1 5' 3' | 2 5' 3' | 3 5' 3' | 4 5' 3' | 5 5' 3' | 6 5' 3' | 7 5' 3' | 8 5' 3' | 9 5' 3' | 10 5' 3' | 11 5' 3' |
GAGCTGGGTCTGGGGGCGCCGGGGGCGGGGCTGGCGGAGCAGCTGGGGGCGCTGCAGCAGATGCTGTACGACACGGTGGACGCCAACGGCATGACCTCGGgtgcgcgggtgggtggatcgggtggattgggtgggtggattactggctttgcgggaggttcgggggttgggggctgttcgtgttcggttggtaaagcagc...
species | Chlamydomonas reinhardtii |
transcript | EDP08065 |
intron # | 7 |
splice site | 5' |
intron type | U2 |
EST: GCTGCAGCAGATGCTGTACGACACGGTGGACGCCAACGGCATGACCTCGG GGGTCCACATCCGGCTCATGGTGACGCGGGGGCTGAAGCCCACGCCCTACCEST: gi|15696426|gb|BI720731.1|BI720731
genomic: GCTGCAGCAGATGCTGTACGACACGGTGGACGCCAACGGCATGACCTCGGgtgcgcgggt ... cctgctgcagGGGTCCACATCCGGCTCATGGTGACGCGGGGGCTGAAGCCCACGCCCTACC
EST: GCTGCAGCAGATGCTGTACGACACGGTGGACGCCAACGGCATGACCTCGG GGGTCCACATCCGGCTCATGGTGACGCGGGGGCTGAAGCCCACGCCCTACC
genomic: GCTGCAGCAGATGCTGTACGACACGGTGGACGCCAACGGCATGACCTCGGgtgcgcgggt ... cctgctgcagGGGTCCACATCCGGCTCATGGTGACGCGGGGGCTGAAGCCCACGCCCTACC
atgc | intron | ATGC | exonic elements by Pertea et al. |
ATGC | exon | atgc | putative intronic elements |
ATGC | putative exonic elements identified for retained introns |
10 20 30 40 50 60 70 80 90 100 110 120 130 140 150 160 170 180 190 200 210 220 ---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------| GAGCTGGGTCTGGGGGCGCCGGGGGCGGGGCTGGCGGAGCAGCTGGGGGCGCTGCAGCAGATGCTGTACGACACGGTGGACGCCAACGGCATGACCTCGGgtgcgcgggtgggtggatcgggtggattgggtgggtggattactggctttgcgggaggttcgggggttgggggctgttcgtgttcggttggtaaagcagc
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - CTGCAG
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - GCAGAT
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - CAGATG
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - ATGCTG
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - GGTGGA
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - gtgggtg
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -ggtggat
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -attgggt
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -tggcttt
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - ttcgtgt
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - gttggta