Skip to another splice site:
1  
 5'  3'   		2  
 5'  3'   		3  
 5'  3'   		4  
 5'  3'   		5  
 5'  3'   		6  
 5'  3'   		7  
 5'  3'   		8  
 5'  3'   

Data associated with selected splice site

Sequence

 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

GATGTTGGTTTTGTTGTTGATGCTTGGTGGCATGATGGATGGTGGGAAGGCATTGTTGTTCAAAAGGACTCCGAAGCTAATTATCATGTTTATTTCCCAGgtatgcctttctcctctttctatgttaaattagcttggtaactattcttttggtacttagattattactttgatttttatgtttaaattttgattaatccctatggtgtaatgtctttgcag

Basic information

species Glycine max
transcript GLYMA0022S00420.1
intron # 6
splice site 5'
intron type U2

Orthologous splice sites


 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence


upper sequence: GLYMA0022S00420.1 (Glycine max), 5'ss of exon 6
lower sequence: GRMZM2G392624_T01 (Zea mays), 5'ss of exon 7
GATGTTGGTTTTGTTGTTGATGCTTGGTGGCATGATGGATGGTGGGAAGGCATTGTTGTTCAAAAGGACTCCGAAGCTAATTATCATGTTTATTTCCCAGgtatgcctttctcctctttctatgttaaattagcttgg--taactattcttttggtacttagattattactttgat-ttttatgtttaaattttgattaatccctatggtgtaatgtctttgcag
||||||||     ||||||||||||||||||||| ||| |||||||| || ||  |  |     |||    |   |    |   || |||||||| |||||||  ||| | |||| |   ||||   ||||   ||    ||   ||| | |  | | ||||  |||||      | |    |   |   ||||| ||| ||   |  |                
GATGTTGGAGCCATTGTTGATGCTTGGTGGCATGGTGGCTGGTGGGAGGGAATCATGTTGTGCCAGGTGGGCAGCGGGCGTCTACAAGTTTATTTTCCAGgtaatcctat-tcctatgattatgggcaattcttttatactatgcattttgtgagcaattagtgtattaaaacagtgtaccttaccttttttttggttattcatcacag----------------

upper sequence: GLYMA0022S00420.1 (Glycine max), 5'ss of exon 6
lower sequence: Vv01s0011g03370.t01 (Vitis vinifera), 5'ss of exon 5
GATGTTGGTTTTGTTGTTGATGCTTGGTGGCATGATGGATGGTGGGAAGGCATTGTTGTTCAAAAGGACTCCGAAGCTAATTATCATGTTTATTTCCCAGgtatgcctt--tctcctctttctatgttaaattagcttggtaactattcttttggtacttagattattactttgatttttatgtttaaattttgattaatccctatggtgtaatgtctttgcag
|||||||| | |||||| ||||| |||||||||||||| ||||||||||| ||||| ||||| || || || ||||  |     |||||||||||||||||| ||      | |||  ||   || ||||||   | || |||       |   | |   | || |     ||| |   ||| || ||| ||  ||   |   |   |                
GATGTTGGCTCTGTTGTGGATGCATGGTGGCATGATGGTTGGTGGGAAGGAATTGTAGTTCAGAAAGAATCTGAAGACAGGATCCATGTTTATTTCCCAGgtttgaaaagatatccctttcaaatattaaat-gccatgttaa-------tgcagaatggaaatcaacgagttg-tgcatatcttgaaacttctatatttttttgcag----------------

upper sequence: GLYMA0022S00420.1 (Glycine max), 5'ss of exon 6
lower sequence: PP1S33_333V6.1 (Physcomitrella patens), 5'ss of exon 5
GATGTTGGTTTTGTTGTTGATGCTTGGTGGCATGATGGATGGTGGGAAGGCATTGTTGTTCAAAAGGACTCCGAAGCTAATTATCATGTTTATTTCCCAGgtatgccttt--ctcctctttctatgttaaattagcttggtaactattcttttggtacttagattattactttgatttttatgtttaaattttgattaatccctatggtgtaatgtctttgcag
 || | ||    | ||||||||| |||||| ||||||||||||||||||| ||| |  |  | || || |||   |   ||  ||| || |||||||||||||| |  ||   |   ||||||   ||    | |       | ||| | || |  |  | |  ||  |  |    | |     |     |||  ||  |  ||                    
AATATCGGGCAAGCTGTTGATGCATGGTGGAATGATGGATGGTGGGAAGGAATTATCATCAACAAAGAATCCTCTGGGGATATTCAAGTGTATTTCCCAGgtatccaattgattatgctttcttctttggtattgtacatagagtatcccttgg--atctgg--taccatgtcacgtatcccactcgctcttttcttccttgct--------------------