1 5' 3' | 2 5' 3' | 3 5' 3' | 4 5' 3' | 5 5' 3' |
gtaagtgctgtgtatatttatggttccttgctgggatttttgaggtgagaatgcaaaaattacaaattgataatttgattttcaaaaaatagGAAATGGTTGAATTCCTGGTGGATGTTTGGGAGCGTGAAGGGATGTATGGTTGAAACTTGATAGGTTAAAATGCTGAGTGCCTTCAAGTTTGTTTATACT
species | Glycine max |
transcript | GLYMA17G12280.1 |
intron # | 5 |
splice site | 3' |
intron type | U2 |
EST: AAAGTTTGCTTGGAACTAGACAACCTTTCCCCAAGCCCATACCTTTATCT GAAATGGTTGAATTCCTGGTGGATGTTTGGGAGCGTGAAGGGATGTATGGTEST: gi|214005955|gb|DB986558.1|DB986558
genomic: AAAGTTTGCTTGGAACTAGACAACCTTTCCCCAAGCCCATACCTTTATCTgtaagtgctg ... caaaaaatagGAAATGGTTGAATTCCTGGTGGATGTTTGGGAGCGTGAAGGGATGTATGGT
EST: AAAGTTTGCTTGGAACTAGACAACCTTTCCCCAAGCCCATACCTTTATCT GAAATGGTTGAATTCCTGGTGGATGTTTGGGAGCGTGAAGGGATGTATGGTEST: gi|57574170|gb|CX547145.1|CX547145
genomic: AAAGTTTGCTTGGAACTAGACAACCTTTCCCCAAGCCCATACCTTTATCTgtaagtgctg ... caaaaaatagGAAATGGTTGAATTCCTGGTGGATGTTTGGGAGCGTGAAGGGATGTATGGT
EST: AAAGTTTGCTTGGAACTAGACAACCTTTCCCCAAGCCCATACCTTTATTT GAAATGGTTGAATTCCTGGTGGATGTTTGGGAGCGTGAAGGGATGTATGGT
genomic: AAAGTTTGCTTGGAACTAGACAACCTTTCCCCAAGCCCATACCTTTATCTgtaagtgctg ... caaaaaatagGAAATGGTTGAATTCCTGGTGGATGTTTGGGAGCGTGAAGGGATGTATGGT
ttttgaggtgagaatgcaaaaattacaaattgataatttgattttcaaaaaatagGAAATGGTTGAATTCCTGGTGGATGTTTGGGAGCGTGAAGGGATGTATGGTTGAAACTTGATAGGTTAAAATGCTGAGTGCCTTCAAGTTTGTTTATACT
ttttc CT-rich tract
aaaaattacaaattga TA-rich tract
atgc | intron | ATGC | exonic elements by Pertea et al. |
ATGC | exon | atgc | putative intronic elements |
ATGC | putative exonic elements identified for retained introns |
10 20 30 40 50 60 70 80 90 100 110 120 130 140 150 160 170 180 190 200 210 220 ---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------| gtaagtgctgtgtatatttatggttccttgctgggatttttgaggtgagaatgcaaaaattacaaattgataatttgattttcaaaaaatagGAAATGGTTGAATTCCTGGTGGATGTTTGGGAGCGTGAAGGGATGTATGGTTGAAACTTGATAGGTTAAAATGCTGAGTGCCTTCAAGTTTGTTTATACT
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - ATGCTG