1 5' 3' | 2 5' 3' | 3 5' 3' | 4 5' 3' | 5 5' 3' | 6 5' 3' | 7 5' 3' | 8 5' 3' | 9 5' 3' |
...gatgtttcctgctaattgcaggattttaggtagacatatggaagtttttctttaaattttttggtacttctttgattgaatgtggcatttaaatttgcagGACTAAAGCAGAGCCTCCAATCTACTATTTGCCTAACAAGCCCTTGGATGAAGATCCTACATTACTTGAGAAGCGCAAAGAAGAG
species | Glycine max |
transcript | GLYMA08G19640.1 |
intron # | 8 |
splice site | 3' |
intron type | U2 |
EST: CTGTTTCTTCAGTGGAGTGAGCATCGTAAAAGACTAAGCAATTTTATAAG GACTAAAGCAGAGCCTCCAATCTACTAATTTGCCTAACAAGCCCTTGGATGEST: gi|193448419|gb|FK415958.1|FK415958
genomic: CTGTTTCTTCAGTGGAGTGAGCATCGTAAAAGACTAAGCAATTTTATAAGgtttgccctt ... aaatttgcagGACTAAAGCAGAGCCTCCAATCTACTA-TTTGCCTAACAAGCCCTTGGATG
EST: CTGTTTCTTCAGTGGAGTGAGCATCGTAAAAGACTAAGCAATTTTATAAG GACTAAAGCAGAGCCTCCAATCTACTATTTGCCTAACAAGCCCTTGGATGAEST: gi|207806470|gb|GD777435.1|GD777435
genomic: CTGTTTCTTCAGTGGAGTGAGCATCGTAAAAGACTAAGCAATTTTATAAGgtttgccctt ... aaatttgcagGACTAAAGCAGAGCCTCCAATCTACTATTTGCCTAACAAGCCCTTGGATGA
EST: CTGTTTCTTCAGTGGAGTGAGCATCGTAAAAGACTAAGCAATTTTATAAG GACTAAAGCAGAGCCTCCAATCTACTATTTGCCTAACAAGCCCTTGGATGAEST: gi|208061566|gb|GD860148.1|GD860148
genomic: CTGTTTCTTCAGTGGAGTGAGCATCGTAAAAGACTAAGCAATTTTATAAGgtttgccctt ... aaatttgcagGACTAAAGCAGAGCCTCCAATCTACTATTTGCCTAACAAGCCCTTGGATGA
EST: CTGTTTCTTCAGTGGAGTGAGCATCGTAAAAGACTAAGCAATTTTATAAG GACTAAAGCAGAGCCTCCAATCTACTATTTGCCTAACAAGCCCTTGGATGAEST: gi|193672521|gb|FK618541.1|FK618541
genomic: CTGTTTCTTCAGTGGAGTGAGCATCGTAAAAGACTAAGCAATTTTATAAGgtttgccctt ... aaatttgcagGACTAAAGCAGAGCCTCCAATCTACTATTTGCCTAACAAGCCCTTGGATGA
EST: CTGTTTCTTCAGTGGAGTGAGCATCGTAAAAGACTAAGCAATTTTATAAG GACTAAAGCAGAGCCTCCAATCTACTATTTGCCTAACAAGCCCTTGGATGAEST: gi|207779627|gb|GD752501.1|GD752501
genomic: CTGTTTCTTCAGTGGAGTGAGCATCGTAAAAGACTAAGCAATTTTATAAGgtttgccctt ... aaatttgcagGACTAAAGCAGAGCCTCCAATCTACTATTTGCCTAACAAGCCCTTGGATGA
EST: CTGTTTCTTCAGTGGAGTGAGCATCGTAAAAGACTAAGCAATTTTATAAG GACTAAAGCAGAGCCTCCAATCTACTATTTGCCTAACAAGCCCTTGGATGAEST: gi|208239294|gb|GE041782.1|GE041782
genomic: CTGTTTCTTCAGTGGAGTGAGCATCGTAAAAGACTAAGCAATTTTATAAGgtttgccctt ... aaatttgcagGACTAAAGCAGAGCCTCCAATCTACTATTTGCCTAACAAGCCCTTGGATGA
EST: TGGAGTGAGCATCGTAAAAGACTAAGCAATTTTATAAG GACTAAAGCAGAGCCTCCAATCTACTATTTGCCTAACAAGCCCTTGGATGAEST: gi|208056996|gb|GD851245.1|GD851245
genomic: TGGAGTGAGCATCGTAAAAGACTAAGCAATTTTATAAGgtttgccctt ... aaatttgcagGACTAAAGCAGAGCCTCCAATCTACTATTTGCCTAACAAGCCCTTGGATGA
EST: CTGTTTCTTCAGTGGAGTGAGCATCGTAAAAGACTAAGCAATTTTATAAG GACTAAAGCAGAGCCTCCAATCTACTATTTGCCTAACAAGCCCTTGGATGAEST: gi|193427122|gb|FK392224.1|FK392224
genomic: CTGTTTCTTCAGTGGAGTGAGCATCGTAAAAGACTAAGCAATTTTATAAGgtttgccctt ... aaatttgcagGACTAAAGCAGAGCCTCCAATCTACTATTTGCCTAACAAGCCCTTGGATGA
EST: CTGTTTCTTCAGTGGAGTGAGCATCGTAAAAGACTAAGCAATTTTATAAG GACTAAAGCAGAGCCTCCAATCTACTATTTGCCTAACAAGCCCTTGGA
genomic: CTGTTTCTTCAGTGGAGTGAGCATCGTAAAAGACTAAGCAATTTTATAAGgtttgccctt ... aaatttgcagGACTAAAGCAGAGCCTCCAATCTACTATTTGCCTAACAAGCCCTTGGA
ttttctttaaattttttggtacttctttgattgaatgtggcatttaaatttgcagGACTAAAGCAGAGCCTCCAATCTACTATTTGCCTAACAAGCCCTTGGATGAAGATCCTACATTACTTGAGAAGCGCAAAGAAGAG
ctttgat putative branch site (score: 5)
tttaaattttttggta TA-rich tract
atgc | intron | ATGC | exonic elements by Pertea et al. |
ATGC | exon | atgc | putative intronic elements |
ATGC | putative exonic elements identified for retained introns |
10 20 30 40 50 60 70 80 90 100 110 120 130 140 150 160 170 180 190 200 210 220 ---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------| gatgtttcctgctaattgcaggattttaggtagacatatggaagtttttctttaaattttttggtacttctttgattgaatgtggcatttaaatttgcagGACTAAAGCAGAGCCTCCAATCTACTATTTGCCTAACAAGCCCTTGGATGAAGATCCTACATTACTTGAGAAGCGCAAAGAAGAG
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - TGAAGA
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - AGAAGC
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - GCAAAG
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - AAAGAA
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - AAGAAG
- tgtttcc
- - - - - - - -ttgcagg
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -gaatgtg