1 5' 3' | 2 5' 3' |
...cttcaattcctacatatgaaaaaaaatactaaatcttgtctttacttaatcgatgtgagacctaattctccaacatgcttttgtttttggcctaaaacagAGTCCCCTGTGTGAAGAAAGGAGGGATCAGGTTCACCATCAATGGTCACTCTTACTTCAACTTGGTTCTCATCACAAATGTTGGTGGAGCAGGAGATGTT
species | Glycine max |
transcript | GLYMA04G40000.1 |
intron # | 2 |
splice site | 3' |
intron type | U2 |
EST: TTGCAAATTGCTCAGTACAAAGCTGGAATTGTTCCTGTTTCCTTCAGAAG AGTCCCCTGTGTGAAGAAAGGAGGGATCAGGTTCACCATCAATGGTCACTCEST: gi|23730759|gb|BU763481.1|BU763481
genomic: TTGCAAATTGCTCAGTACAAAGCTGGAATTGTTCCTGTTTCCTTCAGAAGgtaataataa ... cctaaaacagAGTCCCCTGTGTGAAGAAAGGAGGGATCAGGTTCACCATCAATGGTCACTC
EST: TTGCAAATTGCTCAGTACAAAGCTGGAATTGTTCCTGTTTCCTTCAGAAG AGTCCCCTGTGTGAAGAAAGGAGGGATCAGGTTCACCATCAATGGTCACTCEST: gi|37993988|gb|CF805734.1|CF805734
genomic: TTGCAAATTGCTCAGTACAAAGCTGGAATTGTTCCTGTTTCCTTCAGAAGgtaataataa ... cctaaaacagAGTCCCCTGTGTGAAGAAAGGAGGGATCAGGTTCACCATCAATGGTCACTC
EST: TTGCAAATTGCTCAGTACAAAGCTGGAATTGTTCCTGTTTCCTTCAGAAG AGTCCCCTGTGTGAAGAAAGGAGGGATCAGGTTCACCATCAATGGTCACTCEST: gi|120530414|gb|EH258547.1|EH258547
genomic: TTGCAAATTGCTCAGTACAAAGCTGGAATTGTTCCTGTTTCCTTCAGAAGgtaataataa ... cctaaaacagAGTCCCCTGTGTGAAGAAAGGAGGGATCAGGTTCACCATCAATGGTCACTC
EST: TTGCAAATTGCTCAGTACAAAGCTGGAATTGTTCCTGTTTCCTTCAGAAG AGTCCCCTGTGTGAAGAAAGGAGGGATCAGGTTCACCATCAATGGTCACTCEST: gi|20815125|gb|BQ299603.1|BQ299603
genomic: TTGCAAATTGCTCAGTACAAAGCTGGAATTGTTCCTGTTTCCTTCAGAAGgtaataataa ... cctaaaacagAGTCCCCTGTGTGAAGAAAGGAGGGATCAGGTTCACCATCAATGGTCACTC
EST: TTGCAAATTGCTCAGTACAAAGCTGGAATTGTTCCTGTTTCCTTCAGAAG AGTCCCCTGTGTGAAGA
genomic: TTGCAAATTGCTCAGTACAAAGCTGGAATTGTTCCTGTTTCCTTCAGAAGgtaataataa ... cctaaaacagAGTCCCCTGTGTGAAGA
ttaatcgatgtgagacctaattctccaacatgcttttgtttttggcctaaaacagAGTCCCCTGTGTGAAGAAAGGAGGGATCAGGTTCACCATCAATGGTCACTCTTACTTCAACTTGGTTCTCATCACAAATGTTGGTGGAGCAGGAGATGTT
gcctaaa putative branch site (score: 3)
ttttgttttt TA-rich tract
atgc | intron | ATGC | exonic elements by Pertea et al. |
ATGC | exon | atgc | putative intronic elements |
ATGC | putative exonic elements identified for retained introns |
10 20 30 40 50 60 70 80 90 100 110 120 130 140 150 160 170 180 190 200 210 220 ---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------| cttcaattcctacatatgaaaaaaaatactaaatcttgtctttacttaatcgatgtgagacctaattctccaacatgcttttgtttttggcctaaaacagAGTCCCCTGTGTGAAGAAAGGAGGGATCAGGTTCACCATCAATGGTCACTCTTACTTCAACTTGGTTCTCATCACAAATGTTGGTGGAGCAGGAGATGTT
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - TGGTGG
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - GGTGGA
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - GTGGAG
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - GGAGCA
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - GAGCAG
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - AGGAGA
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - GGAGAT
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - GAGATG
- - - -tcctaca
- - - - - - - - - aaaaaaa
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -ctccaac