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Data associated with selected splice site

Sequence

 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

...gatcactatgcctatgtaatgctgaaagtattgccataaattcttttttttttttatcaacacctagtgttttcatgttgtcctacatttcttcacacagGTCAATTCAAGCCCTTATAAAGATGGATGGATAATTAAAGTTGAAATAAATGACAGTGGTGAACTAAACAACTTGATGGATTCAGAACAATACTCCAAGT

Basic information

species Glycine max
transcript GLYMA20G02400.1
intron # 2
splice site 3'
intron type U2

Mapped EST sequences

Showing partial alignments of ESTs and genomic sequences. See full alignments


 ATGC     EST sequence
 ATGC     genomic sequence (exon)
 ATGC     genomic sequence (truncated intron)


EST: gi|21995225|gb|BQ786753.1|BQ786753
EST:     AATGAAGCGCTTAACAGCTCTCCTGCTTTG                         GTCAATTCAAGCCCTTATAAAGATGGATGGATAATTAAAGTTGAAATAAAT
genomic: AATGAAGCGCTTAACAGCTCTCCTGCTTTGgtgagtttta ... cttcacacagGTCAATTCAAGCCCTTATAAAGATGGATGGATAATTAAAGTTGAAATAAAT
EST: gi|151400106|gb|EV269920.1|EV269920
EST:     CAGGAAAAGTTGTTGAAGTCAATGAAGCGCTTAACAGCTCTCCTGCTTTG                         GTCAATTCAAGCCCTTATAAAGATGGATGGATAATTAAAGTTGAAATAAAT
genomic: CAGGAAAAGTTGTTGAAGTCAATGAAGCGCTTAACAGCTCTCCTGCTTTGgtgagtttta ... cttcacacagGTCAATTCAAGCCCTTATAAAGATGGATGGATAATTAAAGTTGAAATAAAT
EST: gi|254339058|gb|GR847775.1|GR847775
EST:     CAGGAAAAGTTGTTGAAGTCAATGAAGCGCTTAACAGCTCTCCTGCTTTG                         GTCAATTCAAGCCCTTATAAAGATGGATGGATAATTAAAGTTGAAATAAAT
genomic: CAGGAAAAGTTGTTGAAGTCAATGAAGCGCTTAACAGCTCTCCTGCTTTGgtgagtttta ... cttcacacagGTCAATTCAAGCCCTTATAAAGATGGATGGATAATTAAAGTTGAAATAAAT
EST: gi|151394803|gb|EV264674.1|EV264674
EST:     CAGGAAAAGTTGTTGAAGTCAATGAAGCGCTTAACAGCTCTCCTGCTTTG                         GTCAATTCAAGCCCTTATAAAGATGGATGGATAATTAAAGTTGAAATAAAT
genomic: CAGGAAAAGTTGTTGAAGTCAATGAAGCGCTTAACAGCTCTCCTGCTTTGgtgagtttta ... cttcacacagGTCAATTCAAGCCCTTATAAAGATGGATGGATAATTAAAGTTGAAATAAAT
EST: gi|298172989|gb|HO019988.1|HO019988
EST:     CAGGAAAAGTTGTTGAAGTCAATGAAGCGCTTAACAGCTCTCCTGCTTTG                         GTCAATTCAAGCCCTTATAAAGATGGATGGATAATTAAAGTTGAAATAAAT
genomic: CAGGAAAAGTTGTTGAAGTCAATGAAGCGCTTAACAGCTCTCCTGCTTTGgtgagtttta ... cttcacacagGTCAATTCAAGCCCTTATAAAGATGGATGGATAATTAAAGTTGAAATAAAT
EST: gi|192326070|gb|FK016927.1|FK016927
EST:     CAGGAAAAGTTGTTGAAGTCAATGAAGCGCTTAACAGCTCTCCTGCTTTG                         GTCAATTCAAGCCCTTATAAAGATGGATGGATAATTAAAGTTGAAATAAAT
genomic: CAGGAAAAGTTGTTGAAGTCAATGAAGCGCTTAACAGCTCTCCTGCTTTGgtgagtttta ... cttcacacagGTCAATTCAAGCCCTTATAAAGATGGATGGATAATTAAAGTTGAAATAAAT
EST: gi|151405564|gb|EV275378.1|EV275378
EST:     CAGGAAAAGTTGTTGAAGTCAATGAAGCGCTTAACAGCTCTCCTGCTTTG                         GTCAATTCAAGCCCTTATAAAGATGGATGGATAATTAAAGTTGAAATAAAT
genomic: CAGGAAAAGTTGTTGAAGTCAATGAAGCGCTTAACAGCTCTCCTGCTTTGgtgagtttta ... cttcacacagGTCAATTCAAGCCCTTATAAAGATGGATGGATAATTAAAGTTGAAATAAAT
EST: gi|298167264|gb|HO010703.1|HO010703
EST:     CAGGAAAAGTTGTTGAAGTCAATGAAGCGCTTAACAGCTCTCCTGCTTTG                         GTCAATTCAAGCCCTTATAAAGGTGGATGGCTAATTAAAGTTGAAATAAAT
genomic: CAGGAAAAGTTGTTGAAGTCAATGAAGCGCTTAACAGCTCTCCTGCTTTGgtgagtttta ... cttcacacagGTCAATTCAAGCCCTTATAAAGATGGATGGATAATTAAAGTTGAAATAAAT
EST: gi|192298097|gb|FG991377.1|FG991377
EST:     CAGGAAAAGTTGTTGAAGTCAATGAAGCGCTTAACAGCTCTCCTGCTTTG                         GTCAATTCAAGCCCTTATAAAGATGGATGGATAATTAAAGTTGAAATAAAT
genomic: CAGGAAAAGTTGTTGAAGTCAATGAAGCGCTTAACAGCTCTCCTGCTTTGgtgagtttta ... cttcacacagGTCAATTCAAGCCCTTATAAAGATGGATGGATAATTAAAGTTGAAATAAAT
EST: gi|192328784|gb|FK022556.1|FK022556
EST:     CAGGAAAGGTTGTTGAAGTCAATGAAGCGCTTAACAGCTCTCCTGCTTTG                         GTCAATTCAAGCCCTTATAAAGATGGATGGATAATTAAAGTTGAAATAAAT
genomic: CAGGAAAAGTTGTTGAAGTCAATGAAGCGCTTAACAGCTCTCCTGCTTTGgtgagtttta ... cttcacacagGTCAATTCAAGCCCTTATAAAGATGGATGGATAATTAAAGTTGAAATAAAT
EST: gi|192322471|gb|FK014952.1|FK014952
EST:     CAGGAAAAGTTGTTGAAGTCAATGAAGCGCTTAACAGCTCTCCTGCTTTG                         GTCAATTCAAGCCCTTATAAAGATGGATGGATAATTAAAGTTGAAATAAAT
genomic: CAGGAAAAGTTGTTGAAGTCAATGAAGCGCTTAACAGCTCTCCTGCTTTGgtgagtttta ... cttcacacagGTCAATTCAAGCCCTTATAAAGATGGATGGATAATTAAAGTTGAAATAAAT
EST: gi|193642555|gb|FK593309.1|FK593309
EST:     AGGAAAAGTTGTTGAAGTCAATGAAGCGCTTAACAGCTCTCCTGCTTTAG                         GTCAATTCAAG
genomic: AGGAAAAGTTGTTGAAGTCAATGAAGCGCTTAACAGCTCTCCTGCTTT-Ggtgagtttta ... cttcacacagGTCAATTCAAG
EST: gi|298199559|gb|HO042922.1|HO042922
EST:     CAGGAAAAGTTGTTGAAGTCAATGAAGCGCTTAACAGCTCTCCTGCTTTG                         GTCAATTCAAGCCCTTATAAAGATGGATGGATAATTAAAGTTGAAATAAAT
genomic: CAGGAAAAGTTGTTGAAGTCAATGAAGCGCTTAACAGCTCTCCTGCTTTGgtgagtttta ... cttcacacagGTCAATTCAAGCCCTTATAAAGATGGATGGATAATTAAAGTTGAAATAAAT
EST: gi|6846145|gb|AW348435.1|AW348435
EST:     CAGGAAAAGTTGTTGAAGTCAATGAAGCGCTTAACAGCTCTCCTGCTTTG                         GTCAATTCAAGCCCTTATAAAGATGGATGGATAATTAAAGTTGAAATAAAT
genomic: CAGGAAAAGTTGTTGAAGTCAATGAAGCGCTTAACAGCTCTCCTGCTTTGgtgagtttta ... cttcacacagGTCAATTCAAGCCCTTATAAAGATGGATGGATAATTAAAGTTGAAATAAAT
EST: gi|192313870|gb|FK010318.1|FK010318
EST:     CAGGAAAAGTTGTTGAAGTCAATGAAGCGCTTAACAGCTCTCCTGCTTTG                         GTCAATTCAAGCCCTTATAAAGATGGATGGATAATTAAAGTTGAAATAAAT
genomic: CAGGAAAAGTTGTTGAAGTCAATGAAGCGCTTAACAGCTCTCCTGCTTTGgtgagtttta ... cttcacacagGTCAATTCAAGCCCTTATAAAGATGGATGGATAATTAAAGTTGAAATAAAT
EST: gi|20813761|gb|BQ298239.1|BQ298239
EST:     CAGGAAAAGTTGTTGAAGTCAATGAAGCGCTTAACAGCTCTCCTGCTTTG                         GTCAATTCAAGCCCTTATAAAGATGGATGGATAATTAAAGTTGAAATAAAT
genomic: CAGGAAAAGTTGTTGAAGTCAATGAAGCGCTTAACAGCTCTCCTGCTTTGgtgagtttta ... cttcacacagGTCAATTCAAGCCCTTATAAAGATGGATGGATAATTAAAGTTGAAATAAAT
EST: gi|58024463|gb|CX711204.1|CX711204
EST:     CAGGAAAAGTTGTTGAAGTCAATGAAGCGCTTAACAGCTCTCCTGCTTTG                         GTCAATTCAAGCCCTTATAAAGATGGATGGATAATTAAAGTTGAAATAAAT
genomic: CAGGAAAAGTTGTTGAAGTCAATGAAGCGCTTAACAGCTCTCCTGCTTTGgtgagtttta ... cttcacacagGTCAATTCAAGCCCTTATAAAGATGGATGGATAATTAAAGTTGAAATAAAT
EST: gi|192331685|gb|FK023474.1|FK023474
EST:     CAGGAAAAGTTGTTGAAGTCAATGAAGCGCTTAACAGCTCTCCTGCTTTG                         GTCAATTCAAGCCCTTATAAAGATGGATGGATAATTAAAGTTGAAATAAAT
genomic: CAGGAAAAGTTGTTGAAGTCAATGAAGCGCTTAACAGCTCTCCTGCTTTGgtgagtttta ... cttcacacagGTCAATTCAAGCCCTTATAAAGATGGATGGATAATTAAAGTTGAAATAAAT
EST: gi|151398786|gb|EV268657.1|EV268657
EST:     CAGGAAAAGTTGTTGAAGTCAATGAAGCGCTTAACAGCTCTCCTGCTTTG                         GTCAATTCAAGCCCTTATAAAGATGGATGGATAATTAAAGTTGAAATAAAT
genomic: CAGGAAAAGTTGTTGAAGTCAATGAAGCGCTTAACAGCTCTCCTGCTTTGgtgagtttta ... cttcacacagGTCAATTCAAGCCCTTATAAAGATGGATGGATAATTAAAGTTGAAATAAAT
EST: gi|192324559|gb|FK018715.1|FK018715
EST:     CAGGAAAAGTTGTTGAAGTCAATGAAGCGCTTAACAGCTCTCCTGCTTTG                         GTCAATTCAAGCCCTTATAAAGATGGATGGATAATTAAAGTTGAAATAAAT
genomic: CAGGAAAAGTTGTTGAAGTCAATGAAGCGCTTAACAGCTCTCCTGCTTTGgtgagtttta ... cttcacacagGTCAATTCAAGCCCTTATAAAGATGGATGGATAATTAAAGTTGAAATAAAT
EST: gi|6071459|gb|AW100846.1|AW100846
EST:     CAGGAAAAGTTGTTGAAGTCAATGAAGCGCTTAACAGCTCTCCTGCTTTG                         GTCAATTCAAGCCCTTATAAAGATGGATGGATAATTAAAGTTGAAATAAAT
genomic: CAGGAAAAGTTGTTGAAGTCAATGAAGCGCTTAACAGCTCTCCTGCTTTGgtgagtttta ... cttcacacagGTCAATTCAAGCCCTTATAAAGATGGATGGATAATTAAAGTTGAAATAAAT
EST: gi|15814016|gb|BI786291.1|BI786291
EST:     CAGGAAAAGTTGTTGAAGTCAATGAAGCGCTTAACAGCTCTCCTGCTTTG                         GTCAATTCAAGCCCTTATAAAGATGGATGGATAATTAAAGTTGAAATAAAT
genomic: CAGGAAAAGTTGTTGAAGTCAATGAAGCGCTTAACAGCTCTCCTGCTTTGgtgagtttta ... cttcacacagGTCAATTCAAGCCCTTATAAAGATGGATGGATAATTAAAGTTGAAATAAAT
EST: gi|4291429|gb|AI437618.1|AI437618
EST:     CAGGAAAAGTTGTTGAAGTCAATGAAGCGCTTAACAGCTCTCCTGCTTTG                         GTCAATTCAAGCCCTTATAAAGATGGATGGATAATTAAAGTTGAAATAAAT
genomic: CAGGAAAAGTTGTTGAAGTCAATGAAGCGCTTAACAGCTCTCCTGCTTTGgtgagtttta ... cttcacacagGTCAATTCAAGCCCTTATAAAGATGGATGGATAATTAAAGTTGAAATAAAT
EST: gi|192300233|gb|FG989355.1|FG989355
EST:     CAGGAAAAGTTGTTGAAGTCAATGAAGCGCTTAACAGCTCTCCTGCTTTG                         GTCAATTCAAGCCCTTATAAAGATGGATGGATAATTAAAGTTGAAATAAAT
genomic: CAGGAAAAGTTGTTGAAGTCAATGAAGCGCTTAACAGCTCTCCTGCTTTGgtgagtttta ... cttcacacagGTCAATTCAAGCCCTTATAAAGATGGATGGATAATTAAAGTTGAAATAAAT
EST: gi|7042399|gb|AW472293.1|AW472293
EST:     CAGGAAAAGTTGTTGAAGTCAATGAAGCGCTTAACAGCTCTCCTGCTTTG                         GTCAATTCAAGCCCTTATAAAGATGGATGGATAATTAAAGTTGAAATAGAT
genomic: CAGGAAAAGTTGTTGAAGTCAATGAAGCGCTTAACAGCTCTCCTGCTTTGgtgagtttta ... cttcacacagGTCAATTCAAGCCCTTATAAAGATGGATGGATAATTAAAGTTGAAATAAAT
EST: gi|19269010|gb|BM885266.1|BM885266
EST:     CAGGAAAAGTTGTTGAAGTCAATGAAGCGCTTAACAGCTCTCCTGCTTTG                         GTCAATTCAAGCCCTTATAAAGATGGATGGATAATTAAAGTTGAAATAAAT
genomic: CAGGAAAAGTTGTTGAAGTCAATGAAGCGCTTAACAGCTCTCCTGCTTTGgtgagtttta ... cttcacacagGTCAATTCAAGCCCTTATAAAGATGGATGGATAATTAAAGTTGAAATAAAT
EST: gi|9819482|gb|BE554995.1|BE554995
EST:     CAGGAAAAGTTGTTGAAGTCAATGAAGCGCTTAACAGCTCTCCTGCTTTG                         GTCAATTCAAGCCCTTATAAAGATGGATGGATAATTAAAGTTGAAATAAAT
genomic: CAGGAAAAGTTGTTGAAGTCAATGAAGCGCTTAACAGCTCTCCTGCTTTGgtgagtttta ... cttcacacagGTCAATTCAAGCCCTTATAAAGATGGATGGATAATTAAAGTTGAAATAAAT
EST: gi|192331684|gb|FK023473.1|FK023473
EST:     CAGGAAAAGTTGTTGAAGTCAATGAAGCGCTTAACAGCTCTCCTGCTTTG                         GTCAATTCAAGCCCTTATAAAGATGGATGGATAATTAAAGTTGAAATAAAT
genomic: CAGGAAAAGTTGTTGAAGTCAATGAAGCGCTTAACAGCTCTCCTGCTTTGgtgagtttta ... cttcacacagGTCAATTCAAGCCCTTATAAAGATGGATGGATAATTAAAGTTGAAATAAAT
EST: gi|58023632|gb|CX710373.1|CX710373
EST:     CAGGAAAAGTTGTTGAAGTCAATGAAGCGCTTAACAGCTCTCCTGCTTTG                         GTCAATTCAAGCCCTTATAAAGATGGATGGATAATTAAAGTTGAAATAAAT
genomic: CAGGAAAAGTTGTTGAAGTCAATGAAGCGCTTAACAGCTCTCCTGCTTTGgtgagtttta ... cttcacacagGTCAATTCAAGCCCTTATAAAGATGGATGGATAATTAAAGTTGAAATAAAT
EST: gi|192330275|gb|FK019855.1|FK019855
EST:     CAGGAAAAGTTGTTGAAGTCAATGAAGCGCTTAACAGCTCTCCTGCTTTG                         GTCAATTCAAGCCCTTATAAAGATGGATGGATAATTAAAGTTGAAATAAAT
genomic: CAGGAAAAGTTGTTGAAGTCAATGAAGCGCTTAACAGCTCTCCTGCTTTGgtgagtttta ... cttcacacagGTCAATTCAAGCCCTTATAAAGATGGATGGATAATTAAAGTTGAAATAAAT
EST: gi|192313871|gb|FK010319.1|FK010319
EST:     CAGGAAAAGTTGTTGAAGTCAATGAAGCGCTTAACAGCTCTCCTGCTTTG                         GTCAATTCAAGCCCTTATAAAGATGGATGGATAATTAAAGTTGAAATAAAT
genomic: CAGGAAAAGTTGTTGAAGTCAATGAAGCGCTTAACAGCTCTCCTGCTTTGgtgagtttta ... cttcacacagGTCAATTCAAGCCCTTATAAAGATGGATGGATAATTAAAGTTGAAATAAAT
EST: gi|192325129|gb|FK019075.1|FK019075
EST:     CAGGAAAAGTTGTTGAAGTCAATGAAGCGCTTAACAGCTCTCCTGCTTTG                         GTCAATTCAAGCCCTTATAAAGATGGATGGATAATTAAAGTTGAAATAAAT
genomic: CAGGAAAAGTTGTTGAAGTCAATGAAGCGCTTAACAGCTCTCCTGCTTTGgtgagtttta ... cttcacacagGTCAATTCAAGCCCTTATAAAGATGGATGGATAATTAAAGTTGAAATAAAT
EST: gi|192328783|gb|FK022555.1|FK022555
EST:     CAGGAAAGGTTGTTGAAGTCAATGAAGCGCTTAACAGCTCTCCTGCTTTG                         GTCAATTCAAGCCCTTATAAAGATGGATGGATAATTAAAGTTGAAATAAAT
genomic: CAGGAAAAGTTGTTGAAGTCAATGAAGCGCTTAACAGCTCTCCTGCTTTGgtgagtttta ... cttcacacagGTCAATTCAAGCCCTTATAAAGATGGATGGATAATTAAAGTTGAAATAAAT
EST: gi|151397019|gb|EV266892.1|EV266892
EST:     CAGGAAAAGTTGTTGAAGTCAATGAAGCGCTTAACAGCTCTCCTGCTTTG                         GTCAATTCAAGCCCTTATAAAGATGGATGGATAATTAAAGTTGAAATAAAT
genomic: CAGGAAAAGTTGTTGAAGTCAATGAAGCGCTTAACAGCTCTCCTGCTTTGgtgagtttta ... cttcacacagGTCAATTCAAGCCCTTATAAAGATGGATGGATAATTAAAGTTGAAATAAAT
EST: gi|151413198|gb|EV283006.1|EV283006
EST:     CAGGAAAAGTTGTTGAAGTCAATGAAGCGCTTAACAGCTCTCCTGCTTTG                         GTCAATTCAAGCCCTTATAAAGATGGATGGATAATTAAAGTTGAAATAAAT
genomic: CAGGAAAAGTTGTTGAAGTCAATGAAGCGCTTAACAGCTCTCCTGCTTTGgtgagtttta ... cttcacacagGTCAATTCAAGCCCTTATAAAGATGGATGGATAATTAAAGTTGAAATAAAT


 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

Intronic sequence truncated to 55 bases.

ttttttttttatcaacacctagtgttttcatgttgtcctacatttcttcacacagGTCAATTCAAGCCCTTATAAAGATGGATGGATAATTAAAGTTGAAATAAATGACAGTGGTGAACTAAACAACTTGATGGATTCAGAACAATACTCCAAGT
                                   tcctacatttcttc  CT-rich tract
     tttttatcaa  TA-rich tract
















Putative cis-regulatory sequences

 atgc intron ATGC exonic elements by Pertea et al.
 ATGC exon atgc putative intronic elements
 ATGC putative exonic elements identified for retained introns
        10        20        30        40        50        60        70        80        90        100       110       120       130       140       150       160       170       180       190       200       210       220 
---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------| 
gatcactatgcctatgtaatgctgaaagtattgccataaattcttttttttttttatcaacacctagtgttttcatgttgtcctacatttcttcacacagGTCAATTCAAGCCCTTATAAAGATGGATGGATAATTAAAGTTGAAATAAATGACAGTGGTGAACTAAACAACTTGATGGATTCAGAACAATACTCCAAGT

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- - -ctatgcc
- - - - - - - - - -tgctgaa
- - - - - - - - - - - - - - tattgcc
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -tgttgtc
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - ctacatt