1 5' 3' | 2 5' 3' | 3 5' 3' |
...ttttctgataactttggtattgaagcaactttttttggtgctgtgcctgcagattggtgccactttagtctcttacatggttgtttgattgcaattctagGTTTCAGCAGGCATCATGTTCACTAAGGGTGTTTTGTCGTGTTTACAATACCTTGAAGCCATGCCTTGGACTGAAGAAGAAGAAGAAAAACTGAGAAGCC
species | Glycine max |
transcript | GLYMA04G39130.1 |
intron # | 1 |
splice site | 3' |
intron type | U2 |
EST: CCAAGAGGCTTCTTAACATTGGCGTTTTTCGATCCATTGACGTTTTGGAG GTTTCAGCAGGCATCATGTTCACTAAGGGTGTTTTGTCGTGTTTACAATACEST: gi|207716170|gb|GD698848.1|GD698848
genomic: CCAAGAGGCTTCTTAACATTGGCGTTTTTCGATCCATTGACGTTTTGGAGgttcgttggt ... gcaattctagGTTTCAGCAGGCATCATGTTCACTAAGGGTGTTTTGTCGTGTTTACAATAC
EST: CCAAGAGGCTTCTTAACATTGGCGTTTTTCGATCCATTGACGTTTTGGAG GTTTCAGCAGGCATCATGTTCACTAAGGGTGTTTTGTCGTGTTCGCAATACEST: gi|193426129|gb|FK390850.1|FK390850
genomic: CCAAGAGGCTTCTTAACATTGGCGTTTTTCGATCCATTGACGTTTTGGAGgttcgttggt ... gcaattctagGTTTCAGCAGGCATCATGTTCACTAAGGGTGTTTTGTCGTGTTTACAATAC
EST: CCAAGAGGCTTCTTAACATTGGCGTTTTTCGATCCATTGACGTTTTGGAG GTTTCTAGCAGGCA
genomic: CCAAGAGGCTTCTTAACATTGGCGTTTTTCGATCCATTGACGTTTTGGAGgttcgttggt ... gcaattctagGTTTC-AGCAGGCA
cctgcagattggtgccactttagtctcttacatggttgtttgattgcaattctagGTTTCAGCAGGCATCATGTTCACTAAGGGTGTTTTGTCGTGTTTACAATACCTTGAAGCCATGCCTTGGACTGAAGAAGAAGAAGAAAAACTGAGAAGCC
tttgatt TA-rich tract
atgc | intron | ATGC | exonic elements by Pertea et al. |
ATGC | exon | atgc | putative intronic elements |
ATGC | putative exonic elements identified for retained introns |
10 20 30 40 50 60 70 80 90 100 110 120 130 140 150 160 170 180 190 200 210 220 ---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------| ttttctgataactttggtattgaagcaactttttttggtgctgtgcctgcagattggtgccactttagtctcttacatggttgtttgattgcaattctagGTTTCAGCAGGCATCATGTTCACTAAGGGTGTTTTGTCGTGTTTACAATACCTTGAAGCCATGCCTTGGACTGAAGAAGAAGAAGAAAAACTGAGAAGCC
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - TTGAAG
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - TGAAGC
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - CTGAAG
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - TGAAGA
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - AAGAAG
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - AAGAAG
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - AAGAAG
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - AAGAAA
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - AGAAGC
- - - - - - - - - - - - - - - - - -tggtgct
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -tgcctgc
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -tgccact
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - ttgtttg