1 5' 3' | 2 5' 3' | 3 5' 3' | 4 5' 3' | 5 5' 3' | 6 5' 3' |
...gggaaaatttatcaaatggtttgttactatagttaaacactttattatctctaccttgtgcttaacatcacatatttgaccagttcctaaaattttgcagGCATTCCTTGCAACTATATATCACCCTTGCAAGCACTAACAGCCTTAGTTCCTACGAGCTATGCTGCCGGCTGCCCCAATGTGCAATGTGCGAATGCAGA
species | Glycine max |
transcript | GLYMA08G19280.1 |
intron # | 5 |
splice site | 3' |
intron type | U2 |
EST: TATAGGGCCCAATGCTAATGCTACCAGGGTCATGATTGGAAACTACGAAG GCATTCCTTGCAACTATATATCACCCTTGCAAGCACTAACAGCCTTAGTTCEST: gi|208212093|gb|GE008758.1|GE008758
genomic: TATAGGGCCCAATGCTAATGCTACCAGGGTCATGATTGGAAACTACGAAGgtatcaaatt ... aattttgcagGCATTCCTTGCAACTATATATCACCCTTGCAAGCACTAACAGCCTTAGTTC
EST: TATAGGGCCCAATGCTAATGCTACCAGGGTCATGATTGGAAACTACTAAG GCATTCCTTGCAACTATATAT
genomic: TATAGGGCCCAATGCTAATGCTACCAGGGTCATGATTGGAAACTACGAAGgtatcaaatt ... aattttgcagGCATTCCTTGCAACTATATAT
tatctctaccttgtgcttaacatcacatatttgaccagttcctaaaattttgcagGCATTCCTTGCAACTATATATCACCCTTGCAAGCACTAACAGCCTTAGTTCCTACGAGCTATGCTGCCGGCTGCCCCAATGTGCAATGTGCGAATGCAGA
tcctaaa putative branch site (score: 2)
taaaatttt TA-rich tract
atgc | intron | ATGC | exonic elements by Pertea et al. |
ATGC | exon | atgc | putative intronic elements |
ATGC | putative exonic elements identified for retained introns |
10 20 30 40 50 60 70 80 90 100 110 120 130 140 150 160 170 180 190 200 210 220 ---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------| gggaaaatttatcaaatggtttgttactatagttaaacactttattatctctaccttgtgcttaacatcacatatttgaccagttcctaaaattttgcagGCATTCCTTGCAACTATATATCACCCTTGCAAGCACTAACAGCCTTAGTTCCTACGAGCTATGCTGCCGGCTGCCCCAATGTGCAATGTGCGAATGCAGA
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - ATGCTG
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - TGCTGC
- - - - - - - - tggtttg
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -gtgctta
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - acatcac
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - gttccta