1 5' 3' | 2 5' 3' | 3 5' 3' |
...tttttttttttttgtagttacatttaattccatgacatcataccattactgctccaatttctctcctgtccgttctgactgtgtaatttgactgatgcagGAGATCAGTACCTTAGACCTTATGTAATATCAAAACCAGAAGTGACAGTGACCCAGCGAAGCAGCAAGGATGAATTTCTCATACTAGCAAGTGATGGATT
species | Glycine max |
transcript | GLYMA19G11770.4 |
intron # | 3 |
splice site | 3' |
intron type | U2 |
EST: CTCTGGCTTATTTAGAGTATAGCAGAGCAACATTGACNNNNNNNGAATGA GAGATCAGTACCTTAGACCTTATGTAATATCAAAACCAGAAGTGACAGTGA
genomic: CTCTGGCTTA-TTAGAGTATAGCAGAGCAACATTGACAAAAAAAGAATGAgtactattat ... actgatgcagGAGATCAGTACCTTAGACCTTATGTAATATCAAAACCAGAAGTGACAGTGA
ttactgctccaatttctctcctgtccgttctgactgtgtaatttgactgatgcagGAGATCAGTACCTTAGACCTTATGTAATATCAAAACCAGAAGTGACAGTGACCCAGCGAAGCAGCAAGGATGAATTTCTCATACTAGCAAGTGATGGATT
tgtaattt TA-rich tract
atgc | intron | ATGC | exonic elements by Pertea et al. |
ATGC | exon | atgc | putative intronic elements |
ATGC | putative exonic elements identified for retained introns |
10 20 30 40 50 60 70 80 90 100 110 120 130 140 150 160 170 180 190 200 210 220 ---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------| tttttttttttttgtagttacatttaattccatgacatcataccattactgctccaatttctctcctgtccgttctgactgtgtaatttgactgatgcagGAGATCAGTACCTTAGACCTTATGTAATATCAAAACCAGAAGTGACAGTGACCCAGCGAAGCAGCAAGGATGAATTTCTCATACTAGCAAGTGATGGATT
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - AGCAAG
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - AGGATG
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - AGCAAG
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - GATGGA
- - - - - - - - - - - - - - - catgaca
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - catacca
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -tgctcca
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - gactgtg