1 5' 3' | 2 5' 3' | 3 5' 3' | 4 5' 3' | 5 5' 3' | 6 5' 3' | 7 5' 3' |
...gacctgacttgaggagcacctatgattgattgatttgaatattgaattacaagagataaaactgaatggagaataacagtgtctttaaattgatggacagGTATATTACAAGAGATGAATTGGAGATTGCTATGACTCAAAATGGAATGGGTGATGAAGCAACAATAAAGGAAATAATCTCTGAGGTGGATGCAGATAAT
species | Glycine max |
transcript | GLYMA17G01730.1 |
intron # | 6 |
splice site | 3' |
intron type | U2 |
EST: ATGAACATCTTTACAAAGCATTCCAGTATTTTTGATAAGGATAACAGTGG GTATATTACAAGAGATGAATTGGAGATTGCTATGACTCAAAATGGAATGGGEST: gi|51338304|gb|CO982170.1|CO982170
genomic: ATGAACATCTTTACAAAGCATTCCAGTATTTT-GATAAGGATAACAGTGGgtgagtttta ... tgatggacagGTATATTACAAGAGATGAATTGGAGATTGCTATGACTCAAAATGGAATGGG
EST: GATGAACATCTTTACAAAGCATTCCAGTATTTTGATAAGGATAACAGTGG GTATATTACAAGAGATGAATTGGAGATTGCTATGACTCAAAATGGAATGGGEST: gi|192302488|gb|FG994810.1|FG994810
genomic: GATGAACATCTTTACAAAGCATTCCAGTATTTTGATAAGGATAACAGTGGgtgagtttta ... tgatggacagGTATATTACAAGAGATGAATTGGAGATTGCTATGACTCAAAATGGAATGGG
EST: GATGAACATCTTTACAAAGCATTCCAGTATTTTGATAAGGATAACAGTGG GTATATTACAAGAGATGAATTGGAGATTGCTATGACTCAAAATGGAATGGGEST: gi|209725895|gb|BW654732.1|BW654732
genomic: GATGAACATCTTTACAAAGCATTCCAGTATTTTGATAAGGATAACAGTGGgtgagtttta ... tgatggacagGTATATTACAAGAGATGAATTGGAGATTGCTATGACTCAAAATGGAATGGG
EST: TTGATAAGGATAACAGTGG GTATATTACAAGAGATGAATTGGAGATTGTTATGACTCAAAATGGAATGGGEST: gi|7685078|gb|AW755726.1|AW755726
genomic: TTGATAAGGATAACAGTGGgtgagtttta ... tgatggacagGTATATTACAAGAGATGAATTGGAGATTGCTATGACTCAAAATGGAATGGG
EST: GATGAACATCTTTACAAAGCATTCCAGTATTTTGATAAGGATAACAGTGG GTATATTACAAGAGATGAATTGGAGATTGCTATGACTCAAAATGGAATGGGEST: gi|9565244|gb|BE474753.1|BE474753
genomic: GATGAACATCTTTACAAAGCATTCCAGTATTTTGATAAGGATAACAGTGGgtgagtttta ... tgatggacagGTATATTACAAGAGATGAATTGGAGATTGCTATGACTCAAAATGGAATGGG
EST: GATGAACATCTTTACAAAGCATTCCAGTATTTTGATAAGGATAACAGTGG GTATATTACAAGAGATGAATTGGAGATTGCTATGACTCAAAATGGAATGGGEST: gi|298191902|gb|HO035984.1|HO035984
genomic: GATGAACATCTTTACAAAGCATTCCAGTATTTTGATAAGGATAACAGTGGgtgagtttta ... tgatggacagGTATATTACAAGAGATGAATTGGAGATTGCTATGACTCAAAATGGAATGGG
EST: GATGAACATCTTTACAAAGCATTCCAGTATTTTGATAAGGATAACAGTGG GTATATTACAAGAGATGAATTGGAGATTGCTATGACTCAAAATGGAATGGGEST: gi|58024939|gb|CX711680.1|CX711680
genomic: GATGAACATCTTTACAAAGCATTCCAGTATTTTGATAAGGATAACAGTGGgtgagtttta ... tgatggacagGTATATTACAAGAGATGAATTGGAGATTGCTATGACTCAAAATGGAATGGG
EST: GATGAACATCTTTACAAAGCATTCCAGTATTTTGATAAGGATAACAGTGG GTATATTACAAGAGATGAATTGGAGATTGCTATGACTCAAAATGGAATGGGEST: gi|192302489|gb|FG994811.1|FG994811
genomic: GATGAACATCTTTACAAAGCATTCCAGTATTTTGATAAGGATAACAGTGGgtgagtttta ... tgatggacagGTATATTACAAGAGATGAATTGGAGATTGCTATGACTCAAAATGGAATGGG
EST: GATGAACATCTTTACAAAGCATTCCAGTATTTTGATAAGGATAACAGTGG GTATATTACAAGAGATGAATTGGAGATTGCTATGACTCAAAATGGAATGGGEST: gi|193578771|gb|FK535317.1|FK535317
genomic: GATGAACATCTTTACAAAGCATTCCAGTATTTTGATAAGGATAACAGTGGgtgagtttta ... tgatggacagGTATATTACAAGAGATGAATTGGAGATTGCTATGACTCAAAATGGAATGGG
EST: GGATAACAGTGG GTATATTACAAGAGATGAATTGGAGATTGCTATGACTCAAAATGGAATGGG
genomic: GGATAACAGTGGgtgagtttta ... tgatggacagGTATATTACAAGAGATGAATTGGAGATTGCTATGACTCAAAATGGAATGGG
attacaagagataaaactgaatggagaataacagtgtctttaaattgatggacagGTATATTACAAGAGATGAATTGGAGATTGCTATGACTCAAAATGGAATGGGTGATGAAGCAACAATAAAGGAAATAATCTCTGAGGTGGATGCAGATAAT
tttaaattgat TA-rich tract
atgc | intron | ATGC | exonic elements by Pertea et al. |
ATGC | exon | atgc | putative intronic elements |
ATGC | putative exonic elements identified for retained introns |
10 20 30 40 50 60 70 80 90 100 110 120 130 140 150 160 170 180 190 200 210 220 ---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------| gacctgacttgaggagcacctatgattgattgatttgaatattgaattacaagagataaaactgaatggagaataacagtgtctttaaattgatggacagGTATATTACAAGAGATGAATTGGAGATTGCTATGACTCAAAATGGAATGGGTGATGAAGCAACAATAAAGGAAATAATCTCTGAGGTGGATGCAGATAAT
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - TGAAGC
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - AAGCAA
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - AAGGAA
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - GGTGGA
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - GCAGAT
- cctgact
- - - - - - - - - cctatga
- - - - - - - - - - - - - - - tgatttg
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - gataaaac
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - tgaatgg
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - gaataac