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Data associated with selected splice site

Sequence

 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

gtgggtgggttggggttgggtgggcatgtgtgtgtgtgggctgttctggggacgggtggttttccgctgttgctctcctcgaaaccttcccccacccctcttcactcctcctcttccctcctccattccccccccccttccgccgcctgcagGTGTGGCCGCCGACGTGAGCCACATGTCCACCGCCGCCCGGGTGCGCGGCTACCTGGGGCCGGACCAGTTGGGGGCGGCGCTGACCGGCGCGGCACTGGT

Basic information

species Chlamydomonas reinhardtii
transcript EDP06365
intron # 2
splice site 3'
intron type U2

Mapped EST sequences

Showing partial alignments of ESTs and genomic sequences. See full alignments


 ATGC     EST sequence
 ATGC     genomic sequence (exon)
 ATGC     genomic sequence (truncated intron)


EST: gi|15373259|gb|BI532685.1|BI532685
EST:     GAGCCCCTACGTGTCAGACCTGGCGCTGTACGACGTGGCAAACACACCCG                         GTGTGGCCGCCGACGTGAGCCACATGTCCACCGCCGCCCGGGTGCGCGGCT
genomic: GAGCCCCTACGTGTCAGACCTGGCGCTGTACGACGTGGCAAACACACCCGgtgggtgggt ... ccgcctgcagGTGTGGCCGCCGACGTGAGCCACATGTCCACCGCCGCCCGGGTGCGCGGCT
EST: gi|15368085|gb|BI527511.1|BI527511
EST:     GAGCCCCTACGTGTCAGACCTGGCGCTGTACGACGTGGCAAACACACCCG                         GTGTGGCCGCCGACGTGAGCCACATGTCCACCGCCGCCCGGGTGCGCGGCT
genomic: GAGCCCCTACGTGTCAGACCTGGCGCTGTACGACGTGGCAAACACACCCGgtgggtgggt ... ccgcctgcagGTGTGGCCGCCGACGTGAGCCACATGTCCACCGCCGCCCGGGTGCGCGGCT
EST: gi|161807946|gb|FC097564.1|FC097564
EST:     GAGCCCCTACGTGTCAGACCTGGCGCTGTACGATGTGGCAAACACACCCG                         GTGTGGCCGCCGACGTGAGCCACATGTCCACCGCCGCCCGTGTGCGCGGCT
genomic: GAGCCCCTACGTGTCAGACCTGGCGCTGTACGACGTGGCAAACACACCCGgtgggtgggt ... ccgcctgcagGTGTGGCCGCCGACGTGAGCCACATGTCCACCGCCGCCCGGGTGCGCGGCT
EST: gi|8576780|gb|BE129417.1|BE129417
EST:     GAGCCCCTACGTGTCAGACCTGGCGCTGTACGACGTGGCAAACACACCCG                         GTGTGGCCGCCGACGTGAGCCACATGTCCACCGCCGCCCGGGTGCGCGGCT
genomic: GAGCCCCTACGTGTCAGACCTGGCGCTGTACGACGTGGCAAACACACCCGgtgggtgggt ... ccgcctgcagGTGTGGCCGCCGACGTGAGCCACATGTCCACCGCCGCCCGGGTGCGCGGCT


 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

Intronic sequence truncated to 55 bases.

ctcttcactcctcctcttccctcctccattccccccccccttccgccgcctgcagGTGTGGCCGCCGACGTGAGCCACATGTCCACCGCCGCCCGGGTGCGCGGCTACCTGGGGCCGGACCAGTTGGGGGCGGCGCTGACCGGCGCGGCACTGGT
       ctcctcctcttccctc  CT-rich tract