1 5' 3' | 2 5' 3' | 3 5' 3' | 4 5' 3' | 5 5' 3' |
ttctatttcggaatctcagcctcaactttgattggttaaagataaagattaaaagtttgttaatgaactgtgtttgatgattcagaTGTAGAGAGTGAATGTGATCTGTCCAGGGATGATTTGATAAAGCTTGTTGCTGAGAAGGAACAACTTTTGAAGTTGAAGCACAAGGAGATTGAGAAAATG
species | Glycine max |
transcript | GLYMA18G10120.1 |
intron # | 2 |
splice site | 3' |
intron type | U2 |
EST: TCTGATCAGTCTGAACAAGCTGAAGCTGCGGATCAAACCAAAGAATCAGA TGTAGAGAGTGAATGTGATCTGTCCAGGGATGATTTGATAAAGCTTGTTGCEST: gi|17964026|gb|BM270767.1|BM270767
genomic: TCTGATCAGTCTGAACAAGCTGAAGCTGCGGATCAAACCAAAGAATCAGGttctatttcg ... atgattcagaTGTAGAGAGTGAATGTGATCTGTCCAGGGATGATTTGATAAAGCTTGTTGC
EST: TCTGATCAGTCTGAACAAGCTGAAGCTGCGGATCAAACCAAAGAATCAGA TGTAGAGAGTGAATGTGATCTGTCCAGGGATGATTTGATAAAGCTTGTTGCEST: gi|15662071|gb|BI699442.1|BI699442
genomic: TCTGATCAGTCTGAACAAGCTGAAGCTGCGGATCAAACCAAAGAATCAGGttctatttcg ... atgattcagaTGTAGAGAGTGAATGTGATCTGTCCAGGGATGATTTGATAAAGCTTGTTGC
EST: TCTGATCAGTCTGAACAAGCTGAAGCTGCGGATCAAACCAAAGAATCAGA TGTAGAGAGTGAATGTGATCTGTCCAGGGATGATTTGATAAAGCTTGTTGCEST: gi|7686143|gb|AW756791.1|AW756791
genomic: TCTGATCAGTCTGAACAAGCTGAAGCTGCGGATCAAACCAAAGAATCAGGttctatttcg ... atgattcagaTGTAGAGAGTGAATGTGATCTGTCCAGGGATGATTTGATAAAGCTTGTTGC
EST: TCTGATCAGTCTGAACAAGCTGAAGCTGCGGATCAAACCAAAGAATCAGA TGTAGAGAGTGAATGTGATCTGTCCAGGGATGATTTGATAAAGCTTGTTGCEST: gi|151398178|gb|EV268056.1|EV268056
genomic: TCTGATCAGTCTGAACAAGCTGAAGCTGCGGATCAAACCAAAGAATCAGGttctatttcg ... atgattcagaTGTAGAGAGTGAATGTGATCTGTCCAGGGATGATTTGATAAAGCTTGTTGC
EST: TCTGATCAGTCTGAACAAGCTGAAGCTGCGGATCAAACCAAAGAATCAGA TGTAGAGAGTGAATGTGATCTGTCCAGGGATGATTTGATAAAGCTTGTTGCEST: gi|18725729|gb|BM523638.1|BM523638
genomic: TCTGATCAGTCTGAACAAGCTGAAGCTGCGGATCAAACCAAAGAATCAGGttctatttcg ... atgattcagaTGTAGAGAGTGAATGTGATCTGTCCAGGGATGATTTGATAAAGCTTGTTGC
EST: CAAAGAATCAGA TGTAGAGAGTGAATGTGATCTGTCCAGGGATGATTTGATAAAGCTTGTTGC
genomic: CAAAGAATCAGGttctatttcg ... atgattcagaTGTAGAGAGTGAATGTGATCTGTCCAGGGATGATTTGATAAAGCTTGTTGC
ttggttaaagataaagattaaaagtttgttaatgaactgtgtttgatgattcagaTGTAGAGAGTGAATGTGATCTGTCCAGGGATGATTTGATAAAGCTTGTTGCTGAGAAGGAACAACTTTTGAAGTTGAAGCACAAGGAGATTGAGAAAATG
taaagataaagattaa TA-rich tract
atgc | intron | ATGC | exonic elements by Pertea et al. |
ATGC | exon | atgc | putative intronic elements |
ATGC | putative exonic elements identified for retained introns |
10 20 30 40 50 60 70 80 90 100 110 120 130 140 150 160 170 180 190 200 210 220 ---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------| ttctatttcggaatctcagcctcaactttgattggttaaagataaagattaaaagtttgttaatgaactgtgtttgatgattcagaTGTAGAGAGTGAATGTGATCTGTCCAGGGATGATTTGATAAAGCTTGTTGCTGAGAAGGAACAACTTTTGAAGTTGAAGCACAAGGAGATTGAGAAAATG
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - AAGGAA
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - TTGAAG
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - TTGAAG
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - TGAAGC
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - AAGGAG
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - AGGAGA
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - GGAGAT