTTAGCG                         GGAGAGCCATACTTACCTTGGTGAACAACGACGACAGAGACTCCTACAACC
genomic: CCTTCTCCCCCACCATGCTGACGCCGATTTCCTCCTCTTTGTCCTTAGCGgtttgtattt ... atatatacagGGAGAGCCATACTTACCTTGGTGAACAACGACGACAGAGACTCCTACAACC
EST: gi|298177680|gb|HO023699.1|HO023699
EST:     CCTTCTCCCCCACCATGCTGACGCCGATTTCTTCCTCTTTGTCCTTAGCG                         GGAGAGCCATACTTACCTTGGTGAACAACGACGACAGAGACTCCTACAACC
genomic: CCTTCTCCCCCACCATGCTGACGCCGATTTCCTCCTCTTTGTCCTTAGCGgtttgtattt ... atatatacagGGAGAGCCATACTTACCTTGGTGAACAACGACGACAGAGACTCCTACAACC
EST: gi|298184309|gb|HO029522.1|HO029522
EST:     CCTTCTCCCCCACCATGCTGACGCCGATTTCTTCCTCTTTGTCATTAGCG                         GGAGAGCCATACTTACCTTGGTGA
genomic: CCTTCTCCCCCACCATGCTGACGCCGATTTCCTCCTCTTTGTCCTTAGCGgtttgtattt ... atatatacagGGAGAGCCATACTTACCTTGGTGA
EST: gi|298194636|gb|HO043108.1|HO043108
EST:     CCTTCTCCCCCACCATGCTGACGCCGATTTCCTCCTCTTTGTCCTTAGCG                         GGAGAGCCATACTTACCTTGGTGGACAACGACGACAGAGACTCCTACAACC
genomic: CCTTCTCCCCCACCATGCTGACGCCGATTTCCTCCTCTTTGTCCTTAGCGgtttgtattt ... atatatacagGGAGAGCCATACTTACCTTGGTGAACAACGACGACAGAGACTCCTACAACC
EST: gi|298177872|gb|HO027425.1|HO027425
EST:     CCTTCTCCCCCACCATGCTGACGCCGATTTCTTCCTCTTTGTCCTTAGCG                         GGAGAGCCATACTTACCTTGGTGAACAACGACGACAGAGACTCCTACAACC
genomic: CCTTCTCCCCCACCATGCTGACGCCGATTTCCTCCTCTTTGTCCTTAGCGgtttgtattt ... atatatacagGGAGAGCCATACTTACCTTGGTGAACAACGACGACAGAGACTCCTACAACC
EST: gi|298189574|gb|HO037977.1|HO037977
EST:     CCTTCTCCCCCACCATGCTGACGCCGATTTCCTCCTCTTTGTCCTTAGCG                         GGAGAGCCATACTTACCTTGGTGAACAACGACGACAGAGACTCCTACAACC
genomic: CCTTCTCCCCCACCATGCTGACGCCGATTTCCTCCTCTTTGTCCTTAGCGgtttgtattt ... atatatacagGGAGAGCCATACTTACCTTGGTGAACAACGACGACAGAGACTCCTACAACC
EST: gi|298168717|gb|HO009647.1|HO009647
EST:     CCTTCTCCCCCACCATGCTGACGCCGATTTCTTCCTCTTTGTCCTTAGCG                         GGAGAGCCATACTTACCTTGGTGAACAACGACGACAGAGACTCCTACAACC
genomic: CCTTCTCCCCCACCATGCTGACGCCGATTTCCTCCTCTTTGTCCTTAGCGgtttgtattt ... atatatacagGGAGAGCCATACTTACCTTGGTGAACAACGACGACAGAGACTCCTACAACC
EST: gi|298188900|gb|HO035593.1|HO035593
EST:     CCTTCTCCCCCACCATGCTGACGCCGATTTCTTCCTCTTTGTCCTTAGCG                         GGAGAGCCATACTCACCTTGGTGAACAACGACGACAGAGACTCCTACAACC
genomic: CCTTCTCCCCCACCATGCTGACGCCGATTTCCTCCTCTTTGTCCTTAGCGgtttgtattt ... atatatacagGGAGAGCCATACTTACCTTGGTGAACAACGACGACAGAGACTCCTACAACC
EST: gi|298198091|gb|HO039630.1|HO039630
EST:     CCTTCTCCCCCACCATGCTGACGCCGATTTCTTCCTCTTTGTCCTTAGCG                         GGAGAGCCATGCTTACCTTGGTGAACAACGACGACAGAGACTCCTACAACC
genomic: CCTTCTCCCCCACCATGCTGACGCCGATTTCCTCCTCTTTGTCCTTAGCGgtttgtattt ... atatatacagGGAGAGCCATACTTACCTTGGTGAACAACGACGACAGAGACTCCTACAACC
EST: gi|213597721|gb|DB964169.1|DB964169
EST:     CCTTCTCCCCCACCATGCTGACGCCGATTTCCTCCTCTTTGTCCTTAGCG                         GGAGAGCCATACTTACCTTGGTGAACAACGACGACAGAGACTCCTACAACC
genomic: CCTTCTCCCCCACCATGCTGACGCCGATTTCCTCCTCTTTGTCCTTAGCGgtttgtattt ... atatatacagGGAGAGCCATACTTACCTTGGTGAACAACGACGACAGAGACTCCTACAACC
EST: gi|298198524|gb|HO040063.1|HO040063
EST:     CCTTCTCCCCCACCATGCTGACGCCGATTTCTTCCTCTTTGTCCTTAGCG                         GGAGAGCCATACTTACCTTGGTGAACAACGACGACAGAGACTCCTACAACC
genomic: CCTTCTCCCCCACCATGCTGACGCCGATTTCCTCCTCTTTGTCCTTAGCGgtttgtattt ... atatatacagGGAGAGCCATACTTACCTTGGTGAACAACGACGACAGAGACTCCTACAACC
EST: gi|298164694|gb|HO014339.1|HO014339
EST:     CCTTCTCCCCCACCATGCTGACGCCGATTTCTTCCTCTTTGTCCTTAGCG                         GGAGAGCCATACTTACCTTGGTGAACAACGACGACAGAGACTCCTACAACC
genomic: CCTTCTCCCCCACCATGCTGACGCCGATTTCCTCCTCTTTGTCCTTAGCGgtttgtattt ... atatatacagGGAGAGCCATACTTACCTTGGTGAACAACGACGACAGAGACTCCTACAACC


 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

Intronic sequence truncated to 55 bases.

atcacttgcttaattgtattcatttgatgcatggtaatgaattacatatatacagGGAGAGCCATACTTACCTTGGTGAACAACGACGACAGAGACTCCTACAACCTTCACCCTGGCGATGCCCAGAGAATCCCAGCTGGAACCACTTACTATTT
                                  taatgaattacatata  TA-rich tract
















Putative cis-regulatory sequences

 atgc intron ATGC exonic elements by Pertea et al.
 ATGC exon atgc putative intronic elements
 ATGC putative exonic elements identified for retained introns
        10        20        30        40        50        60        70        80        90        100       110       120       130       140       150       160       170       180       190       200       210       220 
---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------| 
tgcactaacttactgttaacaagaccttattattaaacatcatctatcacttgcttaattgtattcatttgatgcatggtaatgaattacatatatacagGGAGAGCCATACTTACCTTGGTGAACAACGACGACAGAGACTCCTACAACCTTCACCCTGGCGATGCCCAGAGAATCCCAGCTGGAACCACTTACTATTT

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