1 5' 3' | 2 5' 3' | 3 5' 3' | 4 5' 3' |
...cttttcaaaatggtccaaaacataggattatgtacatacctcgcataattttttggtagtatctaattccacaaagaactgatctaagggtcatatgcagATAAGGCGTACATAGAATTTCATGATGAATGCTGGGGAGTTCCTGCTTATGATGACAA
species | Glycine max |
transcript | GLYMA0022S00480.1 |
intron # | 1 |
splice site | 3' |
intron type | U2 |
EST: TACTGAGCCTGGGGAATTGAAAAGATGTAACTGGATCACAAAGAGCTGTG ATAAGGCGTACATAGAATTTCATGATGAATGCTGGGGAGTTCCTGCTTATGEST: gi|8282935|gb|BE020496.1|BE020496
genomic: TACTGAGCCTGGGGAATTGAAAAGATGTAACTGGATCACAAAGAGCTGTGgtatgatcaa ... tcatatgcagATAAGGCGTACATAGAATTTCATGATGAATGCTGGGGAGTTCCTGCTTATG
EST: TACTGAGCCTGTGGAATTGAAAAGATGTAACTGGATCACAAAGAGCTGTG ATAAGGCGTACATAGAATTTCATGATGAATGCTGGGGAGTGCCTGCTTATGEST: gi|151396222|gb|EV266099.1|EV266099
genomic: TACTGAGCCTGGGGAATTGAAAAGATGTAACTGGATCACAAAGAGCTGTGgtatgatcaa ... tcatatgcagATAAGGCGTACATAGAATTTCATGATGAATGCTGGGGAGTTCCTGCTTATG
EST: TACTGAGCCTGGGGAATTGAAAAGATGTAACTGGAACACAAAGAGCTGTG ATAAGGCGTACATAGAATTTCATGATGAATGCTGGGGAGTTCCTGCTTATGEST: gi|13312421|gb|BG406072.1|BG406072
genomic: TACTGAGCCTGGGGAATTGAAAAGATGTAACTGGATCACAAAGAGCTGTGgtatgatcaa ... tcatatgcagATAAGGCGTACATAGAATTTCATGATGAATGCTGGGGAGTTCCTGCTTATG
EST: TACTGAGCCTGGGGAATTGAAAAGATGTAACTGGATCACAAAGAGCTGTG ATAAGGCGTACATAGAATTTCATGATGAATGCTGGGGAGTTCCTGCTTATGEST: gi|192298919|gb|FG987664.1|FG987664
genomic: TACTGAGCCTGGGGAATTGAAAAGATGTAACTGGATCACAAAGAGCTGTGgtatgatcaa ... tcatatgcagATAAGGCGTACATAGAATTTCATGATGAATGCTGGGGAGTTCCTGCTTATG
EST: TACTGAGCCTGGGGAATTGAAAAGATGTAACTGGATCACAAAGAGCTGTG ATAAGGCGTACATAGAATTTCATGATGAATGCTGGGGAGTTCCTGCTTATGEST: gi|10237791|gb|BE806679.1|BE806679
genomic: TACTGAGCCTGGGGAATTGAAAAGATGTAACTGGATCACAAAGAGCTGTGgtatgatcaa ... tcatatgcagATAAGGCGTACATAGAATTTCATGATGAATGCTGGGGAGTTCCTGCTTATG
EST: TACTGAGCCTGNGGAATTGAAAAGATGTAACTGGATCACAAAGAGCTGTG ATAAGGCGTACATAGAATTTCATGATGAATGCNTGGG-AGTTCCTGCTTAT
genomic: TACTGAGCCTGGGGAATTGAAAAGATGTAACTGGATCACAAAGAGCTGTGgtatgatcaa ... tcatatgcagATAAGGCGTACATAGAATTTCATGATGAATGC-TGGGGAGTTCCTGCTTAT
taattttttggtagtatctaattccacaaagaactgatctaagggtcatatgcagATAAGGCGTACATAGAATTTCATGATGAATGCTGGGGAGTTCCTGCTTATGATGACAA
aactgat putative branch site (score: 3)
tatctaatt TA-rich tract
atgc | intron | ATGC | exonic elements by Pertea et al. |
ATGC | exon | atgc | putative intronic elements |
ATGC | putative exonic elements identified for retained introns |
10 20 30 40 50 60 70 80 90 100 110 120 130 140 150 160 170 180 190 200 210 220 ---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------| cttttcaaaatggtccaaaacataggattatgtacatacctcgcataattttttggtagtatctaattccacaaagaactgatctaagggtcatatgcagATAAGGCGTACATAGAATTTCATGATGAATGCTGGGGAGTTCCTGCTTATGATGACAA
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - ATGCTG
- - - - - - - ccaaaac
- - - - - - - - - - - - - - tatgtac
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - cctcgca
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - ccacaaa