1 5' 3' | 2 5' 3' | 3 5' 3' | 4 5' 3' | 5 5' 3' | 6 5' 3' | 7 5' 3' | 8 5' 3' | 9 5' 3' | 10 5' 3' | 11 5' 3' | 12 5' 3' | 13 5' 3' |
AAACTGTGCCTGTTAGGACTGTTAATAGGCAATGTTCATCTGGGCTCCAGGCTGTTGCTGATGTAGCTGCTGCTATAAGGGCTGGGTTCTATGACATTGgtaatggatgcctcaaattgcttttttcttcttgtgattgctatgacttttagtatcttatgttacctttaattattttgtttag
species | Glycine max |
transcript | GLYMA20G18980.1 |
intron # | 5 |
splice site | 5' |
intron type | U2 |
EST: GGCTGTTGCTGATGTAGCTGCTGCTATAAGGGCTGGGTTCTATGACATTG GTATTGGTGCCGGTTTGGAATCTATGACAACTAATCCAATGGGATGGGATGEST: gi|192310414|gb|FG999157.1|FG999157
genomic: GGCTGTTGCTGATGTAGCTGCTGCTATAAGGGCTGGGTTCTATGACATTGgtaatggatg ... ttttgtttagGTATTGGTGCCGGTTTGGAATCTATGACAACTAATCCAATGGGATGGGATG
EST: ATAAGGGCTGGGTTCTATGACATTG GTATTGGTGCCGGTTTGGAATCTATGACAACTAATCCAATGGGATGGGATGEST: gi|254337494|gb|GR845171.1|GR845171
genomic: ATAAGGGCTGGGTTCTATGACATTGgtaatggatg ... ttttgtttagGTATTGGTGCCGGTTTGGAATCTATGACAACTAATCCAATGGGATGGGATG
EST: GGCTGTTGCTGATGTAGCTGCTGCTATAAGGGCTGGGTTCTATGACATTG GTATTGGTGCCGGTTTGGAATCTATGACAACTAATCCAATGGGATGGGATGEST: gi|308099050|gb|HO760891.1|HO760891
genomic: GGCTGTTGCTGATGTAGCTGCTGCTATAAGGGCTGGGTTCTATGACATTGgtaatggatg ... ttttgtttagGTATTGGTGCCGGTTTGGAATCTATGACAACTAATCCAATGGGATGGGATG
EST: GGCTGTTGCTGATGTAGCTGCTGCTATAAGGGCTGGGTTCTATGACATTG GTATTGGTGCCGGTTTGGAATCTATGACAACTAATCCAATGGGATGGGATGEST: gi|51345318|gb|CO986051.1|CO986051
genomic: GGCTGTTGCTGATGTAGCTGCTGCTATAAGGGCTGGGTTCTATGACATTGgtaatggatg ... ttttgtttagGTATTGGTGCCGGTTTGGAATCTATGACAACTAATCCAATGGGATGGGATG
EST: GGCTGTTGCTGATGTAGCTGCTGCTATAAGGGCTGGGTTCTATGACATTG GTATTGGTGCCGGTTTGGAATCTATGACAACTAATCCAATGGGATGGGATGEST: gi|151407628|gb|EV277443.1|EV277443
genomic: GGCTGTTGCTGATGTAGCTGCTGCTATAAGGGCTGGGTTCTATGACATTGgtaatggatg ... ttttgtttagGTATTGGTGCCGGTTTGGAATCTATGACAACTAATCCAATGGGATGGGATG
EST: GGCTGTTGCTGATGTAGCTGCTGCTATAAGGGCTGGGTTCTATGACATTG GTATTGGTGCCGGTTTGGAATCTATGACAACTAATCCAATGGGATGGGATGEST: gi|254319376|gb|GR828996.1|GR828996
genomic: GGCTGTTGCTGATGTAGCTGCTGCTATAAGGGCTGGGTTCTATGACATTGgtaatggatg ... ttttgtttagGTATTGGTGCCGGTTTGGAATCTATGACAACTAATCCAATGGGATGGGATG
EST: GGCTGTTGCTGATGTAGCTGCTGCTATAAGGGCTGGGTTCTATGACATTG GTATTGGTGCCGGTTTGGAATCTATGACAACTAATCCAATGGGATGGGATGEST: gi|21994717|gb|BQ786245.1|BQ786245
genomic: GGCTGTTGCTGATGTAGCTGCTGCTATAAGGGCTGGGTTCTATGACATTGgtaatggatg ... ttttgtttagGTATTGGTGCCGGTTTGGAATCTATGACAACTAATCCAATGGGATGGGATG
EST: GGATGTTGCTGATGTAGCTGCTGCTATAAGGGGTGGGTTCTATGACATTG GTATTGGTGCCGGTTTGGAATCTATGACAACTAATCCAATGCGATGGGATGEST: gi|9986215|gb|BE660323.1|BE660323
genomic: GGCTGTTGCTGATGTAGCTGCTGCTATAAGGGCTGGGTTCTATGACATTGgtaatggatg ... ttttgtttagGTATTGGTGCCGGTTTGGAATCTATGACAACTAATCCAATGGGATGGGATG
EST: GGCTGTTGCTGATGTAGCTGCTGCTATAAGGGCTGGGTNCTATGACATTG GTATTGGTGCCGGTTTGGAATCTATGACANCTAATCCAATGGNATGGGATG
genomic: GGCTGTTGCTGATGTAGCTGCTGCTATAAGGGCTGGGTTCTATGACATTGgtaatggatg ... ttttgtttagGTATTGGTGCCGGTTTGGAATCTATGACAACTAATCCAATGGGATGGGATG
atgc | intron | ATGC | exonic elements by Pertea et al. |
ATGC | exon | atgc | putative intronic elements |
ATGC | putative exonic elements identified for retained introns |
10 20 30 40 50 60 70 80 90 100 110 120 130 140 150 160 170 180 190 200 210 220 ---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------| AAACTGTGCCTGTTAGGACTGTTAATAGGCAATGTTCATCTGGGCTCCAGGCTGTTGCTGATGTAGCTGCTGCTATAAGGGCTGGGTTCTATGACATTGgtaatggatgcctcaaattgcttttttcttcttgtgattgctatgacttttagtatcttatgttacctttaattattttgtttag
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - GCTGTT
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - GCTGAT
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - AGCTGC
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - GCTGCT
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - TGCTGC
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - GCTGCT