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Data associated with selected splice site

Sequence

 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

gtgagagctgcctacggctgtcgcgtttgcggttttgtcaaactggcatgcagccgcatagtagtgctgcgatatgagctccgacctccatgcgtatgtgctgtatgttcactgagtgccgtgccatgtacgccactcgttgactcctttaacctgcagGCGGCACGGGAGAGCTGGTGATGATCCGTGCGGCTGGCCGGGCGGCTGCCGCCGACGGCGAGGACGACGAGGGCGGCGGTACGGGGCCCAGCGGTGGCAG

Basic information

species Chlamydomonas reinhardtii
transcript EDP07771
intron # 25
splice site 3'
intron type U2

Mapped EST sequences

Showing partial alignments of ESTs and genomic sequences. See full alignments


 ATGC     EST sequence
 ATGC     genomic sequence (exon)
 ATGC     genomic sequence (truncated intron)


EST: gi|15699453|gb|BI723758.1|BI723758
EST:     CAAGGGCGTGGCTAAAAATTTCCGCGAGGTGTTCGCAGACCTGGTGCCGG                         GCGGTACGGGAGAGCTGGTGATGATCCGTG
genomic: CAAGGGCGTGGCTAAAAATTTCCGCGAGGTGTTCGCAGACCTGGTGCCGGgtgagagctg ... taacctgcagGCGGCACGGGAGAGCTGGTGATGATCCGTG
EST: gi|15699452|gb|BI723757.1|BI723757
EST:     CAAGGGCGTGCCTAAAAATTTTCGCGAGGTGTTCTCAGACCTGGTGCCGG                         GCGGTACGGGAGAGCTG
genomic: CAAGGGCGTGGCTAAAAATTTCCGCGAGGTGTTCGCAGACCTGGTGCCGGgtgagagctg ... taacctgcagGCGGCACGGGAGAGCTG


 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

Intronic sequence truncated to 55 bases.

atgttcactgagtgccgtgccatgtacgccactcgttgactcctttaacctgcagGCGGCACGGGAGAGCTGGTGATGATCCGTGCGGCTGGCCGGGCGGCTGCCGCCGACGGCGAGGACGACGAGGGCGGCGGTACGGGGCCCAGCGGTGGCAG
                                          ctttaac  putative branch site (score: 3)
                                       ctccttt  CT-rich tract
                                           tttaa  TA-rich tract